El Gran Premio de Japón de Motociclismo de 1999 fue la segunda prueba del Campeonato del Mundo de Motociclismo de 1999. Tuvo lugar en el fin de semana del 23 al 25 de abril de 1999 en el Twin Ring Motegi, situado en Motegi, Prefectura de Tochigi, Japón. La carrera de 500cc fue ganada por Kenny Roberts Jr, seguido de Mick Doohan y Norifumi Abe. Shin'ya Nakano ganó la prueba de 250cc, por delante de Tōru Ukawa y Loris Capirossi. La carrera de 125cc fue ganada por Masao Azuma, Hideyuki Nakajō fue segundo y Emilio Alzamora tercero.

Pos.	N.º	Piloto	Constructor	Vueltas	Tiempo	Parrilla	Pts.
1	10	Kenny Roberts Jr	Suzuki	25	51:54.386	1	25
2	1	Mick Doohan	Honda	25	+3.841	2	20
3	6	Norifumi Abe	Yamaha	25	+21.758	10	16
4	3	Àlex Crivillé	Honda	25	+23.610	9	13
5	15	Sete Gibernau	Honda	25	+23.984	14	11
6	4	Carlos Checa	Yamaha	25	+37.480	3	10
7	36	Shin'ichi Itō	Honda	25	+50.582	13	9
8	5	Alex Barros	Honda	25	+52.008	6	8
9	2	Max Biaggi	Yamaha	25	+53.524	5	7
10	9	Nobuatsu Aoki	Suzuki	25	+1:05.068	11	6
11	14	Juan Bautista Borja	Honda	25	+1:08.314	15	5
12	16	Yukio Kagayama	Suzuki	25	+1:13.299	12	4
13	71	Noriyasu Numata	MuZ Weber	25	+1:19.245	25	3
14	25	José Luis Cardoso	TSR-Honda	25	+1:26.998	17	2
15	8	Tadayuki Okada	Honda	25	+1:30.225	8	1
16	22	Sébastien Gimbert	Honda	25	+1:52.896	23
17	18	Markus Ober	Honda	24	+1 Vuelta	24
18	21	Michael Rutter	Honda	24	+1 Vuelta	22
19	20	Mike Hale	Modenas KR3	24	+1 Vuelta	26
Ret	19	John Kocinski	Honda	15	Accidente	4
Ret	26	Haruchika Aoki	TSR-Honda	13		18
Ret	12	Jean-Michel Bayle	Modenas KR3	6		20
Ret	17	Jurgen van den Goorbergh	MuZ Weber	2		19
Ret	55	Régis Laconi	Yamaha	1	Accidente	7
Ret	31	Tetsuya Harada	Aprilia	1		16
Ret	11	Simon Crafar	Yamaha	0		21

• Pole Position: Kenny Roberts Jr, 1:50.826
• Vuelta Rápida: Mick Doohan, 2:02.889

Pos.	N.º	Piloto	Constructor	Vueltas	Tiempo	Parrilla	Pts.
1	56	Shin'ya Nakano	Yamaha	23	48:52.950	2	25
2	4	Tōru Ukawa	Honda	23	+2.697	3	20
3	1	Loris Capirossi	Honda	23	+9.260	9	16
4	21	Franco Battaini	Aprilia	23	+11.895	1	13
5	51	Daijirō Katō	Honda	23	+13.793	10	11
6	52	Tatsuya Yamaguchi	Honda	23	+14.264	8	10
7	46	Valentino Rossi	Aprilia	23	+21.092	11	9
8	11	Tomomi Manako	Yamaha	23	+24.485	12	8
9	34	Marcellino Lucchi	Aprilia	23	+45.594	5	7
10	14	Anthony West	TSR-Honda	23	+49.724	17	6
11	49	Naoki Matsudo	Yamaha	23	+1:07.293	7	5
12	44	Roberto Rolfo	Aprilia	23	+1:11.813	18	4
13	15	David García	Yamaha	23	+1:15.851	27	3
14	10	Fonsi Nieto	Yamaha	23	+1:17.806	29	2
15	54	Tekkyū Kayō	TSR-Honda	23	+1:18.400	23	1
16	36	Masaki Tokudome	TSR-Honda	23	+1:19.374	20
17	12	Sebastián Porto	Yamaha	23	+1:28.624	21
18	66	Alex Hofmann	TSR-Honda	23	+1:40.318	22
19	41	Jarno Janssen	TSR-Honda	22	+1 Vuelta	26
20	53	Ken Eguchi	Yamaha	22	+1 Vuelta	29
21	58	Matias Rios	Aprilia	22	+1 Vuelta	28
Ret	71	Takehiko Kurokawa	TSR-Honda	15	Accidente	31
Ret	24	Jason Vincent	Honda	13	Accidente	13
Ret	23	Julien Allemand	TSR-Honda	13		30
Ret	16	Johan Stigefelt	Yamaha	5	Accidente	15
Ret	50	Tarō Sekiguchi	Yamaha	5		25
Ret	19	Olivier Jacque	Yamaha	3	Accidente	6
Ret	7	Stefano Perugini	Honda	2	Accidente	16
Ret	37	Luca Boscoscuro	TSR-Honda	2		14
Ret	22	Lucas Oliver Bultó	Yamaha	2	Accidente	24
Ret	9	Jeremy McWilliams	Aprilia	0		4

• Pole Position: Franco Battaini, 2:06.752
• Vuelta Rápida: Tōru Ukawa, 2:05.726

Pos.	N.º	Piloto	Constructor	Vueltas	Tiempo	Parrilla	Pts.
1	4	Masao Azuma	Honda	21	46:17.752	6	25
2	48	Hideyuki Nakajō	Honda	21	+21.903	13	20
3	7	Emilio Alzamora	Honda	21	+32.523	3	16
4	41	Yōichi Ui	Derbi	21	+35.700	26	13
5	50	Katsuji Uezu	Yamaha	21	+36.781	25	11
6	5	Lucio Cecchinello	Honda	21	+36.903	1	10
7	11	Max Sabbatani	Honda	21	+38.296	12	9
8	1	Kazuto Sakata	Honda	21	+40.169	11	8
9	47	Kazuhiro Kubo	Yamaha	21	+40.956	24	7
10	51	Minoru Nakamura	Honda	21	+48.719	15	6
11	29	Ángel Nieto Jr	Honda	21	+49.059	14	5
12	8	Gianluigi Scalvini	Aprilia	21	+54.125	4	4
13	17	Steve Jenkner	Aprilia	21	+1:29.946	28	3
14	26	Ivan Goi	Honda	21	+1:32.451	21	2
15	12	Randy De Puniet	Aprilia	21	+1:43.423	23	1
16	32	Mirko Giansanti	Aprilia	21	+1:58.985	5
17	18	Reinhard Stolz	Honda	21	+2:00.130	22
18	54	Manuel Poggiali	Aprilia	21	+2:06.371	8
19	22	Pablo Nieto	Derbi	20	+1 Vuelta	29
20	9	Frédéric Petit	Aprilia	20	+1 Vuelta	9
21	44	Alessandro Brannetti	Aprilia	20	+1 Vuelta	18
Ret	20	Bernhard Absmeier	Aprilia	12	Accidente	20
Ret	49	Jun Inageda	Honda	10	Accidente	16
Ret	23	Gino Borsoi	Aprilia	10		19
Ret	21	Arnaud Vincent	Aprilia	7	Accidente	10
Ret	10	Jerónimo Vidal	Aprilia	7		27
Ret	6	Noboru Ueda	Honda	5		17
Ret	15	Roberto Locatelli	Aprilia	4	Accidente	2
Ret	16	Simone Sanna	Honda	0	Accidente	7

• Pole Position: Lucio Cecchinello, 2:00.785
• Vuelta Rápida: Max Sabbatani, 2:10.519

• Página oficial de la Federación Internacional de Motociclismo con los resultados de la prueba. Archivado el 31 de agosto de 2014 en Wayback Machine. Consultado el 5 de junio de 2017.