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Juan Manuel Fernández puede hacer referencia a:

• Juan Manuel Fernández Pacheco (1650-1725), VIII marqués de Villena y VIII duque de Escalona. Fue el fundador y primer director de la Real Academia Española.
• Juan Manuel Fernández-Campero (1725-1791), militar español y funcionario de la Corona Española en el Perú y en el Tucumán colonial.
• Juan Manuel Fernández de Agüero (1772-1840), teólogo y filósofo español que llegó a ser el primer profesor de filosofía en la Universidad de Buenos Aires.
• Juan Manuel Fernández de Jáuregui (1814-1871), político mexicano.
• Juan Manuel Fernández González (n. 1940), exfutbolista español que jugó como defensa en el Real Oviedo.
• Juan Manuel Fernández Montoya (n. 1982), bailarín español, más conocido como Farruquito.
• Juan Manuel Fernández (n. 1990), jugador argentino de baloncesto.
• Juan Manuel Fernández, político peruano del siglo XIX.