La Fase final fue la etapa de la Copa Argentina 2013-14, que definió a los 12 equipos que clasificaron al cuadro final.

La Fase Final se compone de dos rondas:^[1]​

• Fase Final I: arranca con los seis ganadores de la Metropolitana y los seis de la Regional. A estos 12 equipos se le suman ocho clubes de la B Nacional (los cuatro ascendidos –Talleres de Córdoba, Sportivo Belgrano, Villa San Carlos y Brown de Adrogué- y los cuatro peores de la temporada 2012/2013 –Instituto, Crucero del Norte, Aldosivi y Ferro-). En total participarán 20 instituciones.

• Fase Final II: la jugarán los diez ganadores de la Fase Final I, más los 14 clubes de la B Nacional que todavía no debutaron.

Por sorteo, se determinan los cruces de las dos rondas. Jugarán a partido único, donde habrá tanda de penaltis si el partido termina en empate tras noventa minutos (se omite la prórroga), en estadio designado por el comité organizador.^[1]​

Evento	Criterio	Clasificados
Clasificados automáticamente	Cuatro peores puntajes en la Primera B Nacional 2012/13 no descendidos	Instituto Crucero del Norte Aldosivi Ferro Carril Oeste
	Equipos recién ascendidos	Talleres (C) Sportivo Belgrano Villa San Carlos Brown de Adrogué
Provenientes de eliminatorias pasadas	Zona Inicial Metropolitana	Estudiantes (BA) Sacachispas Chacarita Juniors Sportivo Italiano Acassuso Cambaceres
	Fase Inicial Regional	Santamarina Cipolletti Juventud Unida Universitario Villa Cubas Chaco For Ever Gimnasia y Esgrima (Concepción del Uruguay)

El sorteo se realizó el 7 de marzo de 2014 en el predio de la AFA.^[2]​^[3]​

12 de marzo de 2014, 21:00	Talleres (C)	2:1 (0:0)	Chaco For Ever	Estadio Mario Alberto Kempes, Córdoba
	Fredrich  73' Tévez  90+5' (pen.)	Reporte	Matto  64'	Árbitro(s): Damián Espinosa

20 de marzo de 2014, 20:30	Ramón Santamarina	1:1 (0:0) (3:1 p.)	Sacachispas	Estadio Municipal General San Martín, Tandil
	Strada  88'	Reporte	Miranda Moreira  85'	Árbitro(s): Ariel Penel
		Tiros desde el punto penal
	Michel Pérez Strada Azcárate		Miranda Moreira Cuevas Cogrossi Islas
Durante la tanda de penaltis, con el resultado parcial 2-0 favorable a Santamarina, muchos hinchas de Sacachispas invadieron el campo de juego, disconformes con el resultado, pidiéndole reacción a su equipo que había errado tres penales. Este hecho obligó a demorar el partido unos minutos.[4]​[5]​

26 de marzo de 2014, 15:30	Aldosivi	2:1 (1:0)	Acassuso	Estadio 20 de Octubre, Tristán Suárez
	Fredes  44' de Hoyos  56'	Reporte	Planté  77'	Árbitro(s): Héctor Peralta

27 de marzo de 2014, 15:30	Ferro Carril Oeste	3:0 (1:0)	Sportivo Italiano	Estadio 20 de Octubre, Tristán Suárez
	Carranza  4' Caballero  78'  86'	Reporte		Árbitro(s): Pablo Dóvalo

27 de marzo de 2014, 21:00	Sportivo Belgrano	0:1 (0:1)	Estudiantes (BA)	Estadio Juan Domingo Perón, Córdoba
		Reporte	Yassogna  36'	Árbitro(s): Fernando Espinoza

2 de abril de 2014, 15:30	Villa San Carlos	1:1 (0:0) (2:4 p.)	Cipolletti	Estadio 20 de Octubre, Tristán Suárez
	Mendoza  85'	Reporte	Vergara  82'	Árbitro(s): Gastón Suárez
		Tiros desde el punto penal
	Sarati Mendoza Mazzola Giménez		Lamolla Vergara Abayián Chironi Alegría

2 de abril de 2014, 15:30	Crucero del Norte	2:0 (1:0)	Gimnasia y Esgrima (CdU)	Estadio Julio Humberto Grondona, Sarandí
	Aquino  45+1'  58'	Reporte		Árbitro(s): Jorge Baliño

2 de abril de 2014, 18:00	Instituto	3:1 (2:0)	Chacarita Juniors	Estadio Mario Alberto Kempes, Córdoba
	Bernardi  30' Masuero  35' Godoy  58'	Reporte	Rosso  88'	Árbitro(s): Mariano González

2 de abril de 2014, 18:00	Villa Cubas (C)	2:3 (1:2)	Brown de Adrogué	Estadio Bicentenario Ciudad de Catamarca, San Fernando del Valle de Catamarca
	Barrionuevo  37' Valatkevicnis  72'	Reporte	García  11'  52' Miranda  12'	Árbitro(s): Federico Guaymas Tornero

El sorteo de esta fase se realizó el día 7 de abril de 2014, en el predio de la AFA, Ezeiza.^[6]​:^[7]​

9 de abril de 2014, 20:00	Independiente	4:2 (2:1)	Santamarina	Estadio Provincial Juan Gilberto Funes, La Punta
	Insúa  26'  62' Monserrat  35' Menéndez  65'	Reporte	Celaya  41' Timpanaro  71'

9 de abril de 2014, 20:00	Atlético Tucumán	0:1 (0:1)	Ferro Carril Oeste	Estadio Padre Ernesto Martearena, Salta
		Reporte	Coll  19'

16 de abril de 2014, 15:30	Defensa y Justicia	1:1 (1:0) (4:1 p.)	Brown de Adrogué	Estadio Nuevo Francisco Urbano, Morón
	Bustamante  38'	Reporte	Lemmo  51'
		Tiros desde el punto penal
	Diego Martínez Claudio Guerra Germán Strillevsky Walter Busse		Juan Manuel García Leonel Ríos Erick Daniel Aparicio

16 de abril de 2014	Talleres (C)	3:0 (0:0)	Sarmiento	Estadio Mario Alberto Kempes, Córdoba
	Carabajal  51' Tévez  71' Álvarez  88'	Reporte

23 de abril de 2014, 21:00	Independiente Rivadavia	1:2 (1:1)	Almirante Brown	Estadio San Juan del Bicentenario, San Juan
	Cardozo  3'	Reporte	Silva  23' (g.e.c) Pereyra  74'

30 de abril de 2014, 21:00	Instituto	2:2 (1:1) (5:4 p.)	Patronato	Estadio Mario Alberto Kempes, Córdoba
	Javier Velázquez  32' Bernardi  69'	Reporte	Acosta  26' Minetti  61'
		Tiros desde el punto penal
	Velázquez Dematei Vismara Bernardi Soda		Guzmán Carignano Almada Rossi Chitero

30 de abril de 2014, 21:00	San Martín (SJ)	2:1 (0:1)	Cipolletti	Estadio San Juan del Bicentenario, Gran San Juan
	Caprari  55' Salas  89'	Reporte	Chironi  36'

7 de mayo de 2014, 15:00	Huracán	2:2 (1:1) (5:4 p.)	Crucero del Norte	Estadio Julio Humberto Grondona, Sarandí
	Caruso  4'  87'	Reporte	Torres  24' Fileppi  62'
		Tiros desde el punto penal
	Caruso Milano Cuesta Correale Arraya Zaragoza Villafáñez		Fileppi Cabrera Lamas Torres Aquino Rosso Cabrera

7 de mayo de 2014, 15:00	Boca Unidos	1:1 (0:1) (0:3 p.)	Douglas Haig	Estadio República de Italia, Ciudad Evita
	Perea  69'	Reporte	Cuevas  43'
		Tiros desde el punto penal
	Perea Manchot Benítez		Stele Cuevas Stella

7 de mayo de 2014, 21:00	Aldosivi	0:3 (0:1)	Banfield	Estadio Provincial Juan Gilberto Funes, La Punta
		Reporte	Molina  12'  67' Chetti  63'