Con los Dieciseisavos de final de la Copa Argentina 1969 dio comienzo el campeonato. Fueron disputados por los 32 equipos participantes: 19 equipos de la Primera División, es decir, los que jugaron el Campeonato Metropolitano 1969 a excepción de Estudiantes de La Plata, River Plate y Vélez Sarsfield; 13 equipos provenientes de las ligas regionales; y Almagro, invitado de la Primera B. Se disputó en varias sedes del país, siendo las más representativas Santa Fe, Rosario, Córdoba, Mendoza, Jujuy, San Juan y Buenos Aires. En esta última se jugaron ambas finales, en el viejo estadio de San Lorenzo.

Los 32 equipos se emparejaron formando una ronda de Dieciseisavos. El sistema fue eliminatorio, a dos rondas (encuentros de ida y vuelta). Los ganadores clasificaron a los 8.avos de final.

Argentinos Juniors	Atlanta	Banfield	Boca Juniors
Chacarita Juniors	Colón	Deportivo Morón	Gimnasia y Esgrima (LP)
Huracán	Independiente	Lanús	Los Andes
Newell's Old Boys	Platense	Quilmes	Racing Club
Rosario Central	San Lorenzo	Unión (SF)

Almagro

All Boys (SR)	Altos Hornos Zapla	Américo Tesorieri	Atlético Tucumán
Central Norte	Godoy Cruz	Guaraní Antonio Franco	Lipton
Los Andes (SJ)	Sportivo Belgrano	Sporting (Punta Alta)	Sarmiento (SdE)

Región	Cant.	Equipos
Conurbano bonaerense	10	Almagro, Banfield, Chacarita Juniors, Deportivo Morón, Independiente, Lanús, Los Andes, Platense, Quilmes y Racing Club
Ciudad de Buenos Aires	5	Argentinos Juniors, Atlanta, Boca Juniors, Huracán y San Lorenzo
Provincia de Santa Fe	2	Colón y Unión
Ciudad de Rosario	2	Newell's Old Boys y Rosario Central
Interior de la provincia de Buenos Aires	1	Sporting (Punta Alta)
Ciudad de La Plata	1	Gimnasia y Esgrima
Provincia de Córdoba	1	Sportivo Belgrano
Provincia de Corrientes	1	Lipton
Provincia de Jujuy	1	Altos Hornos Zapla
Provincia de La Pampa	1	All Boys
Provincia de La Rioja	1	Américo Tesorieri
Provincia de Mendoza	1	Godoy Cruz
Provincia de Misiones	1	Guaraní Antonio Franco
Provincia de Salta	1	Central Norte
Provincia de San Juan	1	Los Andes
Provincia de Santiago del Estero	1	Sarmiento
Provincia de Tucumán	1	Atlético Tucumán

6 de febrero de 1969	Central Norte	1:0	Atlanta	El Gigante del Norte, Salta
	Palavecino

9 de febrero de 1969	Central Norte	0:3	Atlanta	El Gigante del Norte, Salta
			R. Juárez Zerrillo C. De La Iglesia

6 de febrero de 1969	Altos Hornos Zapla	2:2	Almagro	Emilio Fabrizzi, San Salvador de Jujuy
	Martínez Lazarte		Machao Fuentes

9 de febrero de 1969	Altos Hornos Zapla	1:0	Almagro	La Tablada, San Salvador de Jujuy
	Pedernera

6 de febrero de 1969	Américo Tesorieri	0:5	San Lorenzo	Carlos Mercado Luna, La Rioja
			Doval Veira Ayala

8 de febrero de 1969	Américo Tesorieri	0:3	San Lorenzo	Carlos Mercado Luna, La Rioja
			Doval Ayala

8 de febrero de 1969	Sportivo Belgrano	0:1	Argentinos Juniors	Óscar Carlos Boero, San Francisco
			Medero

9 de febrero de 1969	Sportivo Belgrano	1:1	Argentinos Juniors	Óscar Carlos Boero, San Francisco
	Panero		Di Benedetto

6 de febrero de 1969	Lipton	1:4	Lanús	Quincho D'Andrea, Corrientes
	Maidana		Á. Silva Daniel Quevedo Vicente

8 de febrero de 1969	Lipton	3:5	Lanús	Quincho D'Andrea, Corrientes
	Esquivel Encinas Benítez		Daniel Quevedo Á. Silva B. Acosta

6 de febrero de 1969	Guaraní Antonio Franco	2:0	Gimnasia y Esgrima (LP)	Clemente Argentino Fernández de Oliveira, Posadas
	Benítez Medina

9 de febrero de 1969	Guaraní Antonio Franco	4:4	Gimnasia y Esgrima (LP)	Clemente Argentino Fernández de Oliveira, Posadas
	De France Lecano Núñez (p)		Pignani Onnis (1 p)

5 de febrero de 1969	Rosario Central	3:2	Quilmes	Dr. Lisandro de la Torre, Rosario
	Griguol Castronovo Gramajo		Bertolotti (p) Leeb

7 de febrero de 1969	Rosario Central	4:0	Quilmes	Dr. Lisandro de la Torre, Rosario
	Gramajo Poncini Castronovo

6 de febrero de 1969	Newell's Old Boys	0:1	Banfield	El Coloso del Parque, Rosario
			O. Cáceres

9 de febrero de 1969	Newell's Old Boys	3:1	Banfield	El Coloso del Parque, Rosario
	J. C. Montes		Bulla

5 de febrero de 1969	Colón	1:1	Deportivo Morón	Brigadier General Estanislao López, Santa Fe
	Colman		Ricci

8 de febrero de 1969	Colón	3:2	Deportivo Morón	Brigadier General Estanislao López, Santa Fe
	Borgogno Balbuena Colman		J. C. González C. Pagano

6 de febrero de 1969	Unión	2:4	Independiente	15 de Abril, Santa Fe
	Mendoza D. Benítez		Pastoriza Bernao

9 de febrero de 1969	Unión	1:1	Independiente	15 de Abril, Santa Fe
	Vitale		Tarabini

6 de febrero de 1969	Sporting (Punta Alta)	1:2	Huracán	Enrique Mendizabal, Punta Alta
	Cicchini		Vera Díaz Chazarreta

8 de febrero de 1969	Sporting (Punta Alta)	1:1	Huracán	Roberto Natalio Carminatti, Bahía Blanca
	Oberti		Brindisi

6 de febrero de 1969	All Boys	0:1	Platense	Dr. Ramón Turnes, Santa Rosa
			Subiat

10 de febrero de 1969	All Boys	0:1	Platense	Dr. Ramón Turnes, Santa Rosa
			J. Gatti

6 de febrero de 1969	Atlético Tucumán	2:3	Boca Juniors	Monumental José Fierro, San Miguel de Tucumán
	Campi Cuello		Morales (a.g.) Coch Nicolau

6 de febrero de 1969	Sarmiento (SdE)	2:0	Los Andes	Sarmiento, La Banda
	Bellido Luna

10 de febrero de 1969	Sarmiento (SdE)	0:1	Los Andes	Sarmiento, La Banda
			Silva

7 de febrero de 1969	Godoy Cruz	1:3	Chacarita Juniors	Feliciano Gambarte, Mendoza
	J. Núñez		Recúpero Poncio Á. Marcos

10 de febrero de 1969	Godoy Cruz	2:3	Chacarita Juniors	Feliciano Gambarte, Mendoza
	Santilli Albarracín		Puntorero H. Neumann O. Amarilla

6 de febrero de 1969	Los Andes (SJ)	1:2	Racing Club
	J. González		J. C. Cárdenas Raffo

10 de febrero de 1969	Los Andes (SJ)	1:1	Racing Club	Parque de Mayo, San Juan
	J. González		J. C. Cárdenas

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• Anexo:Octavos de final de la Copa Argentina 1969
• Anexo:Cuartos de final de la Copa Argentina 1969
• Anexo:Semifinales de la Copa Argentina 1969
• Anexo:Final de la Copa Argentina 1969