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En los primeros años de la colonización, la región de la Provincia de charcas, inicialmente dependiente de la Gobernación de Nueva Castilla, gozaba de una considerable autonomía. Inicialmente, el gobierno local estuvo a cargo de tenientes de gobernador. Sin embargo, la organización administrativa experimentó cambios significativos a mediados del siglo XVI. Con la creación del Virreinato del Perú y la Real Audiencia de Lima en 1542, Charcas quedó bajo su jurisdicción, manteniendo cierta capacidad de autogobierno. Debido a la vasta extensión del territorio bajo la jurisdicción de la Audiencia de Lima, y para una mejor administración de la justicia, se creó en 1559 (o 1561) la Real Audiencia de Charcas, estableciéndose como una división judicial dentro del Virreinato del Perú, con el objetivo específico de administrar justicia en la región.

Durante el siglo XVI, los tenientes de gobernador ejercieron el gobierno local, pero con la implementación del sistema de corregimientos, fueron reemplazados por los corregidores. Este cambio coincidió con la consolidación de la Real Audiencia de Charcas y la figura de su Presidente.

Contrariamente a lo que a veces se asume, en este período el Presidente de la Audiencia sí ejercía importantes funciones de gobierno, además de sus atribuciones judiciales.^[1]​ Entre estas funciones destacaban la supervisión de los corregidores, la resolución de conflictos administrativos entre ellos, la intervención en asuntos de orden público y la participación en temas eclesiásticos a través del Real Patronato. Además, en caso de ausencia, enfermedad o fallecimiento del Virrey del Perú, el Presidente de la Audiencia podía asumir interinamente el cargo, demostrando así la importancia y el amplio alcance de sus funciones.

En el siglo XVIII, las reformas borbónicas, inspiradas en el modelo francés, buscaron centralizar el poder en la Corona. En este contexto, Charcas, que en 1776 había pasado a formar parte administrativamente del recién creado Virreinato del Río de la Plata, experimentó la implementación del sistema de Intendencias a partir de 1782. Esta reforma administrativa buscaba modernizar la gestión pública y aumentar el control real sobre las colonias. Si bien la creación de las Intendencias supuso una disminución del poder gubernativo del Presidente de la Audiencia al separar las funciones judiciales de las gubernativas, su poder no desapareció por completo. De hecho, en el caso de Charcas, el Presidente de la Audiencia acumuló el cargo de Gobernador Intendente de Chuquisaca, lo que le permitió mantener cierta influencia política a través de la acumulación de cargos. La Audiencia continuó siendo la máxima autoridad judicial en la región, manteniendo también cierta injerencia en asuntos de orden público. Durante la etapa de independentista, las figuras de los presidentes desaparecieron y fueron reemplazados por los comandantes en jefe de los ejércitos realistas que de facto gobernaron Charcas en esta última etapa.

El gobernador del Perú, Francisco Pizarro envía a su hermano Gonzalo Pizarro para que explore y conquiste la región que luego pasaría a denominarse Charcas, jurisdicción que en realidad pertenecía a la Nueva Toledo. Pese a ello, su hermano nombraría a Francisco como "gobernador de Charcas"^[2]​ una vez finalizada la conquista. Este permaneció poco tiempo en la región, dejando como teniente gobernador a Diego de Rojas

Los Tenientes Gobernadores de la Provincia de Charcas, durante el siglo XVI hasta 1559, representaron una fase inicial en la administración del territorio previo a la creación de la Real Audiencia. Este período se divide en dos etapas principales: hasta 1542, cuando la provincia de Charcas formaba parte del recién creado Virreinato del Perú y estaba bajo la jurisdicción directa del Gobernador de Nueva Castilla, Francisco Pizarro, quien ejercía autoridad a través de designados llamados "Tenientes de Gobernador". Sus funciones principales abarcaban la administración de justicia, el mantenimiento del orden público, la recaudación de tributos y la representación del poder real. Con la aparición de la figura del virrey, la figura del teniente de gobernador fue reemplazada por la del presidente de la Real Audiencia de Charcas para una mayor eficiencia y control de los bastos territorios.

El presidente de la Real Audiencia de Charcas, aunque de iure subordinado al virrey del Perú —con el territorio dividido en corregimientos hasta 1776—, ejercía de facto un poder considerable tanto en lo político como en lo administrativo^[18]​. Esta aparente contradicción se explica por factores como la gran distancia entre Charcas y Lima, que dificultaba el control directo del virrey; el prestigio e influencia de la Audiencia, cuyos oidores y especialmente su presidente gozaban de poder político y social; los frecuentes conflictos de jurisdicción entre ambas autoridades; las lentas comunicaciones que permitían mayor autonomía a las autoridades locales; y la defensa de los intereses regionales por parte del presidente de la Audiencia frente a las directrices virreinales. En resumen, la subordinación legal del presidente no se correspondía con una dependencia absoluta en la práctica, generando una dinámica compleja hasta la creación del Virreinato del Río de la Plata en 1776, cuando Charcas pasó a depender de Buenos Aires.

La provincia de Charcas —con sus corregimientos y su real audiencia homónima, la cual se convertía en pretorial— en 1776 pasó a depender directamente del incipiente virreinato del Río de la Plata. En este período, el cargo a menudo combinaba las funciones de Presidente de la Audiencia con las de Gobernador Intendente.

Periodo de convulsión política y social con momentos en que ninguno de los bandos (realistas o patriotas), tenían completo control sobre la totalidad de la región.

• Presta, Ana María; en "Encomienda, familia, y redes en Charcas colonial: los Almendras, 1540-1600" (vol. 57, n.º 209, ed. Facultad de Filosofía y Letras - Universidad de Buenos Aires, 53 págs., año 1997).
• Consejo Nacional de la Universidad Peruana en "Huamanga, una larga historia: homenaje al sesquicentenario de la Batalla de Ayacucho" (Ed. El Consejo, 429 págs., año 1974).