El nucleomorfo es una estructura presente en los cloroplastos de algunos protistas, en concreto Cryptophyta y Chlorarachniophyta.^[1]​^[2]​ Estos cloroplastos presentan cuatro membranas y el nucleomorfo se encuentra localizado entre la segunda y tercera membranas. Se supone que estos cloroplastos son el resultando de la endosimbiosis secundaria de un alga que ya tenía cloroplastos por parte de una criptofita o cloraracniofita ancestral. Las dos membranas internas del cloroplasto se suponen que derivan de las membranas originales de la cianobacteria, la tercera deriva de la membrana del alga fagocitada y la cuarta sería un vestigio de la membrana de la vacuola alimenticia. El nucleomorfo se supone que es un remanente degenerado del núcleo celular del alga fagocitada.