El río Cerneja es un curso de agua del norte de la península ibérica, afluente del río Trueba. Discurre por la provincia española de Burgos.

El río, que tiene su origen en la canal de Agüera, desemboca en el río Trueba aguas abajo de Villalázara.^[1]​ Parte de sus aguas son redirigidas parcialmente al embalse de Ordunte.^[2]​ El resto de las aguas del Cerneja, perteneciente a la cuenca hidrográfica del Ebro, terminan vertidas en el mar Mediterráneo.

• Gómez Montblanch, David Cristel (2010). «Interactividad fitoindicación/fitoacción: aplicación en fresnedas de los ríos Cerneja (Burgos) y Guadaíra (Sevilla)». Lurralde: Investigación y espacio (33): 15-36. ISSN 0211-5891. 
• Madoz, Pascual (1850). «Villarcayo». Diccionario geográfico-estadístico-histórico de España y sus posesiones de Ultramar XVI. Madrid. Wikidata Q115624375.