Desde la temporada 1995-96 se otorgan tres puntos por victoria.
En las edición de 1996-97, los empates en fase de grupos fueron definidos en series de penales, otorgando un punto extra para el equipo que salía avante en dichas series.
La Copa 1960-61 incluyó un Torneo de Consolación para los equipos eliminados en primera ronda. Celaya jugó una serie contra América, no obstante el torneo fue cancelado después de esa primera ronda.
Entre la edición de Apertura 2012 y la de Clausura 2016 se otorgó un punto extra al equipo que ganara la llave o serie contra un mismo rival dentro de la fase de grupos.
Segunda División (1954-58, 1961-70, 1974-77, 1991-94)
1 El torneo fue finalizado debido a la Pandemia por COVID-19, no obstante se conservaron los registros estadísticos como válidos y oficiales.
Nota: En la temporada 2019-20 se otorgó un punto extra al equipo que consiguiera un triunfo como visitante, aunque de manera alternada por cada torneo corto del ciclo, correspondiendo a Celaya la posibilidad de obtenerlos únicamente en el Apertura 2019.
Se desconocen resultados de la campaña 1990-91. En la temporada 1977-78 disputó 26 encuentros, pero se desconocen resultados de las jornadas 13, 19 y 22. En la temporada 1981-82 disputó 35 encuentros, pero se desconoce el resultado de la semifinal de vuelta.