Los primeros jardines botánicos, denominados hortus medicus, hortus academicus o jardines de simples, surgieron con el objetivo de auxiliar en la enseñanza de la materia médica y de abastecer a las boticas de plantas medicinales. Con la expansión geográfica europea se utilizaron para el cultivo y el estudio botánico de las nuevas especies vegetales exóticas.

La representación más antigua que se conoce es la del Jardín Real de Tutmosis III (c 1000 c), diseñado por Nekht, jefe de los jardines anexos al templo de Karnak. A pesar de la belleza de estos jardines, se considera que su importancia se debe a razones económicas.^[1]​

Se considera que los chinos fueron los verdaderos inventores de la noción del jardín botánico. Antiguos documentos señalan que los gobernantes enviaban recolectores a recoger especímenes vegetales a lugares distantes, para luego cultivarlos en razón de su valor medicinal y económico.^[1]​

La mitología china supone que el legendario emperador Shen Nung (hacia el siglo XXVIII a. C.) buscó las cualidades medicinales de las plantas y su uso para la curación de enfermedades. Si esto es correcto, es una repetición de la historia que condujo a la fundación de los jardines monásticos en el siglo IX.^[1]​

Considerada por muchos como la edad oscura, lo fue también en relación con el avance del conocimiento científico. Con respecto a las ciencias biológicas, hubo pequeños avances. Muchos estudiantes de medicina comenzaron a enfocar su trabajo en la botánica.

En el siglo XIII, Alberto Magno escribió De Vegetabilis et Plantis e De animalibus, dando especial importancia a la reproducción y la sexualidad de las plantas y los animales. Como Roger Bacon, su contemporáneo, Alberto estudió intensamente la naturaleza, usando intensivamente el método experimental. En términos del estudio de la botánica, sus obras son de importancia comparable a los de Teofrasto.^[2]​

La flora local aún desconocida y la aparición de nuevas especies de plantas se convirtió en objeto de estudio. El interés en la representación fiel de las plantas medicinales introdujo un nuevo concepto en la literatura y el arte. De materia medica, obra de Dioscórides fue la principal fuente de información.

Otto Brunfels (1489-1534) escribió el primer Herbarium vivae eicones, en el que describe e ilustra gráficamente las plantas.

Leonhart Fuchs, contemporáneo de Brunfels, describe e ilustra en su De historia stirpium medio millar de plantas pertenecientes a la flora de Alemania.

Cronología de la aparición de los jardines botánicos

Año	País	Acontecimiento	Época
1535		Leonhart Fuchs funda en Tübingen el primer jardín botánico alemán, el Alter Botanischer Garten Tübingen.	Siglo XVI
1544		Luca Ghini funda el Jardín Botánico de Pisa.
1545		Fundación del Jardín Botánico de Padua y del Jardín de simples de Florencia.
1567		Creación del Jardín botánico de Valencia para estudiar las plantas medicinales en Valencia.
1568		Ulisse Aldrovandi crea el Jardín botánico de Bolonia.
1578		Jean Bauhin (1541-1613) crea un jardín botánico en Montbéliard, los Grands Jardins, para Luis III, duque de Wurtemberg (r. 1568-1593), que dirigirá hasta su muerte.
1580		Jardín botánico de la Universidad de Leipzig.
1586		Establecido el Jardín Botánico de Jena como hortus medicus, tercero de Alemania seis años después del de Leipzig en 1580. En 1630 fue cambiado y ampliado perceptiblemente por el profesor Werner Rolfinck.
1589		Fundación del Jardín botánico de Basilea ligado al "Colegio Menor" de la Universidad de Basilea en Rheinsprung. Es el jardín botánico más antiguo de Suiza.
1590		La Universidad de Leiden es autorizada por el burgomaestre de la ciudad a establecer un hortus academicus, Hortus Botanicus Leiden, para cuya dirección se nombra a Carolus Clusius (1526-1609).
1560		Fundación del Antiguo Jardín botánico de Zúrich. El origen de este jardín fue debido a Conrad Gessner, que fundó un jardín de plantas medicinales y un herbario. Su descendiente, el naturalista Johannes Gessner (1709-1790), abrió un primer jardín botánico en 1746 en colaboración con la Sociedad de Naturalistas de Zúrich (Naturforschende Gesellschaft Zürich). Es el jardín botánico más antiguo fundado en Suiza, luego desaparecido.
1593		Enrique IV de Francia confía a Pierre Richer de Belleval (1564-1632), profesor de botánica y anatomía en Montpellier, la creación de un Jardin Royal, el Jardín de plantas de Montpellier, inspirado en el de Padua. Es el jardín botánico más antiguo de Francia.
1593		Henricus Smetius (1537-1614), profesor de medicina, crea un hortus medicus en la Universidad de Heidelberg, el Jardín botánico de Heidelberg.
1593		Jardín de la Facultad de Medicina de París.
1600		Fundación del primer hortus medicus de Copenhague, posteriormente el Jardín botánico de la Universidad de Copenhague.	Siglo XVII
1619		Fundación del Jardín botánico de la Universidad de Estrasburgo por la Academia protestante en el barrio de la Krutenau dirigido por el profesor de medicina Rudolph Salzmann.
1621		Fundación del Jardín botánico de la Universidad de Oxford.
1626		Jean Héroard (1551-1628) y Guy de La Brosse (ca. 1586-1641) obtienen letras patentes de Luis XIII autorizándoles a adquirir, en nombre del rey, un terreno en París a fin de fundar en él un Jardin royal des herbes médicinales.
1629		Fundación del primer jardín precursor del Jardín botánico de Burdeos solicitado por la facultad de medicina de Burdeos. Se creó como jardín de simples para abastecer a los boticarios de plantas medicinales en los cursos de formación.
1635		Publicación del edicto de creación del jardín de plantas en París, con el nombre de Jardin royal des plantes médicinales.
1638		Nace el Hortus Botanicus Ámsterdam, como Hortus Medicus fundado por el consistorio de la ciudad para que sirviera como jardín de hierbas medicinales para los remedios de médicos y boticarios.
1655		Olaus Rudbeck (1630-1702), naturalista y profesor de medicina en la Universidad de Upsala, inicia a plantación de lo que será el Jardín de Linneo de Upsala.
1666		Herrenhäuser Garten, Hanover.
1669		Jardín botánico de la Universidad de Kiel (Christian-Albrechts-Universität).
1670		Real Jardín Botánico de Edimburgo.
1672		Jardín Botánico de Berlín.
1673		Se establece el Jardín medicinal de Chelsea como Apothecaries’ Garden en Chelsea, un barrio de Londres.
1687		Se crea el «jardín de los boticarios», precursor del Jardín de plantas de Nantes.
1718		El «Jardin du Roy», situado en París, se convierte en el Jardin royal des plantes, un verdadero establecimiento de estudo de los vegetales y no más solo de las especies de valor medicinal.	Siglo XVIII
1728		El jardín botánico estadounidense más antiguo todavía existente, el Bartram's Garden, es establecido en Filadelfia (en Pensilvania).
1735		El primer jardín botánico tropical nace en Pamplemousses, en la isla de Mauricio.
1736		Jardín Botánico de Göttingen es fundado por Albrecht von Haller (1708-1777).
1755		Fundación del Real Jardín Botánico de Madrid por una orden del rey Fernando VI de España.
1768		Comienza la construcción del Jardín Botánico de Ajuda en Lisboa.
1772		Creado el Jardín Botánico de Coímbra, motivado por la reforma de la Universidad.
1779		La Accademia dei Regi Studi de Palermo instituye una cátedra de "Botânica e Matéria médica", a la cual se le asigna un terreno para plantar un jardín botánico , el Jardín Botánico de Palermo.
1788		Fundación por parte del rey Carlos III de España del Jardín de Aclimatación de la Orotava en la isla de Tenerife.
1759		Fundación del Jardines botánicos de Kew en Londres.
1793		Fundación del Muséum national d'histoire naturelle qui succède en tant qu'institution scientifique au « Jardin du Roy » devenu Jardin national des plantes.
1808		Por decreto del príncipe-regente Dom João (futuro rey D. João VI) se crea el Jardim Botânico do Rio de Janeiro, en ese momento denominado Horto Real.	Siglo XIX
1826		Jardín Botánico de Bruselas.
1840		Los jardines de Kew, en Londres, son reconocidos bajo la apelación de «Jardines botánicos nacionales» y reorganizados bajo la dirección de William Hooker (1785-1865).
1859		Se abre al público el Missouri Botanical Garden en Saint-Louis por su fundador, un emigrante inglés llamado Henry Shaw (1800-1889).
1884		El Jardín botánico de la Universidad de Estrasburgo se instala en su emplazamiento actual, en el momento de la creación de la Universidad imperial alemana por Guillermo I.

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