• Aymaro de Aurillac, O.F.M. † (21 de marzo de 1421-circa 1443 falleció)
• Juan Manuel, O.Carm. † (20 de julio de 1444-9 de julio de 1459 nombrado obispo de Guarda)
• João Rodrigo (Galvão) † (13 de julio de 1459-17 de septiembre de 1459 nombrado obispo de Coímbra)
• Álvaro † (17 de octubre de 1459-1472?)
• Juan Alfonso Manuel Ferraz † (9 enero de 1472-17 de marzo de 1477 nombrado obispo de Guarda)
• Pedro Martín † (28 de marzo de 1477-24 de septiembre de 1477 nombrado obispo de Lamego)
• Justo Baldino † (15 de marzo de 1479-después del 26 de abril de 1493 falleció)
• Fernando de Almeida o Coutinho † (19 de julio de 1493-1499 falleció)
• Diego Ortiz de Villegas † (4 de mayo de 1500-27 de junio de 1505 nombrado obispo de Viseu)
• Enrique Álvarez de Coímbra, O.F.M. † (30 enero de 1506-14 de septiembre de 1532 falleció)
• Diego de Silva, O.F.M. † (4 de marzo de 1534-1540 nombrado arzobispo de Braga)
• Diego Ortiz de Villegas † (24 de septiembre de 1540-4 de julio de 1544 falleció)
• Jaime de Lancastro † (9 de octubre de 1545-12 de marzo de 1569 falleció)
  • Sede unida a Tánger (1570-1675)

• Francisco Cuaresma, O.F.M. † (1570-1585 falleció)
• Diego Corrêa de Souza † (15 de julio de 1585-16 de febrero de 1598 nombrado obispo de Portalegre)
• Héctor de Valladares Sotomayor † (11 de marzo de 1598-1600 falleció)
• Jerónimo de Gouvea (o de Lisboa), O.F.M. † (24 de enero de 1601-1602 renunció)
• Agostinho Ribeiro † (27 de agosto de 1603-29 de julio de 1613 nombrado obispo de Angra)
• Antonio de Aguilar † (21 de octubre de 1613-1632 falleció)
• Gonçalvo (Gonzalo) da Silva † (6 de septiembre de 1632-16 de febrero de 1649 falleció)
  • João de Palma † (1647) (obispo electo)
  • João de Andrade † (1655) (obispo electo)
• Sede vacante (1645-1675)

• Antonio Medina Cachón Ponce de León † (16 de diciembre de 1675-9 de diciembre de 1680 nombrado obispo de Lugo)
  • Juan Bautista de Aramburo † (1680)
• Juan Porras y Atienza † (12 de mayo de 1681-24 de abril de 1684 nombrado obispo de Coria)
• Luis de Ayllón † (5 de junio de 1684-1685 falleció) (no tomó posesión)
• Antonio Ibáñez de la Riva Herrera † (9 de abril de 1685-28 de abril de 1687 nombrado arzobispo de Zaragoza)
• Diego Ibáñez de Lamadrid y Bustamante † (9 de junio de 1687-5 de abril de 1694 falleció)
• Vidal Marín del Campo † (13 de septiembre de 1694-10 de marzo de 1709 falleció)
  • José Solvada † (1709) (no tomó posesión)
  • Sede vacante (1709-1713)
• Sancho de Velunza y Corcuera † (11 de diciembre de 1713-5 de octubre de 1716 nombrado obispo de Coria)
• Francisco Lasso de la Vega, O.P. † (5 de octubre de 1716-28 de mayo de 1721 nombrado obispo de Plasencia)
• Tomás Crespo Agüero † (16 de julio de 1721-17 de marzo de 1727 nombrado arzobispo de Zaragoza)
• Tomás del Valle, O.P. † (17 de marzo de 1727-12 de febrero de 1731 nombrado obispo de Cádiz)
• Andrés Mayoral Alonso de Mella † (9 de abril de 1731-27 enero de 1738 nombrado arzobispo de Valencia)
• Miguel de Aguiar de Padilla † (27 enero de 1738-14 de febrero de 1743 falleció)
• Martín de Barcia † (15 de julio de 1743-12 enero de 1756 nombrado obispo de Córdoba)
• José de la Cuesta y Velarde † (7 de abril de 1756-17 de agosto de 1761 nombrado obispo de Sigüenza)
• Antonio Gómez de la Torre y Jarabeitia † (17 de agosto de 1761-28 de mayo de 1770 nombrado obispo de Jaén)
• José Domingo de Rivero y Quijano † (6 de agosto de 1770-enero de 1771 falleció)
• Manuel Fernández de Torres † (17 de junio de 1771-6 de septiembre de 1773 falleció)
• Felipe Antonio Solano † (18 de abril de 1774-1 de marzo de 1779 nombrado obispo de Cuenca)
• Diego Martín, O.F.M. † (13 de diciembre de 1779-13 de febrero de 1785 nombrado obispo de Coria)
• Domingo de Benaocaz, O.F.M.Cap. † (19 de diciembre de 1785-diciembre de 1811 falleció)
  • Sede vacante (1811-1814)
• Andrés Esteban y Gómez † (19 de diciembre de 1814-22 de julio de 1816 nombrado obispo de Jaén)
• Rafael Manuel José Benito de Vélez Téllez, O.F.M.Cap. † (14 de abril de 1817-12 de julio de 1824 nombrado arzobispo de Burgos)
• Francisco García Casarrubios y Melgar, O.Cist. † (27 de septiembre de 1824-19 de diciembre de 1825 nombrado obispo de Tuy)
• Pablo Hernández, O.SS.T. † (13 de marzo de 1826-21 de julio de 1829 falleció)
• Juan José Sánchez Barragán y Vera † (15 de marzo de 1830-14 de agosto de 1846 falleció)
  • Sede vacante (1846-1851)

• • Ildefonso Infante y Macías (15 de febrero de 1876-20 de marzo de 1877 nombrado obispo de San Cristóbal de La Laguna o Tenerife) (administrador apostólico)
  • José Pozuelo y Herrero (20 de marzo de 1877-28 de febrero de 1879 nombrado obispo de las Islas Canarias) (administrador apostólico)
  • Sede administrada por los obispos de Cádiz (1879-1932)

• Jaime Catalá y Albosa † (28 de febrero de 1879-9 de agosto de 1883 nombrado obispo de Barcelona)
• Vicente Calvo y Valero † (27 de marzo de 1884-27 de junio de 1898 falleció)
• José María Rancés y Villanueva † (28 de noviembre de 1898-14 de junio de 1917 falleció)
• Marcial López Criado † (18 de mayo de 1918-15 de febrero de 1932 falleció)

Desde 1932 la diócesis de Ceuta es unida a la de Cádiz, formando la diócesis de Cádiz y Ceuta (véase Anexo:Obispos de Cádiz y Ceuta)

• (en latín) Pius Bonifacius Gams, Series episcoporum Ecclesiae Catholicae, Graz, 1957, pp. 25 y 470
• (en latín) Konrad Eubel, Hierarchia Catholica Medii Aevi, vol. 1, p. 327; vol. 2, p. 125; vol. 3, p. 163; vol. 5, p. 354; vol. 6, pp. 376-377
• (en francés) F. Pérez, v. Ceuta, en «Dictionnaire d'Histoire et de Géographie ecclésiastiques», vol. XII, París, 1953, col. 254-57
• (en portugués) Antόnio Dias Farinha, v. Marrocos, en «Dicionário de História Religiosa de Portugal», vol. 3, Lisboa, 2000, pp. 174-178
• (en portugués) Levy Maria Jordão, Memoria histórica sobre os bispados de Ceuta e Tanger, Lisboa, 1858
• (en portugués) Levy Maria Jordão, Historia ecclesiastica ultramarina, vol. I: Africa septentrional. Bispados de Ceuta, Tanger, Safim e Marrocos, Lisboa, 1872
• José Xiqués, Obispos y administradores apostólicos de Ceuta, en Boletín de la Real Academia de Historia 18 (1891), pp. 2-26