La elección estatal en Turingia de 1999 fue la tercera elección al Landtag de Turingia desde la fundación del estado en 1990, y tuvo lugar el 12 de septiembre de 1999, la participación electoral fue del 59,9%.
La CDU bajo el primer ministro Bernhard Vogel, que había estado siete años en el cargo y que desde la elección parlamentaria en 1994 gobernaba en una gran coalición con el SPD, logró una victoria aplastante y en adelante pudo gobernar con mayoría absoluta.
El PDS por primera vez superó el 20% y fue la segunda fuerza en el parlamento, mientras que el SPD -entonces gobernante a nivel federal con el canciller Gerhard Schröder- atravesaba un período de malos resultados a nivel estatal; una semana antes había perdido las elecciones en Saarland y las siguientes semanas lo hizo en Sajonia y Berlín.
La DVU, que el último año había entrado con más del 12 por ciento de los votos en el Parlamento Regional de Sajonia-Anhalt, fue la cuarta fuerza más poderosa en Turingia y recibió más votos que los Verdes y el FDP juntos, pero tuvo un resultado del 3,1% y no superó, por lo tanto, el umbral del cinco por ciento.
Alianza 90/Los Verdes y el FDP contaron cada uno con menos del 2%. El FDP vivía en ese momento un periodo de malos resultados electorales a nivel estatal y estuvo representado entre 1995 y 2000 en solo cuatro parlamentos estatales.
La nueva Presidenta del Landtag fue Christine Lieberknecht (CDU), que anteriormente había sido Ministra de Educación y Ministra de Asuntos Federales de Turingia, y que en 2009 se convirtió en ministra-presidenta del estado, ocupando este cargo hasta 2014.
Bernhard Vogel fue elegido por tercera vez con 49 votos a favor, 36 votos en contra (y tres abstenciones) como primer ministro. Formó el Gabinete Vogel III.
El 5 de junio de 2003, Bernhard Vogel renunció y nombró Primer Ministro a Dieter Althaus.