Las lenguas indígenas de Ecuador comprenden todas las lenguas presentes habladas antes de la conquista europea e incaica en lo que actualmente es el territorio de Ecuador. Se incluyen las lenguas muertas, no documentadas ni clasificadas dentro de la lista.

Muchas lenguas indígenas de Ecuador están severamente amenazadas por lenguas más predominantes y el número de hablantes ha disminuido mucho a lo largo del siglo XX. Existen dentro de los principales grupos las lenguas zaparoanas, lenguas jivaroanas y el idioma huaorani, que es una lengua aislada. En el norte todavía se hablan también un par de lenguas tucanas, algunas lenguas barbacoanas y una lengua chibcha. La siguiente es una lista de las lenguas conocidas, las lenguas ya extintas se han marcado con el signo (†):^[1]​^[2]​^[3]​

• Lenguas barbacoanas: awapit, tsafiki, cha'palaachi, caranqui (†), pasto (†), chonos (†), puruhá (†), panzaleo (†)^[3]​
• Lenguas jivaroanas: shuar (de la etnia shuar), achuar
• Lenguas tucanoanas: siona, secoya
• Lenguas zaparoanas: záparo
• Lenguas aisladas o no clasificadas: wao, cofán, esmeraldeño (†), cañari (†), manteño-huancavilca (†)

Aunque la diversidad lingüística de Ecuador sigue siendo alta aún hoy en día, a pesar de que tanto el quechua como el español han desplazado a las lenguas originarias y un buen número de lenguas indígenas poco documentadas desaparecieron durante el período colonial, especialmente en la costa de Ecuador donde se dio un proceso de castellanización acelerado. En este grupo se encuentran las lenguas manteño-huancavilca que no están documentadas ni clasificadas. Muchas de estas lenguas están poco o nada documentadas, excepto por numerosos topónimos que permite establecer de manera aproximada su extensión pasada.^[4]​ Además la falta de gramática dificulta su clasificación bajo una familia de idiomas particular. ^[5]​También se conservan de estas lenguas algunas pequeñas listas de vocabulario del período colonial.

Dentro de la categoría de lenguas alóctonas, es decir no originarias y que llegaron a Ecuador desde otros lugares se encuentra principalmente el quichua, que a pesar de no ser una lengua indígena de Ecuador, por tener su origen en más al sur de este país y no estar emparentada con las lenguas barbacoanas originarias, es hablado en comunidades indígenas debido a la conquista incaica y la posterior evangelización durante la Real Audiencia de Quito. Esto hace que los grupos indigenas en Ecuador en su mayoría, cerca al 80%, no hablen una lengua indígena de Ecuador, algo que les distingue del resto de grupos indígenas de América. Sin embargo, este idioma ha sido apropiado por estas comunidades y las antiguas lenguas que se hablaban como el caranqui, el puruhá, el panzaleo, y el cañari, nutrieron al quechua creando un dialecto propio, el quechua norteño, conocido como quichua o, de acuerdo a la ortografía de este idioma "kichwa". Esto se puede ver en el hecho de que las lenguas barbacoanas se caracerizan por enfatizar la vocal "i" en muchas de sus palabras. Por ejemplo en tsafiqui, las palabras "pi", "ni", "mi", "chi", que significa, agua, fuego, sabiduría y árbol, son la base de la cosmovisión de la comunidad tsáchila. Algunas de estas palabras, en especial "ni" pudieron haber influenciado el quechua por lo que hoy en día se conoce como "nina" al fuego. Por esta razón en Ecuador tomaría el quechua el nombre de quichua, reemplazando la "e" por la "i".^[6]​

• 
  Lenguas Barbacoanas
• 
  Lenguas Jivaroanas
• 
  Lenguas tucanas
• 
  Lenguas Zaparoanas

• Lenguas de Ecuador
• Señoríos étnicos de Ecuador