Desde el primer presidente oficial de la institución, Rafael Higinio Orozco, en 1908, han pasado por el máximo cargo del club un total de 32 presidentes, incluyendo los segundos mandatos de Ramón J. Fregoso, Salvador Mejía, José Fernando Espinosa, Federico González Obregón y Evaristo Cárdenas. Los hermanos Rafael y Gregorio Orozco fueron los primeros presidentes de la institución, y quienes iniciaron la labor de desarrollo formativo del club.^[1]​^[2]​

Entre los presidentes que más destacaron, se encuentran Evaristo Cárdenas, Federico González Obregón y Alberto Esponda Macías. Durante sus períodos se gestó la época más exitosa en la historia de la institución, al cosechar quince campeonatos en tan sólo nueve años, lo que popularmente se conoce como la época del campeonísimo. Fueron los principales responsables del mayor crecimiento que ha tenido el club como referencia a nivel nacional, e impulsaron la aportación de futbolistas a la selección de México.

En 1993, Salvador Martínez Garza y Antonio Blanchet, conformaron la «Promotora Deportiva Guadalajara», que se encargó de manejar la directiva de la institución, la promotora tenía el fin de regresar al Guadalajara nuevamente a la cumbre del fútbol mexicano. Durante la década de la promotora, se fichó a futbolistas de gran nivel como Ramón Ramírez, Alberto Coyote, Noé Zárate, Camilo Romero, Paulo César Chávez y Daniel Guzmán, asumiendo un proyecto sólido en la formación del plantel que en la temporada 1994/95 fue líder, campeón en 1997 y subcampeón en 1998.

A pesar del éxito mediático, a finales de 1998 la promotora asumió problemas económicos, debido a esto se suscitó la polémica venta del mejor futbolista del club, Ramón Ramírez al Club América.^[3]​ Sin embargo no fue sino hasta a finales de 2002 que el empresario y presidente de Omnilife, Jorge Vergara, adquirió un alto porcentaje de los activos del Guadalajara, asumiendo desde ese año el cargo como Presidente del Consejo de Administración.

Directores/Presidentes Deportivos del Club Deportivo Guadalajara

Presidente	Periodo
Raúl Cuevas López	2002
Ivar Sisniega	2002 - 2005
Juan José Frangié	2005 - 2007
Néstor de la Torre	2007 - 2009
Pedro Sáez	2009
Rafael Lebrija	2009 - 2010
Rafael Ortega Orozco	2011 - 2012
Dennis te Kloese	2013 - 2014
Juan Manuel Herrero Álvarez	2014
Francisco Palencia	2014
Néstor de la Torre	2014 - 2015
Jaime Ordiales	2015 - 2016
José Luis Higuera	2016 - 2018
Francisco Gabriel de Anda	2018
Juan Mariano Varela	2018 - 2019
Ricardo Peláez Linares	2019 - 2022
Fernando Hierro	2022 - 2024
Juan Carlos Martínez Castrejo, Fran Pérez Lázaro y Sergio Pérez Alonso	2024 - Presente