Los Cuartos de final de la Segunda Categoría de Ecuador 2023 fueron la instancia eliminatoria de esa competencia que enfrentó en llaves de ida y vuelta a los 8 equipos clasificados de la tercera ronda que comprendió a los Octavos de final.^[1]​ En ella, tomaron partido en total 8 equipos ganadores de sus respectivas llaves de la fase previa. Los partidos se jugaron entre el 4 y 12 de noviembre de 2023.

El sorteo de los Cuartos de final del Ascenso Nacional 2023 se realizó el lunes 2 de octubre de 2023 en un evento transmitido de la FEF desde las 16:00 (UTC-5). Para efectos del sorteo se estableció por parte del Departamento de Competiciones de la FEF que los equipos ingresen en un solo bombo.^[2]​

La fase se disputó por eliminación directa a partidos de ida y vuelta. De producirse empate, se procedió a la definición mediante tiros desde el punto penal, por tanto no se realizó una prórroga ni tampoco se consideró la regla del gol de visitante. La localía del partido de vuelta se definió en base a una tabla general de rendimiento.^[3]​

	vs.			vs.	[[Archivo:|50px|border|Bandera de Chimborazo]]		vs.	[[Archivo:|50px|border|Bandera de Esmeraldas]]		vs.
Astillero F. C. 0 1 1 (3)		San Antonio 1 0 1 (4)	Deportivo Colón 1 4 5 (1)		Daquilema 3 2 5 (3)	La Unión 1 2 3		Cimarrón Furia Verde 4 0 4	Leones del Norte 1 1 2		Deportivo Quevedo 1 0 1

• Los horarios corresponden al huso horario de Ecuador (UTC-5).

Ida; 4 de noviembre, 11:00	San Antonio	1:0 (0:0)	Astillero F. C.	Estadio Olímpico, Ibarra
	Guerrero  82'	Reporte		Árbitro(s): Kleber Aroca

Vuelta; 11 de noviembre, 11:00	Astillero F. C.	1:0 (0:0) (3:4 p.) (Global 1:1)	San Antonio	Estadio Espol, Guayaquil
	Zambrano  90'	Reporte		Árbitro(s): Carlos Orbe

Ida; 5 de noviembre, 12:00	Daquilema [[Archivo:|20x20px|border|Bandera de Chimborazo]]	3:1 (0:0)	Deportivo Colón	Estadio Fernando Guerrero, Riobamba
	Nazareno  51' Vera  62' (pen.) Angulo  90+3'	Reporte	Escobar  69'	Árbitro(s): Anthony Díaz

Vuelta; 12 de noviembre, 13:00	Deportivo Colón	4:2 (2:1) (1:3 p.) (Global 5:5)	[[Archivo:|20x20px|border|Bandera de Chimborazo]] Daquilema	Estadio 30 de Septiembre, Portoviejo
	Riascos  10' Almagro  18' ¿?  ?' ¿?  ?'	Reporte	Vinueza  8' ¿?  90+5'	Árbitro(s): Luis Quiroz

Ida; 4 de noviembre, 12:30	Cimarrón Furia Verde [[Archivo:|20x20px|border|Bandera de Esmeraldas]]	4:1 (2:1)	La Unión	Estadio Folke Anderson, Esmeraldas
	Moyano  6' (a.g.) Arana  23' Hurtado  46' González  79'	Reporte	Mejía  19'	Árbitro(s): René Marín

Vuelta; 11 de noviembre, 11:30	La Unión	2:0 (1:0) (Global 3:4)	[[Archivo:|20x20px|border|Bandera de Esmeraldas]] Cimarrón Furia Verde	Estadio La Unión, Pujilí
	Mejía  43' Molina  47'	Reporte		Árbitro(s): Juan Carlos Andrade

Ida; 5 de noviembre, 15:00	Deportivo Quevedo	1:1 (1:1)	Leones del Norte	Estadio 7 de Octubre, Quevedo
	Acurio  45+2'	Reporte	¿?	Árbitro(s): Kevin Pazmiño

Vuelta; 11 de noviembre, 11:00	Leones del Norte	1:0 (1:0) (Global 2:1)	Deportivo Quevedo	Estadio Olímpico, Ibarra
	Yépez  45'	Reporte		Árbitro(s): Guillermo Guerrero

Los equipos clasificados se ordenaron del 1 al 64 en una tabla general de rendimiento para definir que equipo fue local en el partido de vuelta, quien tuvo menor numeración en cada emparejamiento fue local en el partido de revancha. Para elaborar la tabla se consideraron todos los partidos jugados en la etapa provincial y los puntos conseguidos en la misma, el promedio se obtuvo dividiendo los puntos conseguidos para los partidos disputados. Se muestra la numeración asignada por la FEF a cada club, para la tabla completa véase este anexo.

Equipo		Prom.	Pts.	PJ	PG	PE	PP	GF	GC	Dif.
13	La Unión	2.538	33	13	10	3	0	38	6	+32
17	Cimarrón Furia Verde	2.500	30	12	10	0	2	52	5	+47
19	Leones del Norte	2.429	34	14	10	4	0	51	3	+48
24	Astillero F. C.	2.308	30	13	9	3	1	28	10	+18
26	Deportivo Quevedo	2.235	38	17	11	5	1	30	7	+23
27	San Antonio	2.231	29	13	9	2	2	51	10	+41
28	Deportivo Colón	2.231	29	13	9	2	2	37	13	+24
30	Daquilema	2.188	35	16	11	2	3	52	6	+46

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