El Proyecto Especial Arqueológico Caral-Supe fue creado por el Estado Peruano en febrero de 2003, adscrito al entonces Instituto Nacional de Cultura, sobre la base del Proyecto Arqueológico Caral-Supe, creado y dirigido por la arqueóloga Ruth Shady desde 1996.

Desde 2010 es la Zona Arqueológica Caral, Unidad Ejecutora 003 del Ministerio de Cultura. Está dedicado a la puesta en valor (investigación, conservación, habilitación turística, difusión y administración) de diez sitios arqueológicos monumentales del valle de Supe (Ciudad Sagrada de Caral, Chupacigarro, Áspero, Miraya, Lurihuasi, Allpacoto, Era de Pando, Pueblo Nuevo, Piedra Parada y El Molino) y un sitio arqueológico monumental en el valle de Huaura (Vichama).

Asimismo, desarrolla una arqueología pública dedicada a fomentar el desarrollo social y económico de la población circundante, local y regional, a partir de la revaloración del patrimonio arqueológico y su aprovechamiento turístico, la mejora de las relaciones sociales, la capacitación de la población para la producción sostenible, el impulso a proyectos de infraestructura productiva, y el establecimiento de condiciones de educación y salud adecuadas. Estas labores están enmarcadas en el "Plan Maestro del Valle de Supe y su área de influencia", encargado a la Zona Arqueológica Caral por Ley del Congreso de la República, desde marzo de 2006.

La arqueóloga Ruth Shady es la Jefa de la institución desde el año 2003.

• Iperú, Información y Asistencia al Turista
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• Patrimonio de la humanidad en el Perú

• Ruth Shady y Carlos Leyva (ed.): La ciudad sagrada de Caral-Supe. Lima, 2003. ISBN 9972-9738-0-8.

• Proyecto Archivado el 3 de diciembre de 2013 en Wayback Machine.