Las lenguas indígenas de Ecuador comprenden todas las lenguas presentes habladas antes de la conquista europea e incaica en lo que actualmente es el territorio de Ecuador. Se incluyen las lenguas muertas, no documentadas ni clasificadas dentro de la lista.

Muchas lenguas indígenas de Ecuador están severamente amenazadas por lenguas más predominantes y el número de hablantes ha disminuido mucho a lo largo del siglo XX. Actualmente el Quichua norteño constituyen el principal grupo de lengua indígenas de Ecuador, aunque también se hablan en la parte oriental lenguas zaparoanas, lenguas jivaroanas y el idioma huaorani, que es una lengua aislada. En el norte todavía se hablan también un par de lenguas tucanas, algunas lenguas barbacoanas y una lengua chibcha. La siguiente es una lista de las lenguas conocidas, las lenguas ya extintas se han marcado con el signo (†):^[1]​^[2]​^[3]​

• Lenguas barbacoanas: awapit, tsafiki, cha'palaachi, caranqui (†), pasto (†), chonos (†), puruhá (†), panzaleo (†)^[3]​
• Lenguas jivaroanas: shuar (de la etnia shuar), achuar
• Lenguas tucanoanas: siona, secoya
• Lenguas zaparoanas: záparo
• Lenguas aisladas o no clasificadas: wao, cofán, esmeraldeño (†), cañari (†), manteño-huancavilca (†)

Aunque la diversidad lingüística de Ecuador sigue siendo alta aún hoy en día, a pesar de que tanto el quechua como el español han desplazado a las lenguas originarias y un buen número de lenguas indígenas poco documentadas desaparecieron durante el período colonial, especialmente en la costa de Ecuador donde se dio un proceso de castellanización acelerado. En este grupo se encuentran las lenguas manteño-huancavilca que no están documentadas ni clasificadas. Muchas de estas lenguas están poco o nada documentadas, excepto por numerosos topónimos que permite establecer de manera aproximada su extensión pasada.^[4]​ Además la falta de gramática dificulta su clasificación bajo una familia de idiomas particular. ^[5]​También se conservan de estas lenguas algunas pequeñas listas de vocabulario del período colonial.

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  Lenguas Barbacoanas
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  Lenguas Jivaroanas
• 
  Lenguas tucanas
• 
  Lenguas Zaparoanas

• Lenguas de Ecuador
• Señoríos étnicos de Ecuador