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La Lista de banderas municipales de Japón es una conjunto de banderas de los Municipios de Japón. La mayoría de los municipios tienen banderas únicas. Cada municipio tiene su propia bandera, generalmente con un diseño geométrico de dos colores (mon) y con alguna letra del sistema de escritura japonés.

Debido a su tamaño, la lista se divide en regiones .

• Lista de banderas municipales de Hokkaido
• Lista de banderas municipales de la Región de Tohoku
• Lista de banderas municipales de la Región de Kanto
• Lista de banderas municipales de la Región de Chubu
• Lista de banderas municipales de la Región de Kansai
• Lista de banderas municipales de la Región de Chūgoku
• Lista de banderas municipales de la Región de Shikoku
• Lista de banderas municipales de la Región de Kyushu

• 
  Sapporo, Hokkaido
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  Fukuoka, Fukuoka
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  Kitakyushu, Fukuoka
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  Kumamoto, Kumamoto
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  Hamamatsu, Shizuoka
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  Nagoya, Aichi
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  Niigata, Niigata
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  Shizuoka, Shizuoka
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  Hiroshima, Hiroshima
• 
  Okayama, Okayama
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  Kōbe, Hyōgo
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  Kioto, Kioto
• 
  Osaka, Osaka
• 
  Sakai, Osaka
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  Chiba, Chiba
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  Kawasaki, Kanagawa
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  Sagamihara, Kanagawa
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  Saitama, Saitama
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  Yokohama, Kanagawa
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  Sendai, Miyagi

• Anexo:Banderas de Japón
• Bandera de Japón
• Bandera del Sol Naciente

• (en japonés) 市町村旗・章リスト (The list of municipal flags or symbols)
• (en inglés) Municipal flags of Japan by Flags of the World.