El Campeonato Ecuatoriano de Fútbol Serie B 1999, conocido oficialmente como «Campeonato Nacional de Fútbol Serie B 1999», fue la 22.ª edición de la Serie B del Campeonato nacional de fútbol profesional en Ecuador, mientras que fue la 35ª edición incluyendo los torneos cortos conocidas como etapas. El torneo fue organizado por la Federación Ecuatoriana de Fútbol y contó con la participación de ocho clubes de fútbol, este sería el último torneo en jugarse con dicha cantidad ya que para el Campeonato Ecuatoriano de Fútbol Serie B 2000 aumentaría a 10 equipos.
En esta edición del campeonato, el Técnico Universitario de la ciudad de Ambato se coronó campeón del certamen por tercera vez en su historia y la LDU(P) se coronó subcampeón del certamen por quinta vez en su historia, mientras que el Dep.Quinindé sería el equipo que descendería a la Segunda Categoría tras haber jugado 2 temporadas, el equipo que ocuparía su lugar para la siguiente temporada sería el Dep.Saquisilí, así mismo volverían al certamen los cuadros de Univ.Católica, luego de que los camarattas regresaran a la división de plata tras 6 años de ausencia, a la vez el cuadro de los refineros como es conocido el Esmeraldas Petrolero que volvería a jugar en la Serie B tras 2 años de ausencia, dicho equipos ocuparían las plazas de los descendidos Green Cross y Calvi.
Tomaron parte en las competición 8 equipos, entre ellos se destaca el retorno de los históricos Universidad Católica, tras 6 años ausente de la categoría y Esmeraldas Petrolero, tras 2 años ausente de la categoría.
PJ = Partidos jugados; PG = Partidos ganados; PE = Partidos empatados; PP = Partidos perdidos; GF = Goles a favor; GC = Goles en contra; DG = Diferencia de gol; PTS = Puntos
PJ = Partidos jugados; PG = Partidos ganados; PE = Partidos empatados; PP = Partidos perdidos; GF = Goles a favor; GC = Goles en contra; DG = Diferencia de gol; PTS = Puntos
PJ = Partidos jugados; PG = Partidos ganados; PE = Partidos empatados; PP = Partidos perdidos; GF = Goles a favor; GC = Goles en contra; DG = Diferencia de gol; PTS = Puntos
La Red Editores, ed. (2014). La Historia del Campeonato Ecuatoriano (1899-2013) El Fútbol que más nos gusta. Dinediciones. ISBN978-9942-8522-0-5.
La Red Editores, ed. (2015). La Historia del Campeonato Ecuatoriano (1899-2014) El Fútbol que más nos gusta Libro III (1989-2003). Ediecuatorial. ISBN978-9942-8522-1-2.
↑El Encuentro entre Esmeraldas Petrolero y Santa Rita. disputado en el Estadio Folke Anderson de Esmeraldas en el cierre de la jornada Nº 14 de la Segunda Etapa del Campeonato Ecuatoriano de Fútbol de la Serie B no se jugó por mutuo acuerdo, ya que ambas escuadras no pelaban ni el ascenso ni el descenso.
↑El Encuentro entre Dep.Quevedo y LDU(P) disputado en el Estadio 7 de Octubre de Quevedo en el cierre de la jornada Nº 14 de la Segunda Etapa del Campeonato Ecuatoriano de Fútbol de la Serie B no se jugó por mutuo acuerdo, ya que ambas escuadras no pelaban ni el ascenso ni el descenso.