Microsporidium es un género de hongos microsporidios que es patógeno para humanos y otros animales. Es un parásito intracelular que requiere de las células animales para su reproducción y así poder distribuir sus esporas. Se han descrito alrededor de 118 especies.

Causa la microsporidiosis, una enfermedad que afecta principalmente a niños y pacientes con inmunodeficiencia, que produce vómitos y diarreas que pueden llegar a ser crónicas. Microsporidium se transmite por el consumo de aguas contaminadas, inhalación de esporas, el contacto con enfermos y animales enfermos. Inclusive se ha detectado la presencia de Microsporidium en aguas potables y estanques de hospitales.^[1]​^[2]​

Se han descrito las siguientes especies:^[3]​

• Microsporidium acanthocephali
• Microsporidium acutum
• Microsporidium aedis
• Microsporidium aedium
• Microsporidium africanum
• Microsporidium anoeti
• Microsporidium aplysiae
• Microsporidium argyrogrammi
• Microsporidium arthuri
• Microsporidium asperospora
• Microsporidium asplanchnae
• Microsporidium balantidii
• Microsporidium bengalis
• Microsporidium bombycis
• Microsporidium brevirostris
• Microsporidium buyukmihcii
• Microsporidium caeruleosticti
• Microsporidium calopterygis
• Microsporidium canariensis
• Microsporidium cardiformis
• Microsporidium cerebralis
• Microsporidium cernosvitovi
• Microsporidium ceylonensis
• Microsporidium chaetogastris
• Microsporidium chapmani
• Microsporidium chironomi
• Microsporidium chironomi
• Microsporidium chloroscombri
• Microsporidium cladocera
• Microsporidium cotti
• Microsporidium cyclopis
• Microsporidium cyclops
• Microsporidium debaisieuxi
• Microsporidium distomi
• Microsporidium echinostomi
• Microsporidium elongatum
• Microsporidium enchytreidorum
• Microsporidium ephemerae
• Microsporidium epithelialis
• Microsporidium eriogastri
• Microsporidium eucyclopis
• Microsporidium fimbriatum
• Microsporidium fluviatilis
• Microsporidium francottei
• Microsporidium ghigii
• Microsporidium girardini
• Microsporidium giraudi
• Microsporidium goeldichironomi
• Microsporidium habrodesmi
• Microsporidium haematobium
• Microsporidium holopedii
• Microsporidium hyphantriae
• Microsporidium incurvatum
• Microsporidium incurvatum
• Microsporidium itiiti
• Microsporidium ixodis
• Microsporidium kosewiense
• Microsporidium laverani
• Microsporidium legeri
• Microsporidium leptophlebiae
• Microsporidium lesiodermi
• Microsporidium leydigii
• Microsporidium longifilum
• Microsporidium lotaensis
• Microsporidium lunatum
• Microsporidium magnum
• Microsporidium maroccani
• Microsporidium mesnili
• Microsporidium micrococcus
• Microsporidium milleri
• Microsporidium moniezi
• Microsporidium mrazeki
• Microsporidium mutabilis
• Microsporidium necatrix
• Microsporidium niphargi
• Microsporidium novacastriense
• Microsporidium obtusa
• Microsporidium obtusum
• Microsporidium oligochaetae
• Microsporidium orthocladii
• Microsporidium ovatum
• Microsporidium ovoideum
• Microsporidium pagri
• Microsporidium peponoides
• Microsporidium phytoseiuli
• Microsporidium pimphales
• Microsporidium polyedricum
• Microsporidium polygonum
• Microsporidium polysporum
• Microsporidium propinqui
• Microsporidium pseudotumefaciens
• Microsporidium rapua
• Microsporidium rhabdophilia
• Microsporidium rhabdophilum
• Microsporidium rhionicae
• Microsporidium rubstovi
• Microsporidium sauridae
• Microsporidium schaefernai
• Microsporidium schmeilii
• Microsporidium schuetzi
• Microsporidium sciaenae
• Microsporidium scolyti
• Microsporidium simiae
• Microsporidium simulii
• Microsporidium sitophili
• Microsporidium slavinae
• Microsporidium spelotremae
• Microsporidium stagnalis
• Microsporidium stempelli
• Microsporidium tabani
• Microsporidium takedai
• Microsporidium termitis
• Microsporidium thomsoni
• Microsporidium tritoni
• Microsporidium tuzetae
• Microsporidium valamugili
• Microsporidium virgulum
• Microsporidium weiseri