Para poder participar en la Liga panameña los clubes deben estar federados. En el caso de las categorías profesionales (Primera y Segunda División), los clubes también deben cumplir los requisitos exigidos por el departamento de fútbol profesional de la Federación Panameña de Fútbol (FEPAFUT).

A diferencia de otros países, los equipos filiales o reservas participan en la Liga bajo su propia categoría.

Aunque el número de equipos que integran cada división varía, todas las categorías siguen un mismo sistema de competición. Los torneos (Apertura, Clausura) se desarrollan entre los meses de agosto (o finales de julio) y junio (o finales de mayo) del siguiente año. Cada club se enfrenta dos ocasiones a los demás equipos de su misma división (una vez en campo propio y otra en el del contrario), siguiendo un calendario establecido por sorteo a principio de temporada. Generalmente se disputa una jornada cada semana (coincidiendo con el fin de semana). Los encuentros finalizan a los noventa minutos, sin prórrogas ni tanda de penaltis en caso de terminar en empate. Consta de una segunda ronda de fase de eliminación directa (playoffs, semifinal y final), un partido único de playoffs en los que se enfrentan cuatro equipos distribuidos 3 vs 6 y 4 vs 5, el ganador de estas llaves se enfrenta en las semifinales al primer y segundo lugar de la tabla y los dos vencedores se enfrentan en la gran final. Los encuentros de esta fase finalizan a los noventa minutos, si al término de estos hay un empate, habrá una prórroga de 30 minutos y posteriormente la tanda de penaltis en caso de terminar en empate.

En función del resultado al final de cada partido, los equipos obtienen una serie de puntos: tres para el ganador, cero para el perdedor y un punto para cada equipo en caso de empate. Al término de la temporada se elabora una clasificación en función de los puntos acumulados a lo largo del campeonato.

Si dos equipos terminaran en igualdad de puntos, el primer criterio de desempate es la mejor diferencia entre goles anotados y recibidos. Segundo criterio: el equipo que mayor goles haya anotado a su favor. Tercer criterio: el equipo que menos goles haya recibidos. Cuarto criterio: el resultado del enfrentamiento directo entre aquellos equipos que terminen el torneo en igualdad de puntos En caso de que hayan sido tres o más los equipos implicados en el empate, se tiene en cuenta en primer lugar el número de puntos obtenidos en los enfrentamientos entre los clubes implicados, siguiendo por la diferencia de goles en los enfrentamientos entre dichos clubes. Si no se hubiera acabado con la igualdad, se tendrían en cuenta los goles anotados y encajados durante toda la liga por los clubes empatados a puntos. El sistema es eliminatorio. Es decir, si con el primer método de desempate, un equipo desempata y persiste el empate entre otros dos, se volverá a aplicar todo el sistema a los clubes que sigan empatados, eliminando a los ya desempatados. Todo esto ayuda a determinar los clasificados de la liga regular al término de la última jornada.

El equipo que resulte ganador en la final del campeonato se proclama campeón de su categoría y, en el caso de la Primera División y Segunda División, cada torneo de Liga proclama un campeón. Dado que se trata de un sistema jerárquico de ligas interconectadas entre sí, los primeros clasificados de cada división tienen la opción de ascender a la categoría superior para la siguiente temporada, sustituyendo a los últimos clasificados de dicha categoría, que son descendidos. El número de equipos que ascienden y descienden varía en función de cada categoría.

Los dos campeones de cada torneo de la Primera División acceden a participar en la fase de octavos de final, mientras que el mejor subcampeón o mejor posicionado de la temporada, clasifica a la ronda preliminar de la máxima competición de Centroamérica y el Caribe de la siguiente temporada: la Liga Concacaf Scotiabank. La cual otorga seis (6) plazas a la máxima competición de CONCACAF: la Liga de Campeones. Estas plazas son variables y dependen del desempeño en la competición, referente a sus equipos, para que a la Liga de Campeones accedan los equipos más poderosos centroamericanos o del Caribe, ya que los equipos mexicanos o estadounidenses son más fuertes, por ejemplo, que los costarricenses; por ello el campeón y los mejores clasificados disponen de 6 plazas entre ellos y los norteamericanos disponen de 4 por país y Canadá de 2. Esta norma es para todas las competiciones de Concacaf.

La justicia deportiva de la competición está gestionada por el Comité de Competición de la Federación Panameña de Fútbol, organismo encargado de imponer sanciones y dirimir los conflictos entre clubes. Los árbitros (todos panameños) de los partidos son designados, a través de un comité de designación formado por: Roberto Moreno (exárbitro colonense internacional). Un árbitro no puede dirigir un partido en el que participe un equipo de la misma provincia o ciudad en la que esté colegiado.