En los Cuartos de final de la Copa Colombia 2016, participaron ocho equipos que avanzaron de los emparejamientos en la fase anterior. Estos fueron distribuidos en cuatro parejas de acuerdo a unos emparejamientos establecidos de manera anticipada mediante el reglamento^[1]​. Cada pareja se enfrentará en partidos de ida y vuelta de 90 minutos cada uno. En estos encuentros no regirá la regla del gol de visitante. En caso de que no hubiera ganador en el período regular, se realizará tiros desde el punto penal.

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Patriotas 2 0 2		Atl. Nacional 4 3 1	La Equidad 0 0 0		Santa Fe 3 1 2	Medellín 1 0 1		Junior 5 3 2	Dep. Tolima 2 (4) 0 2		Dep. Cali 2 (2) 2 0

Atlético Nacional

Atlético Nacional 3 Patriotas 0 1 de septiembre de 2016, 19:10 (UTC-5) Estadio Atanasio Girardot, Medellín Cuartos de final - Ida   1 Cristian Bonilla   5 Francisco Nájera 12 Alexis Henríquez   2 Daniel Bocanegra 23 Edwin Velasco   8 Diego Arias   6 Mateus Uribe 86'   7 Ezequiel Rescaldani 17' 30 Arley Rodríguez 21 Jhon Mosquera   9 Miguel Borja 72' Entrenador Reinaldo Rueda   1 Juan Guillermo Castillo   2 Jesús David Murillo 19 Daniel Rosero 68' 20 Jhon Alex Cano 14 Nicolás Carreño   3 Anderson Zapata   5 Larry Vásquez   8 Uvaldo Luna 80' 10 Sebastián Villota 18 Edis Ibargüen 75' 11 Mauricio Gómez Entrenador Harold Rivera Sustituciones 15 Juan Pablo Nieto 17' 16 Cristian Dájome 72' 20 Alejandro Bernal 86' 24 Deiver Parra 68'   9 Duman Herrera 75' 32 Sebastián Gutiérrez 80' Anotaciones 5' Daniel Bocanegra 1 - 0 8' Miguel Borja 2 - 0 66' Miguel Borja 3 - 0 Amonestaciones 62' Francisco Nájera 58' Jesús David Murillo 75' Mauricio Gómez Expulsiones Árbitro Jorge Gúzman Árbitros asistentes Cuarto árbitro Reporte del partido

Patriotas

Patriotas

Patriotas 2 Atlético Nacional 1 7 de septiembre de 2016, 19:45 (UTC-5) Estadio La Independencia, Tunja Cuartos de final - Vuelta   1 Juan Guillermo Castillo   2 Jesús David Murillo 24 Deiver Parra 34' 20 Jhon Alex Cano 65' 14 Nicolás Carreño   3 Anderson Zapata   5 Larry Vásquez 10 Sebastián Villota 11 Mauricio Gómez 17 Diego Álvarez   9 Duman Herrera 78' Entrenador Harold Rivera   1 Cristian Bonilla   3 Felipe Aguilar Mendoza   5 Francisco Nájera   2 Daniel Bocanegra 23 Edwin Velasco   6 Mateus Uribe 74'   8 Diego Arias 15 Juan Pablo Nieto 82' 21 Jhon Mosquera 30 Arley Rodríguez   9 Miguel Borja Entrenador Reinaldo Rueda Sustituciones   4 Jonathan Segura 34'   8 Uvaldo Luna 65' 18 Edis Ibargüen 78' 14 Elkin Blanco 74' 20 Alejandro Bernal 82' Anotaciones 47' Mauricio Gómez 1 - 0 82' Larry Vásquez 2 - 1 67' Juan Pablo Nieto 1 - 1 Amonestaciones 20' Anderson Zapata 64' Larry Vásquez 18' Daniel Bocanegra 30' Edwin Velasco 72' Cristian Bonilla Expulsiones Árbitro Bismark Santiago Árbitros asistentes Cuarto árbitro Reporte del partido

Atlético Nacional

Santa Fe

Santa Fe 1 La Equidad 0 31 de agosto de 2016, 19:45 (UTC-5) Estadio Metropolitano de Techo, Bogotá Cuartos de Final - Ida 22 Leandro Castellanos 27 Carlos Arboleda 15 Héctor Urrego   2 Horacio Salaberry   6 William Tesillo   7 Leyvin Balanta 64' 17 Juan Daniel Roa   8 Leonardo Pico 10 Omar Pérez 70' 24 Humberto Osorio 79' 11 Jonathan Gómez Entrenador Gustavo Costas 23 Leandro Gelpi 21 Walmer Pacheco 16 Camilo Mancilla 30 Oliver Fula   3 Elvis Mosquera 12 Fabián Vargas 52' 15 Mauricio Restrepo 10 Stalin Motta 26 Amaury Torralvo 14 Diego Valoyes 62'   7 Santiago Tréllez 75' Entrenador Arturo Boyacá Sustituciones 16 Anderson Plata 64' 14 Baldomero Perlaza 70' 29 Dairon Mosquera 79' 17 Omar Vásquez 52'   8 Yessy Mena 62' 28 Carlos Peralta 75' Anotaciones 77' Jonathan Gómez 1 - 0 Amonestaciones 41' Juan Daniel Roa 84' Carlos Arboleda 18' Diego Valoyes 35' Stalin Motta 77' Yessy Mena 83' Omar Vásquez 84' Camilo Mancilla Expulsiones 74' Juan Daniel Roa Árbitro Juan Carlos Gamarra Árbitros asistentes Edwin Liévano Leonarto Reina Cuarto árbitro Nicolás Rodríguez Reporte del partido

La Equidad

La Equidad

La Equidad 0 Santa Fe 2 8 de septiembre de 2016, 19:45 (UTC-5) Estadio Metropolitano de Techo, Bogotá Cuartos de Final - Vuelta 23 Leandro Gelpi 21 Walmer Pacheco 53' 16 Camilo Mancilla 30 Oliver Fula   3 Elvis Mosquera 12 Fabián Vargas 69' 15 Mauricio Restrepo 10 Stalin Motta 26 Amaury Torralvo 14 Diego Valoyes 65' 28 Carlos Peralta Entrenador Arturo Boyacá 22 Leandro Castellanos 26 Javier López 15 Héctor Urrego   2 Horacio Salaberry 27 Carlos Arboleda 14 Baldomero Perlaza 83' 30 Yeison Gordillo 29 Dairon Mosquera 10 Omar Pérez 76' 11 Jonathan Gómez 24 Humberto Osorio 86' Entrenador Gustavo Costas Sustituciones 19 Jean Carlos Blanco 53'   8 Yessy Mena 65' 17 Omar Vásquez 69' 20 Kevin Salazar 76'   8 Leonardo Pico 83'   9 Juan Manuel Falcón 86' Anotaciones 3' Javier López 0 - 1 57' Humberto Osorio 0 - 2 Amonestaciones 36' Mauricio Restrepo 84' Stalin Motta 44' Javier López Expulsiones 76' Oliver Fula Árbitro Ulises Arrieta Árbitros asistentes Elkin Echavarría Géneco Ruidíaz Cuarto árbitro Leonardo Reina Reporte del partido

Santa Fe

Junior

Junior 3 Independiente Medellín 0 26 de agosto de 2016, 19:45 (UTC-5) Estadio Metropolitano Roberto Meléndez, Barranquilla Cuartos de Final - Ida 12 José Luis Chunga   4 David Murillo 25 David Álvarez 23 Sebastián Toro 24 Félix Noguera 10 Jarlan Barrera   8 Faber Cañaveral 28 Enrique Serje 18 Yony González 68' 17 Michael Rangel 75' 26 Léiner Escalante 61' Entrenador Giovanni Hernández   1 Luis Vásquez 27 Elacio Córdoba   4 Andrés Mosquera 15 Juan Camilo Saiz   3 Luis Tipton 28 William Parra 70' 13 Juan David Cabezas 21 Hernán Hechalar 20 Mauricio Molina 11 Faider Burbano 58' 14 Yorley Mena 53' Entrenador Leonel Álvarez Sustituciones 15 Luis Narváez 61' 16 Vladimir Hernández 68' 21 Clemente Palacios 75' 30 Ever Valencia 53' -- Mauricio Cortés 58' 16 Eduard Atuesta 70' Anotaciones 3' Jarlan Barrera 1 - 0 39' Michael Rangel 2 - 0 90+3' Clemente Palacios 3 - 0 Amonestaciones 73' Mauricio Cortés Expulsiones Árbitro Carlos Anaya Árbitros asistentes Edwin Liévano Héctor Guerra Cuarto árbitro Steven Montesino Reporte del partido

Independiente Medellín

Independiente Medellín

Independiente Medellín 1 Junior 2 31 de agosto de 2016, 19:10 (UTC-5) Estadio Atanasio Girardot, Medellín Cuartos de Final - Vuelta   1 Luis Vásquez 27 Elacio Córdoba 26 Jorge Arias 15 Juan Camilo Saiz   5 Juan David Valencia   8 John Hernández 41' 13 Juan David Cabezas 21 Hernán Hechalar 20 Mauricio Molina 10 Mauricio Cortés 54'   9 Juan Fernando Caicedo 67' Entrenador Leonel Álvarez   1 Sebastián Viera 13 Iván Vélez 19 Alexis Pérez 23 Sebastián Toro   2 Germán Gutiérrez 15 Luis Narváez 20 Juan Guillermo Domínguez 71' 18 Yony González   7 Sebastián Hernández 76' 16 Vladimir Hernández 21 Clemente Palacios 65' Entrenador Giovanni Hernández Sustituciones 16 Eduard Atuesta 41' 11 Faider Burbano 54' 24 Naisir Carmona 67' 17 Michael Rangel 65' 28 Enrique Serje 71' 10 Jarlan Barrera 76' Anotaciones 20' Mauricio Molina 1 - 0 59' Vladimir Hernández 1 - 1 78' Michael Rangel 1 - 2 Amonestaciones 27' Jorge Arias 3' Juan Guillermo Domínguez 61' Alexis Pérez 84' Yony González Expulsiones Árbitro Luis Trujillo Árbitros asistentes Fredy Moyano Diego Flechas Cuarto árbitro Diego Escalante Reporte del partido

Junior

Deportivo Cali

Deportivo Cali 2 Deportes Tolima 0 24 de agosto de 2016, 20:00 (UTC-5) Estadio Pascual Guerrero, Cali Cuartos de Final - Ida 12 Ernesto Hernández 13 Helibelton Palacios 16 Germán Mera   2 Juan Quintero 28 Luis Manuel Orejuela   5 Andrés Pérez 14 Abel Aguilar 58' 25 Fabián Sambueza 73' 10 Andrés Roa   7 Harold Preciado 58'   9 Ronnie Fernández Entrenador Mario Yepes 12 Joel Silva   7 Víctor Giraldo   5 Julián Quiñones 16 Sergio Mosquera 20 Danovis Banguero   6 Luis Alejandro Paz 17 Avimiled Rivas 23 Santiago Montoya 72' 10 Cleider Alzate 18 Marco Pérez 45'   9 Angelo Rodríguez 28' Entrenador Alberto Gamero Sustituciones 17 Mayer Candelo 58' 21 Nicolás Benedetti `58' 26 Jhon Pajoy 73' 21 Víctor Aquino 28' 27 Jader Obrián 45' 19 Armando Vargas 75' Anotaciones 65' Nicolás Benedetti 1 - 0 90+2' Mayer Candelo 2 - 0 Amonestaciones 10' Abel Aguilar 42' Helibelton Palacios 57' Andrés Roa 69' Fabián Sambueza 19' Víctor Giraldo 38' Avimiled Rivas Expulsiones Árbitro Jorge Guzmán Árbitros asistentes Fredy Moyano Fabián Orozco Cuarto árbitro Luis Trujillo Reporte del partido

Deportes Tolima

Deportes Tolima

Deportes Tolima 2 Deportivo Cali 0 31 de agosto de 2016, 19:30 (UTC-5) Estadio Manuel Murillo Toro, Ibagué Cuartos de Final - Vuelta 12 Joel Silva 13 Didier Delgado   2 Fainer Torijano 16 Sergio Mosquera 20 Danovis Banguero   6 Luis Alejandro Paz 19 Armando Vargas 23 Santiago Montoya 10 Cleider Alzate 27 Jader Obrián 18 Marco Pérez 60' Entrenador Alberto Gamero 12 Ernesto Hernández 13 Helibelton Palacios 16 Germán Mera   2 Juan Quintero 28 Luis Manuel Orejuela   5 Andrés Pérez 35 Kevin Balanta 26 Jhon Pajoy 77' 10 Andrés Roa   7 Harold Preciado 56'   9 Ronnie Fernández 85' Entrenador Mario Yepes Sustituciones 21 Víctor Aquino 60' 21 Nicolás Benedetti 56' 17 Mayer Candelo 77' 20 José David Lloreda 85' Anotaciones 34' Armando Vargas 1 - 0 69' Víctor Aquino 2 - 0 Tiros desde el punto penal 0:0 Andrés Pérez Sergio Mosquera 1:0 1:1 Juan Quintero Didier Delgado 2:1 2:1 José David Lloreda Cleider Alzate 3:1 3:2 Andrés Roa Víctor Aquino 4:2 Amonestaciones 21' Didier Delgado 38' Avimiled Rivas 16' Jhon Pajoy 33' Ronnie Fernández Expulsiones Árbitro Carlos Anaya Árbitros asistentes John Gómez Alejandro Gallego Cuarto árbitro Luis Chacón Reporte del partido

Deportivo Cali

Atlético Nacional	Santa Fe	Junior	Deportes Tolima

• Anexo:Octavos de final de la Copa Colombia 2016
• Anexo:Semifinales de la Copa Colombia 2016
• Final de la Copa Colombia 2016

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