El equipo fue fundado en 2007[1] y desde su creación ha sido presidido por Albert Parody. Desde su fundación jugó en la Segunda División de Gibraltar hasta que en la temporada 2019-10 se consagró campeón y consiguió ascender a Primera División.[2] En su primera temporada en Primera División (2010-11)[3] el club descendió, luego de terminar en la sexta posición de seis equipos participantes. En la temporada 2011-12 volvió a jugar en Segunda División; en aquella temporada se coronó campeón una vez más y consiguió un nuevo ascenso a Primera División y desde entonces se ha mantenido jugando en esta categoría. Su mejor posición en Primera División es un tercer puesto en la temporada 2013-14.
En esta temporada el club quedó en la sexta posición, con veintiocho puntos obtenidos en veintisiete partidos jugados; de los cuales ganó ocho, empató 4 y perdió quince. El club estuvo ubicado en la décima posición (descenso directo) de la tabla hasta la octava jornada, pero logró escapar de esa zona y desde la decimoctava jornada se mantuvo en la sexta posición. En la Rock Cup el club alcanzó los cuartos de final donde fue eliminado por St. Joseph's.
Lynx cuenta con un equipo de fútbol sala que actualmente juega en la División 1 de Gibraltar donde ha terminado campeón en las temporadas 2014-15, 2015-16, 2016-17 y ha participado en la Copa de la UEFA de fútbol sala en tres ocasiones.
↑«Sobre nosotros». Lynx F.C. 4 de febrero de 2015. Archivado desde el original el 30 de mayo de 2017. Consultado el 7 de septiembre de 2017. «Lynx se estableció como un equipo informal en 2007.»