Comayagua puede referirse:
- al departamento de Comayagua, uno de los dieciocho departamentos de la República de Honduras;
- a la ciudad de Comayagua, una ciudad de Honduras, capital del departamento homónimo;
- a la intendencia de Comayagua, una división administrativa del Imperio español (1786-1820);
- a la provincia de Comayagua, una entidad administrativa y territorial de la Monarquía Española (1820-1821).