| Nombre | Inicio | Final | Notas |
|---|---|---|---|
| Ginés de Morata | 1549 | 1558 | Primer maestro de capilla mencionado. |
| Andrés de Villalar | 1558 | 1561 | Tras su partida, Juan Ruiz ocuparía el cargo como suplente entre 1561 y 1566. |
| Pedro Periáñez | 1566 | 1581 | |
| Melchor de Arroyal | ¿? | 1588 | |
| Juan Pérez de Andosilla | 1589 | 1589 | |
| Juan de Villalobos, padre | 1590 | 1614 | |
| Juan de Villalobos, hijo | 1614 | 1628 | |
| Antonio de Paz | 1628 | 1637 | |
| Francisco Losada | 1637 | 1638 | Primera vez. |
| Diego Morillo | 1638 | 1638 | |
| Sebastián de Guevara | 1638 | ¿? | |
| Francisco Pérez | 1644 | ¿1647? | |
| Gregorio Pérez | 1647 | ¿? | Primera vez. |
| Miguel de Soto | 1654 | 1655 | Probablemente nombrado solo como suplente. |
| Gregorio Pérez | 1655 | 1655 | Segunda vez. |
| Francisco de Losada | 1655 | 1656 | Segunda vez. |
| Diego de Roca | 1656 | 1658 | |
| Pedro de Soto y Jorquera | 1658 | 1671 | Tras su ausencia se nombraría brevemente a José Igual para sutituto. |
| Simón Pérez de Moradilla | 1671 | 1675 | |
| José de Gilabert | 1675 | 1679 | Tras el fallecimiento de Gilabert, fray Pedro de Santamaría ocuparía brevemente el cargo de forma interina. |
| Francisco Sanz | 1680 | 1681 | |
| José Bondía | 1681 | 1687 | Solo fue nombrado como sustituto. |
| Vicente Talens | 1687 | 1735 | |
| Juan Antonio Vicente Colomina | 1735 | 1738 | |
| Antonio Ladrón de Guevara | 1738 | 1781 | |
| Juan Felipe Ladrón de Guevara | 1781 | 1805 | |
| - | 1805 | 1854 | No hay noticias de un maestro de capilla. Debido a los problemas económicos del cabildo, la invasión de las tropas francesas y la inestabilidad política posterior, es probable que el cargo estuviese ocupado de forma interina por algún músico de la capilla. |
| Nicolás Jiménez Albendín y Toledano | 1854 | 1868 | |
| - | 1868 | 1875 | La capilla de música fue disuelta. |
| - | 1875 | 1892 | Se desconoce el nombre de los directores de la capilla de música. |
| Juan Antonio Pulido y García | 1893 | 1906 | |
| José García Sánchez | 1906 | 1909 | |
| Manuel García Martínez | 1909 | ¿1914? | En 1914 cesan las noticias de la capilla de música. |
