La enzima rompe el ADN en la posición donde se encuentra la secuencia GGCC. El corte ocurre entre el segundo y el tercer nucleótido (G y C). Los fragmentos de ADNT se conocen como fragmentos de restricción. HaeIII corta ambas cadenas de ADN en la misma localización. La desnaturalización caliente ocurre a los 80 °C después de 20 minutos[2]