Juan de Marquina (Marquina, 1428 - Sevilla, 1500), o Juan de Barroeta, fue un eclesiástico de origen vasco que participó activamente en las reformas universitarias y administrativas de la época de los Reyes Católicos.

Este clérigo burócrata pertenecía al entorno del poderoso cardenal Pedro González de Mendoza y había estudiado en la Universidad de Salamanca; allí había ingresado en el prestigioso Colegio Mayor de San Bartolomé, del que fue rector durante ocho años. Su experiencia y su fidelidad fueron apreciadas por el cardenal Mendoza a la hora de fundar en 1484 su propio Colegio Mayor en Valladolid, el de Santa Cruz: designó a Juan de Marquina como primer rector, para asegurar el éxito de la reciente creación.

Como parte de la clientela del clan Mendoza, Juan de Marquina fue nombrado canónigo, provisor y gobernador del arzobispado de Sevilla en nombre del cardenal, que solía estar ausente de la diócesis. La carrera de Marquina a la sombra de los Mendoza culmina con su presentación para la mitra de León, de la que fue elegido obispo en 1500 aunque falleció antes de tomar posesión del cargo.^[1]​^[2]​^[3]​

A día de hoy y en honor de su primer rector, la rama femenina del Colegio Mayor Santa Cruz otorga el premio "Juan de Marquina" a la residente que más haya destacado por su participación en la vida colegial.^[4]​