El nombre Juan Núñez de Prado puede designar a los siguientes individuos:
- Juan Núñez de Prado (m. 1355), maestre de la Orden de Calatrava.
- Juan Núñez de Prado (m. después de 1555). Militar y conquistador español y primer gobernador colonial del Tucumán.
- Juan Núñez de Prado Béjar (Cuzco, 1945) Antropólogo peruano