Un año muy diferente comienza. Rachel inicia sus clases en Nyada, pero ofende accidentalmente a su profesora de danza, Cassandra July. Wade llega al Mckinley e ingresa al club Glee. Blaine, Brittany, Tina y Wade compiten para ser el nuevo líder del coro. Kurt conoce a la hija de Sue, Robin, y también a su nueva porrista, Kitty Wilde. Cassandra presiona y maltrata a Rachel. Se producen las audiciones del club Glee. Solo dos aspirantes cantan bien, Marley Rose y Jake, pero Jake se enoja y se va cuando no le dejan terminar la canción. Rachel conoce a Brody, un alumno de Nyada. Blaine le aconseja a Kurt que vaya a New York para cumplir sus sueños. Rachel se siente sola. Finalmente Artie elige a Blaine como el nuevo líder del club Glee. Marley ingresa al club Glee. Will descubre que el apellido de Jake es Puckerman. Kurt viaja a New York y se encuentra con Rachel.

Rachel y Brittany extrañan a sus respectivas parejas. Rachel y Kurt alquilan un departamento juntos. Ante el mal desempeño académico de Brittany, Sue la expulsa de las porristas y Kitty se convierte en la nueva capitana. Will propone una semana de Britney Spears para ayudar a Brittany. Wade y Marley se hacen amigas. Cassandra excluye a Rachel de las clases de tango, por falta de sensualidad. Marley y Jake se acercan. Rachel se entera de un oscuro secreto de Cassandra. Brittany se deprime. Rachel le pide ayuda a Brody para realizar una coreografía sensual. Llega la asamblea de inicio escolar y el club Glee canta, pero Brittany realiza Playback. Rachel enfrenta a Cassandra. Marley se entera de que Jake y Kitty son novios. Puck visita Ohio para conocer y aconsejar a Jake. Sam ayuda a Brittany y ella regresa a las porristas. Jake se une al club Glee.

Blaine se postula como presidente escolar, lo que molesta a Brittany. Kurt comienza a trabajar en Vogue y conoce a su jefa Isabelle Wright. Artie se convierte en el vicepresidente de Brittany y Sam en el de Blaine. Will e Isabelle se deprimen porque no tienen nuevas ideas. Sue le sugiere a Will que se una al consejo de coros de Washington. Blaine y Brittany se enfrentan en un debate estudiantil. Las estudiantes de Nyada maltratan a Rachel. Kurt lleva a Rachel a Vogue a medianoche para realizarle un cambio de look y filmarla, pero Isabelle los encuentra y decide ayudarlos. Will le pide consejos a Emma y ella le dice que siga sus sueños. Llegan las elecciones escolares y gana Blaine. Sam consuela a Brittany. Isabelle le agradece a Kurt por ayudarla a innovarse. Rachel y Brody cenan juntos y se besan. En ese momento llega Finn.

Rachel y Finn están confundidos. Finn le cuenta a Rachel que lo echaron del ejército. Finn no se acostumbra a New York. Blaine viaja a New York y sorprende a Kurt. Santana viaja a Ohio para estar con Brittany. Rachel, Finn, Kurt y Blaine van a un Karaoke y se encuentran con Brody. Kitty forma el grupo Rezagados en Breadstix, pero termina asustando a Dotty, la ayudante de Tina. Brittany se enoja con Santana. Rachel le confiesa a Finn que beso a Brody. Blaine le revela a Kurt que lo engaño. Will es seleccionado por el comité de coros y quiere ir con Emma a Washington por unos meses, pero ella se niega. Finn y Blaine regresan a Ohio. Finn le propone al club Glee que realice el musical "Grease". Santana no quiere tener una relación a distancia con Brittany. Jake decide terminar con Kitty. Will y Emma se distancian. Las parejas de Rachel y Finn, Kurt y Blaine y Santana y Brittany terminan.

Como Will está ocupado, Artie se hace cargo de musical escolar y le pide ayuda a Finn. Mercedes y Mike visitan Ohio para ayudar con los preparativos del musical. Blaine esta triste por lo que audiciona para un papel menor. Emma le miente a Will y decide ir a Washington con él. Finn debe encontrar al protagonista masculino y conoce a Ryder Lynn. Marley audiciona para el protagónico femenino y Wade para un papel femenino. Sue no acepta que Wade tenga un papel femenino. Beiste aconseja a Emma. Ryder audiciona y se acerca a Marley, lo que pone celoso a Jake. Jake y Kitty audicionan para los protagónicos. Finn se enfrenta a Sue y accidentalmente ofende a Robin. Marley y Ryder se enfrentan a Jake y Kitty. Emma le dice la verdad a Will, quien decide ir solo a Washington. Finalmente Ryder y Marley obtienen los protagónicos y Wade el papel que quería.

En venganza contra Finn, Sue reserva el auditorio para que el club Glee no pueda ensayar para el musical "Grease". Finn lleva a los varones a ensayar al taller de Burt. Kitty se gana un lugar entre las chicas. Rachel intenta acercarse a Cassandra. Kitty sabotea los trajes de Marley para que crea que está engordando. Los padres de Wade le prohíben participar en el musical, por lo que Finn llama urgente a Santana para que ocupe su lugar, lo que enoja a Tina, porque quería ese papel. Kitty induce a Marley a la bulimia. Llega el musical. Rachel y Kurt visitan Ohio para ver el musical. Rachel y Kurt se encuentran con Finn y Blaine. Ryder ayuda a Marley y la besa. Santana extraña a Brittany. Tras el rompimiento Tina y Mike se amigan. Rachel descubre que Cassandra durmió con Brody. Will se va a Washington dejándole la dirección del coro a Finn.

Blaine crea el club de superhéroes para animarse. Dotty les comunica al coro que robaron el trofeo de las Nacionales. Finn inicia su periodo como director del coro con algunos problemas. Ryder y Kitty ingresan al club Glee y completan los 12 integrantes. Beiste ayuda a Finn. Blaine va a la Academia Dalton porque sabe que fueron los Warblers quienes robaron el trofeo. Blaine conoce al nuevo líder de los Warblers, Hunter Clarington. Hunter quiere reclutar a Blaine. Finn decide formar duetos para que los nuevos integrantes se conozcan. Jake y Ryder se pelean por el amor de Marley. Jake llama a Puck. Blaine se siente mal y decide regresar a la Academia Dalton. Jake descubre que Ryder es disléxico y decide ayudarlo. Sam convence a Blaine de quedarse en el Mckinley. Jake y Ryder se amigan. Ryder le deja el camino libre a Jake para estar con Marley. Blaine y Sam recuperan el trofeo.

Todos los graduados, excepto Rachel y Kurt, viajan a Ohio para el Día de Acción de Gracias. Los graduados ayudan al club Glee a prepararse para las Seleccionales. Isabelle teme pasar sola el día festivo, por lo que Kurt la invita a cenar con el y Rachel. Marley se siente presionada. Santana desconfía de Kitty, pero Quinn la defiende. Brody se disculpa con Rachel. Jake, quien baila muy bien, decide dejarle el baile principal a Ryder. Quinn intenta alejar a Jake de Marley. Llegan las Seleccionales. Nuevas Direcciones se enfrenta con los Warblers. Wade vuelve a convertirse en Unique. Ryder convence a Jake para que baile. Rachel, Kurt, Isabelle y Brody pasan un Día de Acción de Gracias diferente. Los Warblers realizan una presentación asombrosa. Kurt llama a Blaine. Will regresa para ver la competencia. En medio de la presentación de Nuevas Direcciones, Marley se desmaya.

Tras el desmayo de Marley, los Warblers ganan las Seleccionales y Nuevas Direcciones queda fuera de competencia por todo un año. Los graduados se van. Todos los chicos del coro toman otros rumbos, excepto Marley. Kurt se prepara para una nueva audición de Nyada. Rachel es invitada a participar en la Muestra de Invierno de Nyada. Sam y Brittany comienzan una relación. Cassandra critica a Rachel. Rachel y Cassandra se enfrentan en un duelo musical. Finn quiere mantener al club Glee unido, pero Sue les quita el salón del coro. Carmen Tibideaux sigue rechazando a Kurt. Blaine y Tina ingresan a las porristas. Rachel y Brody inician una relación. Llega la Muestra de Invierno. Rachel impresiona a todos. Carmen desafía a Kurt a cantar frente a todo el público. Kurt deslumbra con su presentación. Rachel llama a Finn. Finn consigue reunir nuevamente al club Glee. Kurt ingresa a Nyada.

Llegan los tiempos navideños. Artie tiene un accidente con su silla de ruedas y tiene un sueño en el cual aparece Rory, quien es su ángel navideño, y le muestra cómo sería el mundo si el pudiera caminar. Rachel se va de viaje con sus padres. Burt visita a Kurt y le revela que tiene cáncer. Blaine también visita a Kurt y le revela que quiere ingresar a Nyada. Jake va a Los Ángeles para pasar tiempo con Puck, pero la vida de su hermano no es como la imaginaba. Brittany y Sam creen que se acerca el apocalipsis Maya, por lo que deciden casarse, pero Beiste les tiende una trampa para que no cometan un error. Sue debe darle un regalo navideño a Millie Rose, la cocinera del colegio y madre de Marley. Puck y Jake regresan a Ohio y realizan una cena navideña con sus madres para unir a la familia. Marley decide agradecerle de forma especial a Sue por la gran sorpresa que le preparó a su madre.

Tina propone realizar el baile de Sadie Hawkins, un baile escolar, en el cual las chicas deben invitar a los chicos. Sam cree que los Warblers hicieron trampa en las Seleccionales. Kurt inicia sus clases en Nyada y conoce a Adam Crawford, líder del coro de Nyada: The Adam´s Apples. Tina se enamora de Blaine y lo invita al baile, pero el la rechaza porque gusta de Sam. Kitty intenta reconquistar a Jake, pero Marley se adelante y lo invita al baile. Kurt ingresa a The Adam´s Apples. Puck decide alejar a Kitty de Jake y decide llevarla al baile. Llega el baile. Blaine y Tina van como amigos. Beiste anima a las chicas a superar sus miedos. Sugar invita a Artie, Lauren a Joe, y Dotty a un chico llamado Brett. Kurt y Adam se acercan. Sam recolecta pruebas contra los Warblers y se las muestra a Finn y Blaine. Ryder está celoso de Jake y Marley. Rachel invita a Brody a vivir con ella y Kurt.

Finalmente se comprueba que los Warblers hicieron trampa en las Seleccionales y son descalificados. Nuevas Direcciones vuelve a la competencia. Rachel obtiene un papel en una película estudiantil, pero requiere realizar escenas de desnudez. Tina propone realizar un calendario con fotos sexys de los varones del club Glee. Brittany obtiene las notas más altas en sus exámenes y Sam las notas más bajas. Sue se opone al calendario sexy. Kurt se opone a que Rachel realice un topless, pero Brody la apoya. Sam cree que no tiene futuro, por lo que decide cuidar su cuerpo al extremo. Artie no quiere realizar fotos sexys. Marley quiere demostrarle su amor a Jake. Quinn y Santana visitan New York por pedido de Kurt para aconsejar a Rachel. Blaine alienta a Sam. Finn le tiende una trampa a Sue. Se realiza el calendario sexy, con Sam y Artie vestidos. Marley y Jake inician una relación. Rachel decide dejar el papel.

Rachel se entera del reestreno de "Funny Girl" y planea audicionar para el papel principal. Rachel se vuelve caprichosa y esto enoja a Kurt. Finn realiza una tarea semanal de divas, con la ayuda de Emma, para que el grupo se vuelva más competitivo. Rachel y Kurt discuten y el la desafía a un "Locura de Medianoche", un duelo musical de Nyada y ella acepta. Blaine se enferma y Tina cuida de él. Santana regresa a Ohio cuando se entera de que Sam y Brittany son novios. Finn ayuda a Emma con los preparativos de la boda. Sam y Santana se enfrentan por el amor de Brittany. Tina quiere dejar de ser tierna y convertirse en una diva. Rachel y Kurt se enfrentan y gana Kurt. Sue descubre que Santana dejó la universidad de Louisville. Emma entra en crisis y Finn, queriendo calmarla, la besa. Tina sorprende a todos. Brittany libera a Santana. Santana va a New York a vivir con Rachel y Kurt.

Will regresa a Ohio. Emma se siente perturbada y Finn culpable. Todos los graduados visitan Ohio por la boda de Will y Emma. Jake quiere darle el mejor San Valentin a Marley y Ryder decide ayudarlo. Llega la boda. Artie conoce a Betty Pillsbury, la sobrina paralítica de Emma. Sue utiliza el mismo vestido de Emma. Emma sufre pánico y abandona a Will en el altar. Aun así se realiza la fiesta de recepción. Finn se acerca a Rachel. Quinn y Santana se acercan. Ryder prepara regalos especiales para que Jake se los de a Marley. Tina se enoja al ver a Blaine y Kurt juntos. Las parejas de Rachel y Finn, Kurt y Blaine, Quinn y Santana y Artie y Betty tienen relaciones casuales. Tras la fiesta, los graduados se van. Blaine y Tina aclaran las cosas. Marley se da cuenta de la ayuda de Ryder y decide agradecerle, pero el la besa. Will se deprime. Rachel cree estar embarazada.

Para evitar la depresión, Will propone la tarea de una competencia de popurrí entre chicos y chicas sobre la base de canciones de películas. Como en New York hay una tormenta de nieve, Rachel, Kurt, Santana y Adam se quedan en el departamento. Santana crea problemas entre Kurt y Adam. Finn y Artie buscan a Emma. Santana cree que Brody es un narcotraficante. Marley se siente extraña. Se produce la competencia de popurrí. Finn convence a Will de ir a hablar con Emma. Will y Emma deciden volver a empezar. Santana encuentra un test de embarazo de Rachel. Marley le revela a Jake que Ryder la beso y Jake se enoja. Adam no confía mucho en Kurt, pero le propone iniciar una relación seria y Kurt acepta. Finalmente no hay ganadores en la competencia, pero todos participaran en una película de Artie. Finn le revela a Will que beso a Emma y Will se decepciona.

Hay mucha tensión en club Glee, por lo que los chicos deciden liberarse a través de la música. Wade se enoja con Ryder por haberse metido entre Marley y Jake. Ryder no puede ver a Wade como Unique. Rachel se entera de que no está embarazada. Santana quiere desenmascarar a Brody. Ryder comienza a chatear con una chica llamada Katie Fitzgerald. Sue quiere que Blaine vuelva a las porristas y lo chantajea. Santana se enfrenta a Brody. Will no puede perdonar a Finn, por lo que Finn decide irse. Sue y Blaine se enfrentan. Marley y Jake se reconcilian. Sue vuelve a Blaine y Becky capitanes de las porristas. Katie aconseja a Ryder. Marley le dice a Finn que se vuelva profesor. Santana descubre que Brody es gigolo. Finn visita New York y junto a Santana le tienden una trampa a Brody. Ryder se disculpa con Marley y Wade por sus errores. Rachel y Kurt echan a Santana de departamento.

Tras la partida de Finn a la universidad, Will cae enfermo. Blaine y Sam se hacen cargo del club Glee con la tarea de confesar sus placeres culpables. Brody decide irse del departamento de Rachel y Santana regresa. Sam confiesa que adora a Barry Manilow. Las chicas descubren que el placer secreto de Kitty son las Spice Girl. Kurt revela su invento secreto, "La Almohada Novio". Las chicas se enojan con Jake cuando decide interpretar a Chris Brown. Sam se da cuenta de que Blaine gusta de él. Kitty se une más al grupo de las chicas. Artie gusta de Kitty. Santana le revela a Rachel la verdad sobre Brody. Jake decide cantar una canción de Bobby Brown, aunque tampoco le gusta a las chicas. Sam y Blaine aclaran las cosas. Rachel enfrenta a Brody y deciden terminar. Los chicos deciden realizar una última canción que los avergonzaba. Rachel le agradece a Santana.

Brittany cree que un meteorito impactará contra el planeta. Ryder descubre a Katie, pero ella le dice que se llama Marissa. Ryder descubre que alguien tomo la identidad de Marissa para engañarlo. Brittany decide pasar más tiempo con su gato, Lord Tubbington, lo que confunde a Sam. Ryder chatea con la falsa Katie y ella le pide perdón. Becky tiene miedo de graduarse. Beiste le revela a Will que gusta de él, pero Will la rechaza. En medio de las clases se produce un tiroteo. En colegio entra en pánico. Artie graba la situación. Kitty le revela a Marley que saboteo sus trajes del musical escolar. Ryder llama a la falsa Kitty y su celular suena en el salón del coro. Sue encubre a la culpable del tiroteo: Becky. Sue es despedida. Will ayuda a Beiste a conseguir novio. Sam compra una gata para acercarse más a Brittany. Ryder quiere conocer a la falsa Katie, pero ella no aparece.

El club Glee queda muy consternado tras el tiroteo. Roz vuelve a ser directora de las porristas. Finn ingresa a la universidad de Lima, Ohio. Rachel busca la canción para su audición de "Funny Girl" y recibe la visita de Shelby. Marley quiere mostrar su canciones originales en las Regionales, pero Will solo se enfoca en canciones antiguas. Finn se encuentra con Puck y asisten a fiestas universitarias. Blaine organiza una reunión secreta del club Glee, sin Will, para elegir las canciones de las Regionales. Will los descubre y se enoja con el club Glee. Rachel llama a Finn. Will se da cuenta de su error y va a buscar a Finn, pero Finn no quiere volver. Rachel audiciona. Puck decide ayudar a Finn a convertirse en profesor. Will se disculpa con el club Glee y hace las paces con Finn. Marley cumple su sueño. Finn decide ayudar al club Glee. Rachel es convocada para una segunda audición.

Will espía a Frida Romero, la voz principal de los Hoosierdaddies, un coro rival de las Regionales. El MIT convoca a Brittany y ella se va a conocer sus instalaciones. Se produce un apagón en el Mckinley. El club Glee decide realizar canciones a cappella. Ryder decide revelar un secreto de su pasado, pero solo Kitty lo comprende. Roz es muy estricta con las porristas por lo que Blaine va a buscar a Sue para que regrese. Isabelle será la anfitriona de un evento de caridad e invita a Kurt y Rachel. Ryder y Kitty se acercan, pero Ryder sigue obsesionado en encontrar a la falsa Katie. Santana no sabe que hacer en New York. Sue extraña a las porristas. En el evento de caridad, Isabelle conoce a Santana y le da un consejo de vida. Becky le revela la verdad al director Figgins. Ryder rechaza a Kitty para seguir buscando a la falsa Katie. Santana decide tomar clases de danza.

Mercedes y Mike visitan Ohio para ayudar al club Glee a prepararse para las Regionales. Kurt visita Ohio para acompañar a su padre. El club Glee canta canciones de Stevie Wonder. Artie obtiene la oportunidad de ingresar a la universidad de cine de New York, pero no la acepta. Rachel necesita la aprobación de todos sus profesores para la segunda audición de "Funny Girl". Kitty intenta convencer a Artie, pero no lo logra. Cassandra se entera de la segunda audición de Rachel y la presiona. Mike ve mucho potencial en Jake. Mercedes tiene problemas con su representante para el lanzamiento de su disco solista. Kitty habla con Nancy, la mamá de Artie. Nancy convence a Artie de ir a New York. Burt se cura del cáncer. Cassandra sorprende a Rachel. Blaine quiere casarse con Kurt. Mercedes decide realizar ella misma su disco solista. Artie le agradece a Kitty.

El MIT descubre que Brittany es muy inteligente y decide reclutarla. Rachel realiza su segunda audición de "Funny Girl". Brittany regresa a Ohio completamente rebelde, terminando con Sam y renunciando al club Glee y a las porristas. Marley descubre quien es la falsa Katie y la encubre. Blaine compra un anillo de compromiso para Kurt. Ryder descubre quien es la falsa Katie y renuncia al club Glee. Blaine y Kurt conocen a una pareja muy especial. Santana visita Ohio por pedido de Sam para ayudar a Brittany. Se descubre quien es el padre famoso de Robin. Las Regionales se realizan en el Mckinley, por problemas climáticos. Brittany y Ryder regresan a Nuevas Direcciones. Brittany revela que se irá al MIT y se despide de todos. Las Nacionales serán en Los Ángeles. Se produce una boda sorpresa entre Will y Emma en el salón del coro. El año escolar continua...