El periodo Neógeno es una división de la escala temporal geológica que pertenece a la Era Cenozoica; dentro de esta, el Neógeno sigue al Paleógeno y precede al Cuaternario.^[2]​^[3]​ Se tienen registros de los eventos de extinción que ocurrieron en el Atlántico durante el Neógeno tardío.^[4]​ Actualmente se considera que el Neógeno comprende solo las épocas Mioceno y Plioceno, aunque una reciente propuesta de la Comisión Internacional de Estratigrafía (ICS) pretendía añadir las épocas Pleistoceno y Holoceno, continuando hasta el presente.^[5]​

Los términos Sistema Neógeno (formal) y sistema terciario superior (informal) describen las rocas depositadas durante el período Neógeno, que inició hace unos 23 millones de años y concluyó hace 2.588 millones de años y con una duración de 20.44 millones de años. Durante el Neógeno los mamíferos y las aves se desarrollaron bastante. Muchas otras formas se mantuvieron relativamente estables. Tuvieron lugar algunos movimientos continentales, siendo el más significativo la conexión de América del Norte con América del Sur a finales del Plioceno. Además, durante el Neógeno el clima se enfrió, culminando en las glaciaciones del Cuaternario, y se produjo la aparición de los Homínidos.

Era Eratema	Periodo Sistema		Época Serie	Edad Piso	Eventos relevantes	Inicio, en millones de años
Cenozoico[6]​	Cuaternario[6]​					2,588
	Neógeno		Plioceno	Piacenziense	Clima frío y seco. Aparecen los Australopithecina, varios géneros de los mamíferos existentes y los moluscos recientes. Se forma el istmo de Panamá, provocando el Gran Intercambio Americano	3,600
				Zancliense		5,333
			Mioceno	Messiniense	Clima moderado; orogenia en el hemisferio norte. Desecación del Mediterráneo en el Messiniense. Se hacen reconocibles las familias de los mamíferos y aves modernos. Los caballos y los mastodontes se diversifican. Primeros bosques de Laminariales; la hierba se hace ubicua. Aparecen los primeros simios.	7,246
				Tortoniense		11,62
				Serravalliense		13,82
				Langhiense		15,97
				Burdigaliense		20,44
				Aquitaniense		23,03
	Paleógeno					65,5±0,3

El Neógeno se ha entendido tradicionalmente que finaliza al terminar el Plioceno, justo antes del comienzo del período Cuaternario; muchas escalas temporales apoyan esta división. Sin embargo, hay un movimiento entre los geólogos (especialmente los dedicado al Neógeno marino) que tiende a incluir también al siguiente período geológico (el Cuaternario) en el Neógeno, mientras que otros (especialmente los geólogos terrestres) insisten en que el cuaternario es un período distinto con registros claramente diferenciados. La INQUA se opone a las propuestas de la ICS reclamando que el Neógeno y el Plioceno terminen hace 2 588 millones de años, que el Gelasiense sea traspasado al Pleistoceno y que el Cuaternario sea reconocido como el tercer período del Cenozoico, citando los cambios clave en el clima, los océanos y la biota de la Tierra, y su correspondencia con el límite magnetoestratigráfico Gauss-Matuyama.^[7]​ En 2006, ICS e INQUA alcanzaron un acuerdo que colocaba al Cuaternario como una sub-era que subdividía al Cenozoico en los antiguos Terciario y Cuaternario, un acuerdo que fue rechazado por la Unión Internacional de Ciencias Geológicas porque separaba tanto al Neógeno como al Plioceno en dos.^[8]​

En ocasiones la confusión terminológica y el desacuerdo entre los geólogos respecto del trazado de límites, se debe a la divisibilidad relativamente tenue entre unidades de tiempo cuando se aproximan al presente, debido a que la preservación geológica hace que el registro sedimentario geológico más joven sea conservado sobre un área mucho más grande y reflejando muchos más ambientes que el registro geológico más antiguo. Al dividir la Era Cenozoica en tres (probablemente dos) períodos (Paleógeno, Neógeno, Cuaternario) en vez de siete épocas, los períodos son más fácilmente comparables a la duración de los períodos en las eras del Mesozoico y Paleozoico.

Los continentes continúan su deriva hacia las posiciones actuales. De las modernas características geográficas, solo falta la formación del puente terrestre entre Sudamérica y Norteamérica. Sudamérica deriva al oeste, hacia la zona de subducción del océano Pacífico, provocando tanto el aumento de los Andes como la extensión hacia el sur de la península de Mesoamérica. La separación de ambas Américas se terminó con la formación del istmo de Panamá durante el Plioceno. La formación del istmo tuvo importantes consecuencias en las temperaturas globales, puesto que la cálida corriente oceánica ecuatorial se cortó y comenzó un ciclo de enfriamiento del ahora aislado océano Atlántico, con una bajada de las temperaturas en las aguas del Ártico y Antártico. La formación del istmo también acabó con el aislamiento de la fauna de Sudamérica, lo que provocó la extinción de los ungulados nativos y los carnívoros marsupiales.

La India continuó su colisión con Asia, aumentando las cadenas montañosas de esta región. La colisión de África con Europa continúa formando el mar Mediterráneo y haciendo desaparecer los últimos restos del océano Tetis hace unos 19-12 millones de años. El posterior levantamiento de las montañas de la región mediterránea occidental y un descenso global del nivel del mar se combinaron para causar la desecación del Mediterráneo en el intervalo comprendido entre 6 y 5,33 millones de años. La crisis terminó con la apertura del paso del actual estrecho de Gibraltar y la inundación del Mediterráneo por las aguas del océano Atlántico hace unos 5,33 millones de años.^[9]​ La bajada del nivel del mar también expuso el puente de tierra entre Asia y Alaska.

Depósitos marinos y continentales del Mioceno son comunes en todo el mundo con afloramientos marinos cerca de las costas modernas. Exposiciones continentales bien estudiadas se encuentran en las Grandes Llanuras de los Estados Unidos y en Argentina. Las rocas de Plioceno marino están bien expuestas en el Mediterráneo, India y China. En otros lugares, están expuestos en gran parte cerca de las costas.

El Neógeno es en general un período de enfriamiento progresivo, con temperaturas más bajas que durante el Paleógeno y con la glaciación de los polos y de Groenlandia.

Al principio del Mioceno, volvió a aumentar la temperatura global. Durante la segunda mitad de la época, comenzaron a aparecer pastos similares a la sabana en ambas Américas, por el enfriamiento global y la progresiva aridez del clima. En la Antártida oriental había algunos glaciares durante el Mioceno inferior (hace 23-15 millones de años), pero hace alrededor de 15 millones de años la capa de hielo del hemisferio sur comenzó a crecer hasta su extensión actual.

Debido al enfriamiento y la aridez el mundo comenzó a parecerse al actual. Los climas eran estacionales, más frescos y secos, similares a los modernos. La formación del istmo de Panamá hace unos 3,5 millones de años cortó la corriente ecuatorial que había existido desde el Cretácico y principios del Cenozoico. Esto puede haber contribuido al enfriamiento de los océanos de todo el mundo. Las capas de hielo en la Antártida crecieron hasta que esta quedó totalmente cubierta por los glaciares. El manto de hielo de Groenlandia se desarrolló más tarde, hace alrededor de 3 millones de años. La formación de la capa de hielo del Ártico en torno a 3 millones de años atrás está señalada por un brusco cambio en las relaciones isotópicas de oxígeno y en los sedimentos del Atlántico Norte y el Pacífico. En latitudes medias, la glaciación estaba probablemente en marcha antes de finales de la época. El enfriamiento global que se produjo durante el Plioceno puede haber estimulado la desaparición de los bosques y la difusión de los pastizales y sabanas. En el Plioceno inferior aparecieron herbívoros de gran tamaño, y con estos llegaron grandes carnívoros especializados. Respecto a los herbívoros más pequeños, los pacedores corrieron mucha mejor suerte que los ramoneadores.

Ocurrió una modernización de los vertebrados (se expandieron serpientes, paseriformes, ranas, ratas y ratones).

En los océanos aparecen las primeras algas coralinas que franquean los arrecifes actuales. Se da una diversificación y radiación adaptativa de ballenas, delfines y cachalotes. Las globigerinas, seriamente diezmadas en la Extinción Eocena, se expanden de nuevo en el Mioceno y constituyen unos excelentes fósiles-guía en los medios marinos. En el Neógeno tiene lugar la expansión de diatomeas de agua dulce (Pennales), que se habían originado en el Paleógeno. En el Mioceno comprenden 2000 especies, alcanzando una posición ecológica similar a la actual como productores primarios de agua dulce.

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  Cladocora (Coral del Plioceno)
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  Mandíbulas de Megalodon (Tiburón del Mioceno)
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  Cetotherium (Ballena del Mioceno)
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  Kentriodon (Delfín del Mioceno)

Los cambios climáticos ejercieron una influencia profunda sobre las biotas terrestres.

Aunque de manera general suele llamar la atención el origen de los grandes mamíferos, destaca igualmente el éxito de criaturas menores. De hecho, el Neógeno se podría llamar también la Edad de las Ranas, la Edad de las Ratas y Ratones, la Edad de las Serpientes, o la Edad de los Paseriformes. Estos cuatro grupos han experimentado una gran radiación adaptativa en los últimos millones de años. Quizás el éxito de ranas y sapos modernos es su gran capacidad para capturar insectos con sus largas lenguas. Así mismo, las serpientes se han expandido en su mayor parte a causa de la proliferación de ranas y roedores, ya que pocos predadores pueden perseguir a estos pequeños roedores en sus madrigueras. Antes del inicio del Neógeno había pocas serpientes exceptuando los miembros del primitivo grupo de Boa constrictor. La expansión de los paseriformes presumiblemente estuvo condicionada por al diversificación de las semillas de las numerosas especies gramíneas, aunque como las ranas, parte de su éxito se debe a su capacidad para capturar insectos.

En Sudamérica, los principales depredadores eran los pájaros del terror, una familia de aves no voladoras de gran tamaño. Su aspecto era parecido al del avestruz, pero eran carnívoros y algunos mucho más grandes. Tenían una altura de 0,6 a 3 m y pequeñas alas a modo de brazos que seguramente les servirían para derribar a las presas en movimiento. Vivieron en el Paleógeno y Neógeno hace 62-2 millones de años. Originarios de Sudamérica, pasaron a Norteamérica cuando se formó el istmo de Panamá. Los pájaros del terror se extinguieron, pero sus parientes actuales más cercanos son las chuñas de la familia Cariamidae.

Los grupos de grandes animales también desarrollaron sus características modernas durante este período. Entre los herbívoros, por ejemplo, las familias de rinocerontes y caballos disminuyeron después del Mioceno superior en una continuación del decaimiento general de los ungulados de dedos impares. Mientras tanto, Cervidae y Bovidae también se diversificaron durante el Mioceno, aunque el número de especies en estas familias ha disminuido desde entonces. De forma similar, muchos tipos de elefantes, incluidos los que tenían largas trompas, experimentaron un gran éxito durante el intervalo Mioceno-Plioceno, para luego declinar (hoy solo existen dos especies). Los mamuts vivieron durante el Plioceno y el Pleistoceno. Los mamíferos carnívoros (que incluían las familias del gato y el perro, aparecidas en el Paleógeno), adquieren su carácter moderno. Durante el Mioceno aparecen las familias de las hienas y los osos. Muchos grupos de mamíferos herbívoros neógenos, como los antílopes, se expandieron con éxito por las grandes extensiones de sabanas y praderas, junto con los grupos de roedores. La diversificación de herbívoros, a su vez, fomentó el éxito de grupos de carnívoros tales como hienas y leones.

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  Purussaurus (Cocodrilo del Mioceno)
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  Dromornis (Anseriforme del Mioceno)
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  Dinotherium (Elefante del Plioceno)
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  Teleoceras (Rinoceronte del Mioceno)
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  Osbornoceros (Antilocáprido del Mioceno)
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  Syndyoceras (Protocerátido del Mioceno)
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  Thylacosmilus (Marsupial del Plioceno)
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  Oso-perro (Amphicyon ingenes) (Carnívoro del Mioceno)
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  Proconsul (Primate del Mioceno)
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  Australopithecus (Hominino del Plioceno)
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  Paraphysornis brasiliensis (Ave Gruiforme del Mioceno)

En cuanto a los primates, los monos ya estaban presentes en el Oligoceno. El grupo más antiguo incluye los monos del Viejo Mundo que ahora viven en África y Eurasia. Antes del final del Oligoceno, un grupo distintivo de monos alcanzó Sudamérica. En todo caso, monos de ambos lados del Atlántico experimentaron radiaciones adaptativas durante el Neógeno. Entre los primates africanos se hallaban los Hominoideos, del tipo Dryopithecus y Proconsul, descendientes de formas oligocenas. Durante el Mioceno, el grupo de los primates del Viejo Mundo se amplió, con la aparición de los monos cercopitécidos (en los que hoy se encuadran macacos y babuinos).

Evolución humana durante Neógeno y Cuaternario

Utilizando relojes moleculares se estima que la separación entre Homininos y chimpancés se produjo hace unos 7 millones de años a finales del Mioceno. Los primeros Homininos conocidos son Sahelanthropus tchadensis (de 6 a 7 millones de años de antigüedad) y Orrorin tugenensis (de hace 6 millones de años) del Mioceno y Ardipithecus (entre 5,8 y 4,1 millones de años) del final del Mioceno y comienzos del Plioceno. Los Australopithecus aparecieron hace unos 4 millones de años durante el Plioceno. Ya se desplazaban de manera bípeda, aunque el tamaño de su cerebro era similar al de los grandes simios actuales. La especie más antigua del género Homo, Homo habilis, vivió aproximadamente de 2,5 a 1,44 millones de años atrás, durante el comienzo del Pleistoceno (ya en el Cuaternario). Probablemente era capaz de la fabricación de primitivos utensilios de piedra. Las últimas fases de la evolución hacia los humanos se completarán durante el Cuaternario.

El mejor indicador de los cambios climáticos son los cambios evolutivos y de distribución geográfica de las angiospermas. La gran abundancia de plantas herbáceas en este período permitiría llamarlo Edad de las Hierbas. El éxito de plantas herbáceas es el resultado del deterioro climático generalizado que tuvo lugar durante el Oligoceno y Mioceno. El enfriamiento del clima y unas condiciones más secas, ocasionaron la regresión de los bosques y la presencia de plantas herbáceas que prefieren los hábitats abiertos y pueden resistir bajas precipitaciones.

Los sedimentos terciarios afloran ampliamente las cuencas del Tajo y Guadiana rellenando fosas tectónicas limitadas por fallas normales. Se disponen discordantes sobre el sustrato Neoproterozoico-Paleozoico y sus caracteres litológicos están fuertemente controlados en cada una de ellas, por los materiales del área fuente.

Se configuran las dos grandes cuencas de la meseta (Duero y Tajo), que habían iniciado su estructuración en el período anterior. Numerosos retazos de pequeñas cuencas (entre la que se incluyen las del norte de Extremadura) parecen prolongar ambas fosas hacia Portugal, convergiendo en la cuenca portuguesa del Tajo que se abre en este período al océano Atlántico. Las dos grandes cuencas de la meseta muestran una zona central con potentes depósitos evaporíticos y carbonáticos, que indican un drenaje muy deficiente o nulo. El mismo carácter endorreico continúa mostrando la gran fosa del Ebro, con sedimentación evaporítica. Varios episodios transgresivos hacen penetrar el mar en las zonas deprimidas de Valencia, Cataluña y en el área Penibética. En la región Sudbética se insinúan taludes y pendientes profundas, mientras el surco oceánico del Sudeste comienza a aproximar sus bordes. En este período el Macizo Penibético (las llamadas zonas internas de la cordillera Bética) entra en colisión con la plataforma peninsular. El clima alcanza en este período un máximo relativo de aridez, aunque se registran a menor escala varias oscilaciones en la humedad. La temperatura en la península sigue siendo relativamente cálida, por lo que en algunas cuencas se llegan a registrar ambientes semidesérticos como en la cuenca de Madrid. Al principio de este período tiene lugar un intercambio biótico con Europa del Noreste y con África, aunque se mantiene alta la tasa de endemismo.

La segunda mitad del período es característica por su sedimentación, actividad geodinámica y cambios biogeográficos, especialmente en el Mediterráneo Occidental. El depósito de grandes espesores de evaporitas, actualmente bajo el mar, ha llevado a la interpretación de la probable y repetida desecación del Mediterráneo al final de este período^[10]​ incentivando notablemente las investigaciones. La mayor parte de la península septentrional tiene ya en este período una configuración similar a la actual. El golfo del Guadalquivir es la zona donde mantiene mayor desarrollo la sedimentación marina. El Mediterráneo y el Atlántico pierden poco a poco su conexión, hasta quedar prácticamente aislados por el Norte.

El aislamiento del Mediterráneo occidental indican que sus conexiones por el sur (Alborán, estrecho Sud-Rifeño) estaban también muy restringidas. Numerosos arrecifes coralinos se desarrollan bordeando los fuertes taludes de las islas del archipiélago en que se había convertido el Sudeste peninsular, al igual que las Baleares. Ellos son testimonio de las condiciones tropicales, relativamente cálidas y uniformes que reinaban en el Sur. La flora, la fauna y las evaporitas indican que las condiciones áridas predominaban en general, aunque en el Norte estaban muy atenuadas. Al final del período, numerosos inmigrantes testimonian que un activo intercambio faunístico tuvo lugar en el área entre Asia, África y Europa durante la regresión de la cuenca mediterránea.

A finales del Mioceno el mar se retira de casi toda la península, dejando un golfo cada vez más reducido en el Guadalquivir y Murcia y restos de playas en Huelva y Cataluña. En el interior funcionan aún las antiguas cuencas y aparecen otras nuevas fluviolacustres.

El levantamiento de los macizos montañosos prosigue en este período, pero sus sedimentos ya no son retenidos, fluyendo al mar a través de redes fluviales progresivamente encajadas de norte a sur. En las cabeceras de las redes de drenaje se forman rañas y piedemontes, algunos de gran extensión. El clima siguió su tónica general de aridez, con algunas variaciones episódicas. La temperatura descendió notablemente, desapareciendo los corales al principio del Plioceno y las floras tropicales a finales de este mismo.

La península ibérica presenta durante el Neógeno fuertes endemismos que han sido la base para definir la Provincia Iberoccitana (península ibérica y sur de Francia) que persistió al menos desde el Eoceno inferior hasta el principio del Pleistoceno. La peculiaridad de las faunas continentales de esta bioprovincia ha ido verificándose en períodos más antiguos, y actualmente se la puede reconocer, al menos, desde el Eoceno inferior. Una bioprovincia se define por sus endemismos (taxones propios) y ausencia de taxones comunes con otras regiones próximas. Ejemplos de taxones propios de esta provincia son:

• El gasterópodo Iberus.
• El pez boga (Chondrostoma toxostoma)
• La culebra Malpolon
• Aves como el críalo (Clamator) o la collalba negra (Oenanthe leucura)
• Mamíferos como el primate Agerina y los ratones Castillomys o Stephanomys.

Se puede señalar asimismo significativas ausencias de taxones de amplia distribución en Europa y no justificadas por razones ecológicas como:

• Aguilucho pálido (Circus cyaneus)
• Estornino pinto (Sturnus vulgaris)

A pesar de la gran homogeneización que han supuesto para Europa las glaciaciones cuaternarias, la individualidad de esta bioprovincia se ha mantenido hasta la actualidad. Dentro de esta bioprovincia, la península ibérica posee también una individualidad acusada (siendo los Pirineos una frontera histórica menos importante que la que separa Iberoccitania del Norte de Francia). Dentro de la península también existen diferencias notables entre la región septentrional y meridional. Cuando el biogeógrafo intenta explicar esta diferenciación no justificada por razones ecológicas o climáticas, debe recurrir a la paleogeografía. Muchos taxones probablemente inmigrantes se han instalado en la península y en las Baleares a lo largo del Cenozoico.

La fauna autóctona resistió muchas invasiones sin perder sus características diferenciales, e incluso recibió refugiados que subsistieron más tiempo en esta bioprovincia (paleoendemismos). Una mayoría de inmigrantes parecen ser de procedencia eurasiática, otros son asiáticos no europeos y otros africanos. Dado que la relación con Europa ha sido la más regular y duradera, hay más dificultades para explicar la colonización de Iberoccitania por los otros dos grupos de inmigrantes. Las dificultades han sido aún mayores cuando los datos indican que estos inmigrantes llegaron antes a Iberoccitania que al resto de Europa (caso de los mastodontes, jiráfidos, el équido Hipparion y muchos más). Evidencias paleobiogeográficas revelan que las actuales hipótesis paleogeográficas no son completamente satisfactorias. Cuando un área tan fuertemente diferenciada como la provincia Iberoccitana registra inmigrantes orientales y meridionales antes que de otras áreas mayores, como Europa, que tienen a priori más amplios contactos con las fuentes de procedencia, es que hay razones para sospechar que además del clima, diferente del Norte, existía una mayor facilidad de conexión terrestre entre el Este y Oeste del Mediterráneo. Esto viene apoyado también por la gran cantidad de especies disyuntas Ibero-Balcánicas. La frecuencia de migraciones terrestres entre Asia e Iberia sobre todo, pero también entre África e Iberia, indican que existían numerosos jalones terrestres entre las tres regiones, que serían practicables en épocas de regresión de las plataformas.

• Geología histórica

• Abusch, S. (1983). Gebissmorphologische Untersuchungen an eurasiatischen Anchitherien (Equidae, Mammalia) unter besonderer Berücksichtigung der Fundstelle Sandelzhausen. Courier Forsch. Senckenberg, 62: 1-401.
• Aguirre, E. (1959). Une nouvelle faune à Hipparion au Sud de l’Espagne (Granada). Mitt. Geol. Gesell. Wien 52: 17.
• Duggen S. et al., 2003, Deep roots of the Messinian salinity crisis, Nature, 422, 602-606.
• Goy Goy, J.L., Zazo Cardeña, C., Bardaji, T., Dabrio González, C. J., Somoza, L. & Santisteban, C. 1991. Neogene and Quaternary fan-delta deposits in southeastern Spain. Field Guide. Cuadernos de geología ibérica = Journal of iberian geology: an international publication of earth sciences, ISSN 0378-102X, N.º. 15(Ejemplar dedicado a: The Dynamics of Coarsegrained Deltas = Dinámica de deltas de grano grueso), pags. 327-400.
• Hsu K, 1983, The mediterranean was a desert, Princeton University Press.
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• Woodburne, M. O. (1989). Hipparion horses: A pattern of endemic evolution and intercontinental dispersal. En D. R. Prothero & R. M. Schoch (eds.). The Evolution of Perissodactya. Oxford University Press, 15: 197-233.

• Wikimedia Commons alberga una categoría multimedia sobre Neógeno.
• Historia del conocimiento de los perisodáctilos del Neógeno español
• Palaeos: El Período Neógeno (en inglés)
• «Neogene-Late Oligocene: (0-33 Ma time-slice)» (PDF). Universidad de Purdue (en inglés). Consultado el 28 de noviembre de 2016.