Listado de universidades y colegios mayores creados en los dominios americanos de la Corona española hasta el año 1812.

Dichas instituciones han sido ordenadas en tres listados diferentes: en el primero se consignan las universidades fundadas, es decir, siguiendo un orden cronológico de acuerdo al año en que fueron otorgados sus documentos fundacionales (real provisión, real cédula y bula o breve pontificios); en el segundo van las universidades en funcionamiento continuo desde su fundación, es decir, aquellas consideradas actualmente las más antiguas, prescindiendo de aquellas extinguidas hasta el siglo XIX; y, en la tercera, los colegios mayores, instituciones que, de acuerdo a la normativa de la época, servían de alojamiento como internados a los estudiantes universitarios pero que, en numerosos casos, cumplieron la función de «facultades docentes» de las universidades a las cuales se hallaban adscritas.

No se consignan universidades brasileñas pues no hubo establecimientos semejantes en Brasil sino hasta el año 1909, cuando se funda en Manaos la Universidad de Manáos. La demanda local menor de especialistas teológicos y jurídicos fue ampliamente cubierta por los colegios jesuitas (desde 1549), mientras que los estudiantes que aspiraban a la educación superior tenían que cursar estudios en la Universidad de Coímbra. En lugar de las universidades, o «estudios generales», los portugueses favorecieron la creación de academias profesionales para responder a la necesidad local de técnicos y profesionales cualificados, entre ellos la creación de la primera escuela de ingeniería de las Américas, en Río de Janeiro en el año 1792, y de las escuelas de medicina y cirugía en Bahía y Río de Janeiro, en 1808. Otras escuelas superiores (el equivalente a las facultades) surgen desde 1827.

Se fundaron 28 universidades a lo largo de las tres Américas, en el lapso de casi tres siglos.^[1]​ Estaban distribuidas del modo siguiente: cinco en el Perú; cuatro en Chile; tres en México y en el Ecuador; dos en la República Dominicana, en Colombia y en Venezuela; una en la Argentina, en Bolivia, en Guatemala, en Cuba y en Nicaragua; además de una en Bolivia que no llegó a instalarse jamás.

Universidades hispanoamericanas

Número	Denominación	Fundación	Cierre	Ciudad	País actual	Observaciones
1	Real y Pontificia Universidad de San Marcos	1551		Lima	Perú	1548 se crea un Estudio general 1551 se funda oficialmente como Real Universidad de la Ciudad de los Reyes, en Lima, por cédula real 1574 se renombra como Real y Pontificia Universidad de San Marcos. 1946 se oficializa su nombre como: Universidad Nacional Mayor de San Marcos.
2	Real y Pontificia Universidad de México	1551	1865	México	México	1551 se funda oficialmente por cédula real como Real Universidad de México. 1595 se renombra como "Real y Pontificia" por bula papal. 1833 primera clausura. Reabierta varias veces hasta la última clausura en 1865. 1910 se refunda laica como: Universidad Nacional Autónoma de México, 1982 se refunda otra católica como: Universidad Pontificia de México.
3	Real Universidad de La Plata	1552	1552	Sucre	Bolivia	No llegó a instalarse.
4	Real y Pontificia Universidad de Santo Tomás de Aquino	1558/1538	1823	Santo Domingo	República Dominicana	1518 se crea un Estudio general. 1538 se crea por bula de Paulo III 1558 se crea oficialmente por Sanción General de la Corona española. 1758 se prohíbe por real cédula su autodenominación como primera universidad 1823 se cierra la universidad. 1914 se funda una nueva institución heredera: la Universidad Autónoma de Santo Domingo
5	Real y Pontificia Universidad de Santiago de la Paz y de Gorjón	1558	1767	Santo Domingo	República Dominicana
6	Pontificia Universidad de Santo Tomás de Aquino	1580	1861	Bogotá	Colombia	1966 se funda la Universidad Santo Tomás.
7	Universidad de San Fulgencio	1603	1786	Quito	Ecuador	Se fusionó con las otras universidades ecuatorianas, formando en 1786 la Real Universidad Pública Santo Tomás de Quito.[2]​
8	Pontificia Universidad de San Ildefonso	1608	¿?	Lima	Perú	Fue extinguida.
9	Universidad de Córdoba	1621		Córdoba	Argentina	Actual Universidad Nacional de Córdoba.
10	Pontificia Universidad de Santo Tomás de Aquino	1622	1747	Santiago de Chile	Chile	Fue extinguida a mediados del siglo XVIII ante la creación de la Real Universidad de San Felipe.
11	Real y Pontificia Universidad de Mérida	1624	1767	Yucatán	México	1624 se funda bajo la Compañía de Jesús. Se clausura en 1767. 1922 se refunda como la Universidad Autónoma de Yucatán.
12	Pontificia Universidad de San Ignacio de Loyola	1621	1767	Cuzco	Perú
13	Universidad Pontificia Colegio Máximo de San Miguel.[3]​	1625	1767	Santiago de Chile	Chile	Fue extinguida.
14	Pontificia de San Francisco Javier	1621	1767	Bogotá	Colombia	Fue suspendida en 1767. Posteriormente en 1930 se restablece con el nombre de la actual Pontificia Universidad Javeriana.
15	Real y Pontificia Universidad de San Gregorio Magno	1622	1767	Quito	Ecuador	Se fusionó con las otras universidades ecuatorianas, formando en 1786 la Real Universidad Pública Santo Tomás de Quito.
16	Real y Pontificia Universidad de San Francisco Xavier	1624		Sucre	Bolivia	Actual Universidad Mayor, Real y Pontificia de San Francisco Xavier de Chuquisaca.
17	Real Universidad de San Carlos Borromeo	1676			Guatemala	Actual Universidad de San Carlos de Guatemala.
18	Universidad de San Cristóbal	1677		Huamanga	Perú	Fue extinguida durante la segunda mitad del siglo XIX. Reabierta en 1957 como Universidad Nacional de San Cristóbal de Huamanga.
19	Real y Pontificia Universidad de Santo Tomás de Aquino	1681	1786	Quito	Ecuador	Se fusionó con las otras universidades ecuatorianas, formando en 1786 la Real Universidad Pública Santo Tomás de Quito.
20	Real Universidad de San Antonio Abad	1692		Cuzco	Perú	Actual Universidad Nacional de San Antonio Abad del Cuzco.
21	Universidad de San Jerónimo	1721		La Habana	Cuba	Actual Universidad de La Habana.
22	Real Universidad de Santa Rosa	1721		Caracas	Venezuela	Actual Universidad Central de Venezuela.
23	Universidad Pencopolitana	1724	1767	Concepción	Chile
24	Real Universidad de San Felipe	1738	1839	Santiago de Chile	Chile	Actual Universidad de Chile
25	Real Universidad Pública Santo Tomás de Quito	1786		Quito	Ecuador	Creada de la fusión de las tres universidades ecuatorianas. En 1826 renombrada como Universidad Central de Quito.
26	Real Universidad de Guadalajara	1792		Guadalajara	México	1792 Se funda la Universidad. Clausurada y abierta varias veces (1826-1932). 1824 se renombra solo como Universidad de Guadalajara. 1937 se restaura por última vez por el Congreso del Estado.
27	Universidad de San Buenaventura de Mérida de los Caballeros	1810		Mérida	Venezuela	Fue fundada como casa de estudios en 1785, elevada luego a seminario con potestad para expedir títulos universitarios por Carlos IV en 1807, y finalmente reconocida como Universidad en 1810. Es la actual Universidad de los Andes.
28	Universidad de la Inmaculada Concepción de León de Nicaragua	1812		León	Nicaragua	1812 Se funda la Universidad. Es la última de las universidades fundadas por España en América. Actualmente, es la Universidad Nacional Autónoma de Nicaragua.

• Real y Pontificia Universidad de Santo Tomás de Aquino, Santo Domingo, República Dominicana, por bula del 28 de octubre de 1538. Obtuvo su Real Cédula el 26 de mayo de 1747, no reconociendo esta última valor jurídico a la fundación papal. Cerrada, según algunos, y extinguida, según otros, en 1823, el tema es aún materia de controversia historiográfica, sosteniendo los primeros que lo de 1914 es sólo una reapertura bajo un nuevo nombre (la actual Universidad Autónoma de Santo Domingo) y no como opinan los segundos, la fundación de una nueva institución (a partir de la transformación en universidad del Instituto Profesional de Santo Domingo, creado en 1866).
• Real y Pontificia Universidad de San Marcos, Lima, Perú, por Real Provisión del 12 de mayo de 1551 y ratificada por bula del 25 de julio de 1571. Considerada como la primera universidad de América por haber sido fundada de acuerdo a la normativa jurídica impuesta por la monarquía española en el ejercicio del Real Patronato y, también, como la más antigua del continente por ser la única del siglo XVI en mantener un funcionamiento continuo desde entonces. Actual Universidad Nacional Mayor de San Marcos.
• Real y Pontificia Universidad de México, creada por Real Cédula de 21 de septiembre de 1551 y ratificada por bula del 7 de octubre de 1595. Cerrada y reabierta numerosas veces tras la independencia mexicana, debido al conflicto generado por la sucesión de liberales y conservadores en el gobierno, fue extinguida definitivamente en 1865. La actual Universidad Nacional Autónoma de México, fue fundada el 22 de septiembre de 1910.
• Real Universidad de La Plata (de Charcas o de Chuquisaca), Sucre, Bolivia, por Real Cédula del 11 de julio de 1552. No llegó a instalarse.
• Real y Pontificia Universidad de Santiago de la Paz y de Gorjón, Santo Domingo, República Dominicana, por Real Cédula de 23 de febrero de 1558. Transformada en seminario en 1602, la Compañía de Jesús gestiona la reactualización de la antigua universidad en beneficio de un colegio fundado por ella en 1703, obteniéndola de la Real Audiencia el 19 de septiembre de 1704 y por Real Cédula el 26 de mayo de 1747; la ratificación papal se daría por breve del 14 de septiembre de 1748. Fue extinguida en 1767.
• Pontificia Universidad de Santo Tomás de Aquino, Bogotá, Colombia, por bula de 1580, la cual obtuvo el pase regio o exequatur recién en 1630. Cerrada en 1826 y reabierta en 1855, fue extinguida en 1861. Bajo la figura de una «restauración», la actual Universidad Santo Tomás fue fundada en 1964, iniciando sus clase en 1965.
• Universidad de San Fulgencio, Quito, Ecuador, 1586. Fue extinguida.
• Pontificia Universidad de San Ildefonso, Lima, Perú, por bula del 13 de octubre de 1608. Fue extinguida.
• Pontificia Universidad de Córdoba, Argentina, 1613. Actual Universidad Nacional de Córdoba.
• Pontificia Universidad de Santo Tomás de Aquino, Santiago, Chile, por bula de 1619. Fue extinguida a mediados del siglo XVIII.
• Real y Pontificia Universidad de Mérida, Yucatán, México. Fue extinguida en 1767.
• Real y Pontificia Universidad de San Ignacio de Loyola, Cuzco, Perú, 1621. De origen jesuita, fue recesada casi de inmediato tras su apertura debido a la oposición de la Universidad de San Marcos (de Lima), del cabildo eclesiástico y del Seminario de San Antonio Abad. Fue reabierta en 1648 y extinguida en 1767.
• Universidad de San Miguel, Chile, por bula de 1621. Fue extinguida.
• Pontificia Universidad de San Francisco Javier, Bogotá, Colombia, por breve del 9 de julio de 1621, de privilegios pontificios otorgado a la Compañía de Jesús para fundar universidades, el cual obtuvo pase regio el 2 de febrero de 1622. Fue extinguida en 1767. La actual Pontificia Universidad Javeriana fue fundada el 1 de octubre de 1930.
• Universidad de San Gregorio Magno, Quito, Ecuador, 1622. Universidad jesuita, fue extinguida en 1767.
• Real y Pontificia Universidad de San Francisco Xavier, Sucre, Bolivia, por bula del 27 de marzo de 1624. Actual Universidad Mayor Real y Pontificia San Francisco Xavier de Chuquisaca.
• Real Universidad de San Carlos Borromeo, Ciudad de Guatemala, Guatemala, por Real Cédula de 31 de enero de 1676. Actual Universidad de San Carlos de Guatemala.
• Pontificia Universidad de San Cristóbal, Huamanga (Ayacucho), Perú, 1677. Fue extinguida durante la segunda mitad del siglo XIX. La actual Universidad Nacional San Cristóbal de Huamanga fue fundada en 1959.
• Real Universidad de San Antonio Abad, Cuzco, Perú, por breve del 1 de marzo de 1692, ordenándose al virrey del Perú por Real Cédula del 1 de junio del mismo año haga efectiva su fundación, la misma que se daría recién por provisión virreinal del 19 de julio de 1696, debido al pleito entablado por su competidora la jesuita Universidad de San Ignacio de Loyola. Por Real Cédula del 28 de marzo de 1816 se suspenden sus facultades para otorgar grados, y para enseñar Leyes y Cánones, las mismas que son restituidas tras la independencia por decreto supremo del 18 de julio de 1825, estableciéndose que así sería hasta el funcionamiento del recién creado Colegio de Ciencias y Artes, para lo cual se funda en su seno la Universidad de San Simón, la cual es instalada el 26 de abril de 1826, acto en el cual son incorporados los doctores de la Universidad de San Antonio Abad, quedando así extinguida esta última. Por Decreto Supremo del 11 de julio de 1828 se revierte tal decisión, extinguiendo a San Simón y restituyendo la Universidad de San Antonio Abad al colegio seminario del mismo nombre, aunque con carácter público. Actual Universidad Nacional de San Antonio Abad del Cuzco.
• Real Universidad de Santa Rosa de Lima, Caracas, Venezuela, por Real Cédula de 22 de diciembre de 1721. Fue extinguida. La actual Universidad Central de Venezuela fue fundada en su lugar, en 1827.
• Pontificia Universidad Pencopolitana, Concepción, Chile, en 1724? (o 1730?). Universidad jesuita, fue extinguida en 1767.
• Real y Pontificia Universidad de San Jerónimo, La Habana, Cuba, el 5 de enero de 1728. Actual Universidad de La Habana.
• Real Universidad de San Felipe, Santiago, Chile, en 1738. Fue extinguida en 1839. La actual Universidad de Chile fue fundada en su lugar, el 17 de septiembre de 1842.
• Real Universidad de Santo Tomás de Aquino, Quito, Ecuador, 1786. Surgida de la fusión de dos instituciones previas, las pontificias universidades de San Gregorio Magno (jesuita) y Santo Tomás de Aquino (dominica), es transformada en pública en 1788. Fue extinguida en 1826, fundándose en su lugar la Universidad Central de Quito, la cual cambia su nombre por Universidad Central del Ecuador en 1836.
• Real Universidad de Guadalajara, Guadalajara, México, por Real Cédula de 18 de noviembre de 1792. Cerrada entre 1826 y 1834, 1855 y 1859, fue definitivamente extinguida el 2 de diciembre de 1860. La actual Universidad de Guadalajara fue fundada en 1925.
• Real Universidad de la Inmaculada Concepción de León de Nicaragua, León, Nicaragua, por decreto de las Cortes de Cádiz de 1812. Actual Universidad Nacional Autónoma de Nicaragua, León.

Son seis las más antiguas universidades de la América española y, a la vez, de todo el continente americano, por ser las únicas que sobreviven ininterrumpidamente hasta el día de hoy tras el fin de las guerras de independencia y porque surgieron, desde un inicio, con dicho nombre, requisito que no cumplen las instituciones de educación superior fundadas por portugueses, británicos, franceses u holandeses en ninguno de sus territorios americanos.

• Real y Pontificia Universidad de San Marcos, Lima, Perú, por Real Provisión del 12 de mayo de 1551, actual Universidad Nacional Mayor de San Marcos (UNMSM).
• Pontificia Universidad de Córdoba, Córdoba, Argentina, 1613, actual Universidad Nacional de Córdoba (UNC).
• Real y Pontificia Universidad de San Francisco Xavier, Sucre, Bolivia, 1624, actual Universidad Mayor Real y Pontifica San Francisco Xavier de Chuquisaca (USFX).
• Real y Pontificia Universidad de San Carlos Borromeo, Ciudad de Guatemala, Guatemala, por Real Cédula del 31 de enero de 1676, actual Universidad de San Carlos de Guatemala (USAC).
• Real Universidad de San Antonio Abad, Cuzco, Perú, 1692, actual Universidad Nacional de San Antonio Abad del Cuzco (UNSAAC).
• Real y Pontificia Universidad de San Jerónimo, La Habana, Cuba, 1721, actual Universidad de La Habana.

• Colegio de la Santa Cruz de Tlatelolco, Tlatelolco, México, 1533. Primera institución de educación superior de América, aunque jamás obtuvo el título de Universidad. Fue destinada a la educación de los indígenas en el conocimiento europeo. Funcionó solo por 50 años.
• Real Colegio de San Nicolás Obispo, Pátzcuaro, México, 1540. Con el cambio de la residencia episcopal es trasladado a la ciudad de Valladolid (actual Morelia), siendo allí fusionado con el Colegio de San Miguel Guayangareo. El 17 de enero de 1847 se le cambia el nombre a Primitivo y Nacional Colegio de San Nicolás de Hidalgo. El 15 de octubre de 1917 se establece la Universidad Michoacana de San Nicolás de Hidalgo, fundada a partir del Colegio de San Nicolás, las escuelas de Artes y Oficios, la Industrial y Comercial para Señoritas, la Superior de Comercio y Administración, la Normal para profesores, la Normal para profesoras, las de Medicina y Jurisprudencia, además de la Biblioteca Pública, el Museo Michoacano, el de la Independencia y el Observatorio Meteorológico del estado.
• Real Colegio de San Martín, Lima, Perú, 11 de agosto de 1582. De origen jesuita, fue extinguido en julio de 1770, pasando sus alumnos y rentas al recién fundado Convictorio de San Carlos.
• Real y Antiguo Colegio de San Ildefonso, México, 1588.
• Real Colegio Seminario de Santo Toribio, Lima, Perú. Se considera el 7 de diciembre de 1590 como la fecha de su fundación por el nombramiento de su primer rector hecho por el Arzobispado, aunque por Real Cédula del 20 de mayo de 1592 el rey se declara patrón del Seminario. Actual Seminario de Santo Toribio de Mogrovejo.
• Real Colegio de San Felipe y San Marcos, Lima, Perú, 28 de junio de 1592. Fue extinguido en julio de 1770, pasando sus alumnos y rentas al recién fundado Convictorio de San Carlos.
• Seminario San Luis, Ecuador, 1594. Fue extinguida.
• Colegio Seminario de San Antonio Abad, Cuzco, Perú, 1598.
• Colegio Mayor de San Bartolomé, Bogotá, Colombia, en 1604. Aún en funcionamiento.
• Colegio Seminario de Caracas en 1673, que tenía por nombre oficial Colegio Seminario de Santiago de León de Caracas, bajo la advocación de Santa Rosa de Lima.
• Colegio Nacional de Monserrat, Córdoba, Argentina. Fundado por el Dr. Ignacio Duarte y Quirós el 1 de agosto de 1687 bajo el nombre de Real Colegio Convictorio de Nuestra Señora de Monserrat.
• Colegio tridentino de San Agustín, Comayagua, Honduras, 1678. Fue el mayor centro de estudios superiores en la provincia de Honduras durante la época colonial.
• Colegio San José de los Infantes, Guatemala 1781. Es la institución educativa de orientación católica más antigua de Guatemala. Fue fundado el 10 de junio de 1781 por el entonces arzobispo de la Capitanía General de Guatemala, Cayetano Francos y Monroy, Aún en funcionamiento.
• Real Convictorio de San Francisco Javier, Santiago, Chile, 23 de marzo de 1611. De origen jesuita, fue extinguido en 1767
• Real Colegio de San Bernardo, Cuzco, Perú, 1619. De origen jesuita. Extinguido en 1825, al refundirse junto al Colegio del Sol en el recién fundado Colegio de Ciencias y Artes.
• Real Colegio de San Carlos, Buenos Aires, Argentina. Fundado en 1772 por la Orden de los Jesuitas.
• Real Colegio Convictorio de San Carlos, Lima, Perú, 1770, transformado en las facultades docentes de Jurisprudencia, Letras y Ciencias de la Universidad de San Marcos en 1857.
• Real Colegio Seminario de San Buenventura de Mérida Venezuela, 1785.
• Real Colegio de Nobles Americanos en Granada, 1792.
• Real Colegio de Medicina y Cirugía de San Fernando, Lima, Perú, 1808, transformado en Facultad de Medicina de la Universidad de San Marcos en 1856.
• Convictorio Carolino, Santiago, Chile, 30 de marzo de 1778. Establecido por el gobierno colonial chileno, con autorización del monarca español, reemplazó al Convictorio de San Francisco Javier, suprimido en 1767. El 10 de agosto de 1813 es fusionado con otros establecimientos para formar el Instituto Nacional.
• Real Colegio de San Francisco en la Villa de la Candelaria, Medellín, Colombia, por Real Cédula de 9 de febrero de 1801, institución franciscana que inició sus labores en 1803, con la enseñanza de gramática, filosofía y latín. Entró en receso durante la guerra de independencia; se aprueba un nuevo plan educativo en 1822 y se cambia su nombre a Colegio de Antioquia; en 1827 obtiene autorización para enseñar jurisprudencia; en 1832 es renombrado como Colegio Académico, en 1853 como Colegio Provincial de Medellín, en 1860 como Colegio del Estado, y en 1878, tras un receso de dos años, como Colegio Central de la Universidad. Actual Universidad de Antioquia, desde 14 de diciembre de 1871.

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