La tercera fase o dieciseisavos de final de la Copa Ecuador 2018-19 fue la instancia eliminatoria de esa competencia que enfrentó en llaves de ida y vuelta a los 32 equipos clasificados.^[1]​ En ella, tomaron partido en total 32 equipos, 16 equipos de la Serie A que integraron la LigaPro Banco Pichincha 2019, 10 equipos de la Serie B que integraron la LigaPro Banco Pichincha Pymes 2019 y los 6 equipos clasificados en forma directa como ganadores de sus respectivas llaves de la segunda fase.^[2]​ Los partidos se jugaron entre el 24 de abril y 19 de junio de 2019.^[3]​

El sorteo de la tercera fase de la Copa Ecuador se realizó el martes 2 de abril de 2019 en el hotel Oro Verde de la ciudad de Guayaquil a las 20:00 (UTC-5).^[4]​ La distribución de los bombos conforme al Departamento de Competiciones de la FEF fue de la siguiente manera.^[5]​

La conformación de los bombos se hizo en base a las posiciones finales de la tabla acumulada de la Serie A 2018, al igual que la posición final de los equipos que ascendieron de la Serie B 2018, los equipos que finalizaron en posición impar de ambos campeonatos fueron ubicados en el bombo 1, los equipos que terminaron en posición par al bombo 2, además los equipos clasificados de la fase previa al bombo 3:

• Bombo 1: 1.°, 3.°, 5.°, 7.°, 9.°, 11.° de la Serie A 2018, 1.° y 3.° de la Serie B 2018.
• Bombo 2: 2.°, 4.°, 6.°, 8.°, 10.°, 12.° de la Serie A 2018, 2.° y 4.° de la Serie B 2018.
• Bombo 3: 10 clubes de Serie B 2019 y 6 clubes clasificados de la segunda fase.

Sociedad Deportivo Quito clasificó a la tercera fase pero la FEF desafectó su participación en esta instancia debido a una suspensión por falta de pago a diferentes acreedores,^[6]​^[7]​ en su reemplazo se confirmó al Club Mineros, por ser el equipo que más puntos acumuló en las dos etapas anteriores y que no estaba clasificado a los dieciseisavos de final.^[8]​

La fase se disputó por eliminación directa a partidos de ida y vuelta. De producirse empate, se procedió a la definición por la regla del gol de visitante y en caso de persistir el empate mediante tiros desde el punto penal.

	vs.			vs.			vs.			vs.
Gloria 0 0 0		Liga de Quito 5 0 5	Barcelona 1 2 3		Mineros 1 0 1	Alianza 0 3 3		Olmedo 1 1 2	Fuerza Amarilla 0 1 1		Santa Rita 1 3 4
	vs.			vs.			vs.			vs.
Clan Juvenil 1 2 3		Guayaquil City 6 1 7	El Nacional 1 4 5		Anaconda 1 0 1	Toreros 0 0 0		Aucas 2 2 4	Orense 1 0 1 (v.)		Independiente del Valle 1 0 1
	vs.			vs.			vs.			vs.
Macará 2 3 5		Atlético Porteño 1 1 2	Universidad Católica 0 1 1		Independiente Juniors 2 1 3	Liga de Loja 0 1 1		Técnico Universitario 3 2 5	Deportivo Cuenca 1 1 2		Gualaceo 0 0 0
	vs.			vs.			vs.			vs.
Liga de Portoviejo 0 2 2		América 4 2 6	Mushuc Runa 2 4 6		Manta 0 0 0	Atlético Santo Domingo 0 0 0		Emelec 2 2 4	Delfín 2 0 2		Insutec 1 0 1

• Los horarios corresponden a la hora de Ecuador (UTC-5).

1 de mayo de 2019, 19:30	Liga de Quito	5:0 (1:0)	Gloria	Estadio Rodrigo Paz Delgado, Quito
	Chicaiza  31' Minda  54' Aguirre  60'  67' Martínez  78'	Reporte		Asistencia: 2129 espectadores Árbitro: Jordan Montece

Uniformes
Liga de Quito	Gloria

15 de mayo de 2019, 20:00	Gloria	0:0 (Global 0:5)	Liga de Quito	Estadio Alejandro Serrano Aguilar, Cuenca
		Reporte		Asistencia: 1345 espectadores Árbitro: Jimmy Miño

Uniformes
Gloria	Liga de Quito

24 de abril de 2019, 12:30	Mineros	1:1 (0:1)	Barcelona	Estadio Centenario, Guaranda
	Torres  69'	Reporte	Vera  18'	Asistencia: 2455 espectadores Árbitro: Byron Reinoso

Uniformes
Mineros	Barcelona

16 de mayo de 2019, 19:30	Barcelona	2:0 (2:0) (Global 3:1)	Mineros	Estadio Monumental Banco Pichincha, Guayaquil
	Lastra  15' Esterilla  18'	Reporte		Asistencia: 2424 espectadores Árbitro: Gorky Araujo

Uniformes
Barcelona	Mineros

7 de mayo de 2019, 19:00	Olmedo	1:0 (0:0)	Alianza	Estadio Olímpico, Riobamba
	Romero  67'	Reporte		Asistencia: 796 espectadores Árbitro: Daniel Oñate

Uniformes
Olmedo	Alianza

28 de mayo de 2019, 15:30	Alianza	3:1 (1:0) (Global 3:2)	Olmedo	Estadio Timoteo Machado, Guano
	Lugo  18'  79' (pen.)  90+5'	Reporte	Villacrés  85'	Asistencia: 220 espectadores Árbitro: Edison Santana

Uniformes
Alianza	Olmedo

2 de mayo de 2019, 16:00	Santa Rita	1:0 (0:0)	Fuerza Amarilla	Estadio 14 de Junio, Vinces
	Penayo  53' (a.g.)	Reporte		Asistencia: 440 espectadores Árbitro: Gorky Araujo

Uniformes
Santa Rita	Fuerza Amarilla

29 de mayo de 2019, 15:00	Fuerza Amarilla	1:3 (1:2) (Global 1:4)	Santa Rita	Estadio 9 de Mayo, Machala
	Mina  33' (pen.)	Reporte	Mero  1' Molina  17' (pen.) Quiñónez  63'	Árbitro: Erik Ruíz

Uniformes
Fuerza Amarilla	Santa Rita

25 de abril de 2019, 18:00	Guayaquil City	6:1 (5:1)	Clan Juvenil	Estadio Christian Benítez, Guayaquil
	Hoyos  2' (pen.)  20' Mastriani  13'  56' Perlaza  33' Cháves  45+1'	Reporte	Quillupangui  42'	Asistencia: 13 espectadores Árbitro: Christian Guillén

Uniformes
Guayaquil City	Clan Juvenil

16 de mayo de 2019, 15:00	Clan Juvenil	2:1 (0:0) (Global 3:7)	Guayaquil City	Estadio General Rumiñahui, Sangolquí
	Lara  78' Lastre  90+1'	Reporte	Mancilla  63'	Asistencia: 47 espectadores Árbitro: Roque Véliz

Uniformes
Clan Juvenil	Guayaquil City

30 de abril de 2019, 15:00	Anaconda	1:1 (0:0)	El Nacional	Estadio Julio César Vega, La Joya de los Sachas
	Mecías  90+1'	Reporte	Rodríguez  80'	Árbitro: Manuel Carriel

Uniformes
Anaconda	El Nacional

28 de mayo de 2019, 12:30	El Nacional	4:0 (1:0) (Global 5:1)	Anaconda	Estadio Olímpico Atahualpa, Quito
	Ayoví  42' Rodríguez  59' Caicedo  74' Padilla  89' (pen.)	Reporte		Asistencia: 2554 espectadores Árbitro: Kevin Pazmiño

Uniformes
El Nacional	Anaconda

24 de abril de 2019, 20:00	Aucas	2:0 (1:0)	Toreros	Estadio Gonzalo Pozo Ripalda, Quito
	Mejía  16' De Jesús  72'	Reporte		Asistencia: 450 espectadores Árbitro: Carlos Bayas

Uniformes
Aucas	Toreros

29 de mayo de 2019, 19:00	Toreros	0:2 (0:1) (Global 0:4)	Aucas	Estadio Los Chirijos, Milagro
		Reporte	Sánchez  31' De Jesús  87'	Asistencia: 663 espectadores Árbitro: Bryan Loayza

Uniformes
Toreros	Aucas

30 de abril de 2019, 18:00	Independiente del Valle	1:1 (1:1)	Orense	Estadio General Rumiñahui, Sangolquí
	Bieler  43'	Reporte	Caicedo  29'	Asistencia: 202 espectadores Árbitro: René Marín

Uniformes
Independiente del Valle	Orense

14 de mayo de 2019, 15:00	Orense	0:0 (Global 1:1)	Independiente del Valle	Estadio 9 de Mayo, Machala
		Reporte		Asistencia: 50 espectadores Árbitro: Pablo Paspuel

Uniformes
Orense	Independiente del Valle

25 de abril de 2019, 15:30	Atlético Porteño	1:2 (0:1)	Macará	Estadio Monumental Banco Pichincha, Guayaquil
	Quiñonez  54' (a.g.)	Reporte	J. Corozo  23' Santacruz  82'	Árbitro: Lucas Cajas

Uniformes
Atlético Porteño	Macará

15 de mayo de 2019, 17:15	Macará	3:1 (1:1) (Global 5:2)	Atlético Porteño	Estadio Bellavista, Ambato
	Ciampichetti  33'  56' Arboleda  48'	Reporte	Gauna  13'	Asistencia: 472 espectadores Árbitro: Yerson Zambrano

Uniformes
Macará	Atlético Porteño

7 de mayo de 2019, 16:00	Independiente Juniors	2:0 (1:0)	Universidad Católica	Estadio La Cocha, Latacunga
	Domínguez  18'  54'	Reporte		Asistencia: 1200 espectadores Árbitro: Luis Troya

Uniformes
Independiente Juniors	Universidad Católica

19 de junio de 2019, 16:00	Universidad Católica	1:1 (1:1) (Global 1:3)	Independiente Juniors	Estadio Olímpico Atahualpa, Quito
	Amarilla  2'	Reporte	Cano  38'	Asistencia: 87 espectadores Árbitro: Carlos Bayas

Uniformes
Universidad Católica	Independiente Juniors

9 de mayo de 2019, 20:00	Técnico Universitario	3:0 (1:0)	Liga de Loja	Estadio Bellavista, Ambato
	Caicedo  38' Mejía  67' Perlaza  80'	Reporte		Asistencia: 237 espectadores Árbitro: Daniel Salazar

Uniformes
Técnico Universitario	Liga de Loja

30 de mayo de 2019, 19:30	Liga de Loja	1:2 (0:2) (Global 1:5)	Técnico Universitario	Estadio Reina del Cisne, Loja
	Vivero  67'	Reporte	Valencia  12' Vélez  14'	Asistencia: 265 espectadores Árbitro: Henri Arízaga

Uniformes
Liga de Loja	Técnico Universitario

2 de mayo de 2019, 19:30	Gualaceo	0:1 (0:0)	Deportivo Cuenca	Estadio Alejandro Serrano Aguilar, Cuenca
		Reporte	Pita  85'	Árbitro: Wellington Arauz

Uniformes
Gualaceo	Deportivo Cuenca

14 de mayo de 2019, 20:15	Deportivo Cuenca	1:0 (1:0) (Global 2:0)	Gualaceo	Estadio Alejandro Serrano Aguilar, Cuenca
	Pita  42'	Reporte		Asistencia: 1900 espectadores Árbitro: Óscar Proaño

Uniformes
Deportivo Cuenca	Gualaceo

24 de abril de 2019, 15:00	América de Quito	4:0 (3:0)	Liga de Portoviejo	Estadio Olímpico Guillermo Albornoz, Cayambe
	Valencia  2' Cifuentes  25' Medina  30' Carrillo  68'	Reporte		Asistencia: 192 espectadores Árbitro: José Luis Tapia

Uniformes
América	Liga de Portoviejo

29 de mayo de 2019, 12:00	Liga de Portoviejo	2:2 (1:1) (Global 2:6)	América de Quito	Estadio Reales Tamarindos, Portoviejo
	Di Yorio  14' Quintana  62'	Reporte	Valencia  38' Carrillo  67'	Asistencia: 173 espectadores Árbitro: Ángel Castillo

Uniformes
Liga de Portoviejo	América

8 de mayo de 2019, 15:00	Manta	0:2 (0:1)	Mushuc Runa	Estadio Jocay, Manta
		Reporte	Bone  5' Delgado  60'	Asistencia: 110 espectadores Árbitro: Anthony Díaz

Uniformes
Manta	Mushuc Runa

22 de mayo de 2019, 12:00	Mushuc Runa	4:0 (1:0) (Global 6:0)	Manta	Estadio Bellavista, Ambato
	Patta  11' Palacios  70'  84' Delgado  72'	Reporte		Árbitro: Gabriel González

Uniformes
Mushuc Runa	Manta

1 de mayo de 2019, 17:15	Emelec	2:0 (0:0)	Atlético Santo Domingo	Estadio Banco del Pacífico-Capwell, Guayaquil
	Mejía  54' D. Angulo  59'	Reporte		Árbitro: Yerson Zambrano

Uniformes
Emelec	Atlético Santo Domingo

15 de mayo de 2019, 15:00	Atlético Santo Domingo	0:2 (0:1) (Global 0:4)	Emelec	Estadio Olímpico, Santo Domingo
		Reporte	D. Angulo  29' Cortez  78'	Asistencia: 1335 espectadores Árbitro: Roberto Alarcón

Uniformes
Atlético Santo Domingo	Emelec

24 de abril de 2019, 17:45	Insutec	1:2 (1:1)	Delfín	Estadio 7 de Octubre, Quevedo
	Llorente  43'	Reporte	Noboa  21' Garcés  55'	Árbitro: Cristian Aguirre

Uniformes
Insutec	Delfín

22 de mayo de 2019, 19:30	Delfín	0:0 (Global 2:1)	Insutec	Estadio Jocay, Manta
		Reporte		Árbitro: Blancer Panezo

Uniformes
Delfín	Insutec

Equipo		Pts.	PJ	PG	PE	PP	GF	GC	Dif.	GV
1	Mushuc Runa	6	2	2	0	0	6	0	6	2
2	Técnico Universitario	6	2	2	0	0	5	1	4	2
3	C. S. Emelec	6	2	2	0	0	4	0	4	2
4	Aucas	6	2	2	0	0	4	0	4	2
5	Macará	6	2	2	0	0	5	2	3	2
6	Santa Rita	6	2	2	0	0	4	1	3	3
7	Deportivo Cuenca	6	2	2	0	0	2	0	2	1
8	Liga de Quito	4	2	1	1	0	5	0	5	0
9	América	4	2	1	1	0	6	2	4	2
10	El Nacional	4	2	1	1	0	5	1	4	1
11	Independiente Juniors	4	2	1	1	0	3	1	2	1
12	Barcelona S. C.	4	2	1	1	0	3	1	2	1
13	Delfín S. C.	4	2	1	1	0	2	1	1	2
14	Guayaquil City	3	2	1	0	1	7	3	4	1
15	Alianza	3	2	1	0	1	3	2	1	0
16	Orense S. C.	2	2	0	2	0	1	1	0	1
17	Olmedo	3	2	1	0	1	2	3	-1	1
18	Clan Juvenil	3	2	1	0	1	3	7	-4	1
19	Independiente del Valle	2	2	0	2	0	1	1	0	0
20	Insutec	1	2	0	1	1	1	2	-1	0
21	Mineros	1	2	0	1	1	1	3	-2	0
22	Universidad Católica	1	2	0	1	1	1	3	-2	0
23	Liga de Portoviejo	1	2	0	1	1	2	6	-4	0
24	Anaconda F. C.	1	2	0	1	1	1	5	-4	0
25	Gloria	1	2	0	1	1	0	5	-5	0
26	Gualaceo S. C.	0	2	0	0	2	0	2	-2	0
27	Atlético Porteño	0	2	0	0	2	2	5	-3	1
28	Fuerza Amarilla	0	2	0	0	2	1	4	-3	0
29	Liga de Loja	0	2	0	0	2	1	5	-4	0
30	Atlético Santo Domingo	0	2	0	0	2	0	4	-4	0
31	Toreros F. C.	0	2	0	0	2	0	4	-4	0
32	Manta F. C.	0	2	0	0	2	0	6	-6	0

• Anexo:Primera fase de la Copa Ecuador 2018-19
• Anexo:Segunda fase de la Copa Ecuador 2018-19
• Anexo:Octavos de final de la Copa Ecuador 2018-19
• Anexo:Cuartos de final de la Copa Ecuador 2018-19
• Anexo:Semifinales de la Copa Ecuador 2018-19
• Anexo:Final de la Copa Ecuador 2018-19

• Federación Ecuatoriana de Fútbol