Serán 47 equipos los que competirán en la Copa Sudamericana 2016, con una plaza destinada al campeón defensor.

El torneo se disputa con la participación de equipos provenientes de diez países: Argentina, Bolivia, Brasil, Chile, Colombia, Ecuador, Paraguay, Perú, Uruguay y Venezuela. La clasificación a la competición se determina de manera independiente por cada federación local.^[1]​

N.º	Equipo	Detalle	Fecha de clasificación	Participación en Copas Sudamericanas	Última participación	Mejor presentación
1	Bolívar	Campeón del Torneo Apertura y Torneo Clausura 2014-15	10 de mayo de 2015	8	2015	Subcampeón en 2004.
2	Jorge Wilstermann	4.º lugar del Tabla Acumulada 2014/15	17 de mayo de 2015	3	2014	Primera fase en 2014.
3	Blooming	5.º lugar del Tabla Acumulada 2014/15	17 de mayo de 2015	5	2013	Primera fase en 2013.
4	Real Potosí	6.º lugar del Tabla Acumulada 2014/15	17 de mayo de 2015	4	2015	Primera fase en 2013.
5	Deportivo La Guaira	Campeón de la Copa Venezuela 2015	28 de octubre de 2015	3	2015	Segunda fase en 2015.
6	Junior	Campeón de la Copa Colombia 2015	19 de noviembre de 2015	3	2015	Cuartos de final en 2004.
7	Deportivo Municipal	6.º lugar de la tabla acumulada 2015	22 de noviembre de 2015	1	Debutante en 2016	Sin antecedentes.
8	Sport Huancayo	5.º lugar de la tabla acumulada 2015	29 de noviembre de 2015	3	2013	Segunda fase en 2010.
9	Universitario	7.º lugar de la tabla acumulada 2015	29 de noviembre de 2015	7	2015	Cuartos de final en 2011.
10	Cerro Porteño	Campeón Temporada 2015 con mejor puntaje acumulado	29 de noviembre de 2015	10	2014	Semifinalista en 2009.
11	Libertad	4.º mejor puntaje acumulado de la Temporada 2015	29 de noviembre de 2015	12	2015	Semifinalista en 2013.
12	Deportivo Lara	Subcampeón de la Copa Venezuela 2015	2 de diciembre de 2015	4	2013	Primera fase en 2010, 2012 y 2013.
13	Sol de América	5.º mejor puntaje acumulado de la Temporada 2015	5 de diciembre de 2015	1	Debutante en 2016	Sin antecedentes.
14	Sportivo Luqueño	6.º mejor puntaje acumulado de la Temporada 2015	5 de diciembre de 2015	2	2015	Semifinalista en 2015.
15	Belgrano	Ganador de la llave 1 de la Liguilla pre-Sudamericana 2015	5 de diciembre de 2015	3	2015	Segunda fase en 2013 y 2015.
16	Estudiantes (LP)	Ganador de la llave 2 de la Liguilla pre-Sudamericana 2015	5 de diciembre de 2015	7	2014	Subcampeón en 2008.
17	Banfield	Ganador de la llave 3 de la Liguilla pre-Sudamericana 2015	5 de diciembre de 2015	5	2010	Octavos de final en 2005 y 2010.
18	Independiente	Perdedor de la final de la Liguilla pre-Libertadores 2015	6 de diciembre de 2015	7	2015	Campeón en 2010.
19	Lanús	Ganador de la llave 4 de la Liguilla pre-Sudamericana 2015	6 de diciembre de 2015	8	2015	Campeón en 2013.
20	Santa Fe	Campeón de la Copa Sudamericana 2015	9 de diciembre de 2015	4	2015	Campeón en 2015.
21	Aucas	6.º lugar del Campeonato Ecuatoriano de Fútbol 2015	12 de diciembre de 2015	3	2004	Primera fase en 2002 y 2004.
22	Universidad Católica	4.º lugar del Campeonato Ecuatoriano de Fútbol 2015	13 de diciembre de 2015	3	2015	Segunda fase en 2014.
23	Barcelona	5.º lugar del Campeonato Ecuatoriano de Fútbol 2015	13 de diciembre de 2015	7	2014	Octavos de final en 2012.
24	Zamora	Campeón del Torneo de Adecuación 2015	13 de diciembre de 2015	4	2015	Fase Preliminar en 2007.
25	Real Garcilaso	4.º lugar del Campeonato Descentralizado 2015	15 de diciembre de 2015	1	Debutante en 2016	Sin antecedentes.
26	Emelec	Campeón del Campeonato Ecuatoriano de Fútbol 2015	20 de diciembre de 2015	8	2015	Cuartos de final en 2014.
27	Universidad Católica	Ganador de la Liguilla Pre-Sudamericana Apertura 2015	20 de diciembre de 2015	9	2015	Semifinales en 2005 y 2012.
28	Independiente Medellín	Mejor puntaje acumulado de la Reclasificación 2015	20 de diciembre de 2015	2	2006	Fase Preliminar en 2006.
29	Deportes Tolima	2.º mejor puntaje acumulado de la Reclasificación 2015	20 de diciembre de 2015	5	2015	Cuartos de final en 2010.
30	Atlético Nacional	Campeón de la Superliga de Colombia 2016	27 de enero de 2016	7	2014	Subcampeón en 2002 y 2014.
31	San Lorenzo	Campeón de la Supercopa Argentina 2015	10 de febrero de 2016	9	2013	Campeón en 2002.
32	Cuiabá	Campeón de la Copa Verde 2015 y eliminado de la Copa de Brasil 2016	27 de abril de 2016	1	Debutante en 2016	Sin antecedentes.
33	Sport Recife	Mejor ubicado en el Campeonato Brasileño de Fútbol 2015 y eliminado de la Copa de Brasil 2016	27 de abril de 2016	4	2015	Octavos de final en 2013 y 2015.
34	Palestino	Mejor puntaje de la Temporada 2015-16	29 de abril de 2016	1	Debutante en 2016	Sin antecedentes.
35	Universidad de Concepción	2° mejor puntaje de la Temporada 2015-16	30 de abril de 2016	3	2015	Primera fase en 2015.
36	O'Higgins	Ganador de la Liguilla Pre-Sudamericana Clausura 2016	15 de mayo de 2016	2	2012	Primera fase en 2012.
37	Deportivo Anzoátegui	Subcampeón del Torneo Apertura 2016	29 de mayo de 2016	6	2015	Segunda fase en 2011.
38	Fénix	6.º lugar del Campeonato Uruguayo de Fútbol 2015-16	5 de junio de 2016	2	2011	Primera fase en 2011
39	Montevideo Wanderers	5.º lugar del Campeonato Uruguayo de Fútbol 2015-16	5 de junio de 2016	2	2013	Primera fase en 2013
40	Plaza Colonia	4.º lugar del Campeonato Uruguayo de Fútbol 2015-16	12 de junio de 2016	1	Debutante en 2016	Sin antecedentes.
41	Peñarol	Campeón Campeonato Uruguayo de Fútbol 2015-16	12 de junio de 2016	5	2014	Octavos de final en 2010 y 2014.
42	Santa Cruz	Campeón de la Copa do Nordeste 2016 y eliminado de la Copa de Brasil 2016	20 de julio de 2016	1	Debutante en 2016	Sin antecedentes.
43	Flamengo	2.º mejor ubicado en el Campeonato Brasileño de Fútbol 2015 y eliminado de la Copa de Brasil 2016	27 de julio de 2016	5	2011	Octavos de final en 2011.
44	Chapecoense	3.º mejor ubicado en el Campeonato Brasileño de Fútbol 2015 y eliminado de la Copa de Brasil 2016	27 de julio de 2016	2	2015	Cuartos de Final en 2015
45	Coritiba	4.º mejor ubicado en el Campeonato Brasileño de Fútbol 2015 y eliminado de la Copa de Brasil 2016	27 de julio de 2016	5	2013	Octavos de final en 2013
46	Figueirense	5.º mejor ubicado en el Campeonato Brasileño de Fútbol 2015 y eliminado de la Copa de Brasil 2016	27 de julio de 2016	4	2012	Segunda fase en 2012.
47	Vitória	6.º mejor ubicado en el Campeonato Brasileño de Fútbol 2015 y eliminado de la Copa de Brasil 2016	27 de julio de 2016	5	2014	Octavos de final en 2009 y 2014.