Esta es la lista de las tumbas papales no existentes, que incluye las tumbas no puestas en la lista de las existentes tumbas papales. La información acerca de estas tumbas está la mayor parte de las veces incompleta e incierta.

Cronológicamente, las principales locaciones destruidas o desconocidas de tumbas papales han sido: las catacumbas de Roma de los papas de los dos primeros siglos de la cristiandad, con sus consecuentes trasladaciones de restos; la demolición de las tumbas papales en la antigua basílica vaticana, y los incendios la archibasílica de San Juan de Letrán (ocurridos en 1306 y 1361).

Otras tumbas papales han sido destruidas por incendios, remodelaciones y guerras (la más reciente, la Segunda Guerra Mundial). Otros casos son desconocidos debido a métodos extraños para el martirio, como fue el caso del Papa Clemente I.

Los principales lugares de la destrucción o pérdida de las tumbas papales son:

• La tumba de San Pedro, en torno a la cual se cree tradicionalmente que varios papas (Lino, Anacleto, Evaristo, Telésforo, Higinio, Pío I, Aniceto (más tarde trasladado a la Catacumba de Calixto), y Víctor I) fueron enterrados.^[1]​ La evidencia epigráfica existe solo para Lino, con el descubrimiento de una losa sepulcral marcada como "Linus'" en 1615; sin embargo, la losa está rota por lo que se cree que podría haberse leído originalmente "Aquilinus" o "Anullinus".^[2]​
• Las catacumbas de Roma, en concreto las catacumbas de Calixto, de Priscila (debajo de San Martino ai Monti), de Balbina, de Calepodio, de Ponciano, y las de Felicitas, que fueron vaciadas por los continuos traslados de restos en el siglo IX.^[3]​
• Las tumbas papales en la antigua basílica de San Pedro, que en su momento llegó a contar con más de 100 tumbas papales, las cuales fueron en su mayoría destruidas durante la demolición de la antigua basílica entre los siglos XVI y XVII.^[4]​
• La basílica de San Juan de Letrán, donde más de una docena de tumbas fueron destruidas en dos incendios (1308 y 1361).^[5]​

Pontificado	Imagen Papa	Nombre	Tumba	Locación	Notas
88/92–97/101		Clemente I San Clemente I		Según la tradición, trasladado a la Iglesia de los Diezmos (Kiev)[6]​	De acuerdo a la tradición, arrojado al Mar Negro cerca de Crimea, luego trasladado a la Iglesia de los Santos Apóstoles, luego a la Basílica de San Clemente, y finalmente a la Iglesia de los Diezmos.[6]​

Pontificado	Imagen Papa	Nombre	Tumba	Locación	Notas
105/107–115/116		Alejandro I San Alejandro I		Lugares que demandan tener los restos (con la participación de varias trasladaciones):[7]​ Basílica de Santa Sabina (Roma) San Pelino at Valva (Sulmona) Basílica de Pelignos Freising, Baviera (según la "Enciclopedia Católica")
115/116–125		Sixto I San Sixto I		Lugares que reclaman sus restos (incluyendo traslaciones y un dedo):[8]​ Catedral de Alatri Catedral de Alife Abadía de San Miguel (Lorraine)
174/175–189		Eleuterio San Eleuterio		Lugares que reclaman sus restos:[9]​ Cerca de San Pedro, en la Colina Vaticana San Giovanni della Pigna Santa Susana (Iglesia Americana en Roma)

Pontificado	Imagen Papa	Nombre	Tumba	Locación	Notas
432–440		Sixto III San Sixto III		Basílica de San Lorenzo Extramuros[10]​	Sarcófago destruido, posiblemente en 1943.[10]​
461 - 468		Hilario San Hilario		Basílica de San Lorenzo Extramuros, cripta[11]​
483 - 492		Félix III (Félix II) San Félix III		En la Basílica de San Pablo Extramuros o bien en la cripta de la Santísima Concenzione cerca de la Plaza Barberini.[12]​

Pontificado	Imagen Papa	Nombre	Tumba	Locación	Notas
536 - 537		Silverio San Silverio		Isla de Palmaria[13]​	Santuario no correspondiente a la época, existente en la Isla de Ponza.[14]​
537 - 555		Vigilio		En la Iglesia de San Marcello al Corso en la Via Salaria (según el "Diccionario Oxford de los Papas") o bien en San Silvestro in Capite, cerca de las catacumbas de Priscila, en la Via Salaria (según la "Enciclopedia Católica").[15]​

Pontificado	Imagen Papa	Nombre	Tumba	Locación	Notas
649 - 655		Martín I San Martín I		Iglesia de Nuestra Señora (llamada Blachdernæ), cerca de Quersoneso	Ningún rastro de la Iglesia o la tumba existen actualmente.[16]​

Pontificado	Imagen Papa	Nombre	Tumba	Locación	Notas
817 - 824		Pascual I San Pascual I		Desconocida, pero probablemente destruida.	Se afirmó de haber sido enterrado en la capilla de San Zenón de la Basílica de Santa Práxedes (desmentido luego por la investigación moderna); posiblemente enterrado bajo el altar del oratorio de los Santos Proceso y Martiniano, y luego su tumba es perdida cuando el oratorio se trasladó en 1548 o 1605.[17]​

Pontificado	Imagen Papa	Nombre	Tumba	Locación	Notas
903		León V		Desconocida, pero destruida	Cremado y sus cenizas tiradas al Río Tíber; o enterrado (y por lo tanto, su tumba destruida) en la antigua Basílica de San Pedro o en la Archibasílica de San Juan de Letrán.[18]​
965 - 972		Juan XIII		Basílica de San Pablo Extramuros.	Destruida.[19]​

Pontificado	Imagen Papa	Nombre	Tumba	Locación	Notas
1003		Juan XVII		Desconocida, pero destruida.	O bien la Basílica de San Pablo Extramuros, la Archibasílica de San Juan de Letrán o la Basílica de Santa Sabina.[20]​
1003–1009		Juan XVIII		Desconocida, pero destruida.	O bien la Basílica de San Pablo Extramuros o la Archibasílica de San Juan de Letrán.[21]​
1032–1044		Benedicto IX		Abadía de Grottaferrata	Descubierta el 4 de marzo de 1739, destruida durante la Segunda Guerra Mundial.[22]​
1045		Silvestre III		Desconocida.[23]​
1055–1057		Víctor II		Santa Maria Rotunda (Ravenna)	Destruida; se afirmó que volvió a ser enterrada en San Reparata (Florencia), sin estar respalda por evidencias contundentes.[24]​
1057–1058		Esteban IX, O.S.B.		Santa Reparata (Florencia)	Tumba descubierta en 1357 durante la colocación de los cimientos del nuevo domo.[24]​
1058–1061		Nicolás II		Santa Reparata (Florencia)	Posiblemente vuelta a enterrar en el pasillo exterior izquierdo de San Pedro, sin restos de la tumba actualmente.[24]​
1061–1073		San Alejandro II		Desconocida y perdida	San Juan de Letrán o bien San Pedro.[24]​

Pontificado	Imagen Papa	Nombre	Tumba	Locación	Notas
1187		Gregorio VIII, Can. Reg.		Catedral de Pisa, Capilla de Nuestra Señora	Destruida en el incendio del año 1600.[25]​ Gregorio VIII ordenó la profanación de la tumba del Antipapa Víctor IV en Lucca en su camino a Pisa, donde murió.

Pontificado	Imagen Papa	Nombre	Tumba	Locación	Notas
1216–1227		Honorio III		Basílica de Santa María la Mayor	Ya no existe.[26]​
1254–1261		Alejandro IV		Catedral de Viterbo	Destruida en 1490;[27]​ ya no existe.[28]​

• Reardon, Wendy J. 2004. La muerte de los Papas. Macfarland & Company, Inc. ISBN 0-7864-1527-4