Juan de Zúñiga puede referirse a cualquiera de los personajes de nombre Juan y apellido Zúñiga; varios de ellos nobles pertenecientes a la Casa de Zúñiga:
- Juan de Zúñiga y Pimentel (Plasencia, 1459 - Guadalupe, Cáceres; 27 de julio de 1504), el último maestre de la Orden de Alcántara, arzobispo de Sevilla y cardenal;
- Juan de Zúñiga Avellaneda y Velasco (1488 - Madrid, 27 de junio de 1546), comendador de la Membrilla y mayor de Castilla de la Orden de Santiago, cortesano de Carlos V, preceptor del futuro Felipe II;
- Juan de Zúñiga y Requeséns (Valladolid, 1539 - Alcázar Real de Madrid, 17 de noviembre de 1586), embajador en Roma, virrey de Nápoles, cortesano de Felipe II, preceptor del futuro Felipe III;
- Juan de Zúñiga Avellaneda y Bazán (Peñaranda de Duero, 1541 - ídem, 4 de septiembre de 1608), virrey de Cataluña y de Nápoles, entre otros cargos;
- Juan de Zúñiga y Flores (Madrigal de las Altas Torres, c. 1547 - ¿Madrid?, 20 de diciembre de 1602), religioso y político que ocupó el cargo de Inquisidor General en 1602.