Juan Ayora (Écija, ? - Monasterio de San Pedro de Villanueva, 24 de mayo de 1569) fue un sacerdote español que llegó a ser obispo de Oviedo, Asturias.

Estudiante de derecho en la Universidad de Salamanca, fue alcalde de Casa y Corte en la Real Audiencia de Granada e inquisidor en Logroño y en Cuenca antes de ser promovido a obispo de Oviedo en 1567, tomando posesión del cargo ese mismo año. Se mantuvo en el puesto hasta su fallecimiento en 1569.

• Manuel Risco: España sagrada, vol. XXXIX, pp. 128-130.