San Petersburgo ha sido durante mucho tiempo un importante centro para la ciencia y la educación en Rusia y alberga las siguientes instituciones de educación superior:

• Academia de Ciencias de Rusia (1724)
• Universidad Estatal de San Petersburgo (fundada en 1724)
• Universidad Estatal Pedagógica de Rusia (fundada en 1797)
• Academia Naval de San Petersburgo (fundada en la primera década del siglo XVIII)
• Academia Vaganova de Ballet de Rusia (1738)
• Academia de Arte de Rusia (fundada en 1757)
• Academia Médico quirúrgica de San Petersburgo (fundada en 1798)
• Instituto de Minería de San Petersburgo (Горный институт, fundado en 1773)
• Universidad Militar de Ingeniería Técnica de San Petersburgo (1810)
• Instituto Estatal Tecnológico de San Petersburgo (1828)
• Observatorio de Pulkovo (1839)
• Academia de Medicina y Centro de Investigación Iván Pavlov (fundada en 1880)
• Conservatorio de San Petersburgo (1862)
• Academia de Derecho Militar Alexander (fundada en 1867)
• Universidad Académica de San Petersburgo (2002)
• Universidad Estatal Electrotécnica de San Petersburgo (1886)
• Universidad Estatal Médica de San Petersburgo (1897)
• Universidad Politécnica de San Petersburgo (1899)
• Universidad Estatal de Comunicaciones Marítimas de San Petersburgo (1809)
• Universidad Estatal Técnica Marítima (Корабелка) (1899)
• Academia Estatal de Teatro de San Petersburgo (antigua Universidad Tenishev) (1899)
• Universidad Estatal de Tecnologías de la Información, Mecánica y Óptica (1900)
• Casa de Pushkin (1905)
• Universidad Estatal de Ingeniería y Economía de San Petersburgo (1906)
• Universidad Estatal de Tecnología y Diseño de San Petersburgo
• Academia Estatal Médica de San Petersburgo (1907)
• Universidad Estatal de Telecomunicaciones de San Petersburgo (1930)
• Universidad Estatal de Instrumentación Aeroespacial de San Petersburgo ("ГУАП") (1941)
• Academia Farmacéutica de San Petersburgo
• Academia de Pediatría y Maternidad de San Petersburgo (fundada en 1900)
• Universidad Estatal de Cine y Televisión de San Petersburgo
• Universidad Estatal de Cultura y Arte de San Petersburgo (1918)
• Academia Estatal Médica de Pediatría de San Petersburgo (1925)
• Universidad Estatal de Economía y Finanzas de San Petersburgo (Финэк) (1930)
• Universidad Estatal Técnica del Báltico ("ВОЕНМЕХ") (1932)
• Universidad Estatal de Servicio y Economía de San Petersburgo (1969)
• Universidad Aeroespacial de San Petersburgo (Universidad Mozhaysky)
• Instituto de la Planta Industrial Vavilov
• Academia Marítima Almirante Makarov
• Universidad Cristiana de San Petersburgo (1990)
• Universidad Europea de San Petersburgo (1994)
• Facultad de Artes Liberales y Ciencias Smolny (1999)