Desde 1904, cuando ingenieros ingleses construían el ferrocarril entre Salgar, Puerto Colombia y Barranquilla, la vestimenta de quienes conformaron los equipos eran de color rojo y blanco a rayas verticales y pantaloneta azul, colores alusivos a los de la bandera inglesa.^[1]​ Su nombre primigenio Juventud Infantil fue un distintivo para diferenciarlo de otro equipo de categoría superior llamado Juventud, de los hermanos Salesianos de San Roque, y que hacía alusión al famoso equipo Juventus, de Turín, Italia.

El uniforme de camiseta blanca, pantaloneta y medias azules fue usado por primera vez en el primer partido disputado por el equipo, el 12 de octubre de 1924 enfrentando al Argentina FBC, luego en 1926 adopta definitivamente la camiseta a bastones rojos y blancos, cambia la pantaloneta a color blanco y mantiene las medias azules. ^[2]​Desde su adopción, la casaca rojiblanca a rayas ha sido el principal icono del club; encontrándola en diversos estilos y formas, algunas muy recordadas e inclusive galardonadas por su estética.

En 1929 con motivo de su ascenso a la primera categoría de la Liga de futbol del Atlántico retoma ocasionalmente la primigenia camiseta blanca, en la que por primera vez luce su primera insignia o escudo oficial: una J grande de color rojo en el pecho, con pantaloneta y medias azul oscuro, esto para respetar sus colores fundacionales y diferenciarse totalmente del Juventud de los salesianos, club al que equivocadamente lo relacionaban por nombre e indumentaria parecida (camiseta blanca, J negra, pantaloneta y medias negras). Roberto Meléndez, Julio Torres, entre otros, formaron parte del club que fue considerado el mejor de Colombia.^[3]​

Su camiseta primitiva de color blanco con una gran “J” roja en el pecho debió cambiarse cuando en un partido en el Estadio Moderno, el equipo rival (Juventud de los salesianos) presentaba también camiseta blanca. Junior acudió entonces al préstamo de las camisetas que el Equipo Atlántico, representativo del Colegio Americano, había usado antes. Estas eran de color rojo y blanco a rayas horizontales, algunas crónicas señalan este cambio como la razón por la que Junior en adelante empezó a usar la camiseta rojiblanca, incurriendo en un error pues desde el año de 1926 el equipo ya usaba esta equipación.

Ya a nivel profesional desde 1948, el club ha variado la confección de su camiseta muchas veces. Algunas con franjas gruesas, otras con franjas delgadas, pero siempre conservando los colores rojo y blanco verticales.

La bandera de la cruz de color roja con fondo blanco ondeando en los mástiles de los barcos atracados en Puerto Colombia, inspiró el uniforme del Juventud. Doña Micaela Lavalle fue la que decidió los colores del equipo, ella costeaba todo.^[4]​

"Mi mamá les compraba los uniformes, ninguno tenía sueldo, todos trabajaban y de noche practicaban en el estadio Moderno. Muchas veces me tocó a mi y a mis hermanos ayudar a ella a lavar los uniforme. Todos colaboramos en esta causa.".

Carmen Mejia. hija de la fundadora de Junior, Micaela Lavalle.

El color azul oscuro de la pantaloneta proviene de la bandera del Reino Unido o Gran Bretaña que también flameaba en los mástiles de los barcos atracados en el muelle de Puerto Colombia.

Una vez decididos los colores de la camisa, la institución cambió el blanco de la pantaloneta por un azul oscuro (entendiéndose que los colores entre más oscuros o llamativos son más "fuertes"); l

1924 - 1925

1926 - 1938

1939 - 1960

1961 - 1968

1969

1970 - 1972

1972 - 1975

1975

1976 - 1979

1980

1981 - 1989

1989 - 1994

1995

1996 - 1999

2000 - 2002

2003

2004

2005 - 2006

2007

2007

2008

2010-I

2010-II

2010 - 2011

2011-2012

2012

2013 - 2014

2014 - 2015

2015 - 2016

2016

2017

2018 - 2019

2019 - 2020

2020 - 2022

2022

2023

2024 - Actual

• 1968: Amistoso contra el Benfica de Eusebio, La Pantera de Mozambique en el Estadio Romelio Martinez.^[5]​
• 2004: Copa Sudamericana.^[6]​
• 2013: La banda cruzada vuelve al Junior de Barranquilla, 44 años después.^[7]​

1967-68

1976

1996

2003

2004

2005-06

2007

2008

2010-I

2010-11

2011-12

2012-13

2014-15

2015-16

2016

2017

2018-19

2019-20

2020-22

2022

2023

2023-24

2024-25

• 2017: Vuelve la banda cruzada por tercera ocasión haciendo un homenaje al Carnaval de Barranquilla.^[8]​

Final de liga 2004

Libertadores 2005

Tercero 2010-I

Tercero 2010-II

90 años 2014 - 2015

Tercero 2017

Libertadores 2021

Tercero 2023

Centenario 2024

• 1977: Uniformes usados por Juan Carlos Delménico en el primer título en la historia de Junior.
• 1980: Segundo título de Junior.
• 1984: Uniforme usado por Esteban Pogany en la Copa Libertadores 1984 y en los torneos locales.
• 2015: Uniforme usado por Sebastian Viera en la final de Copa Colombia 2015.

1966 - 1972

1966 - 1972

1977

1977

1977

1980

1983

1984 - 1989

1990

1993

1997

2015

2016

Cuando termina el torneo del año 1971, Arturo Fernández Renowitzky acompañado por Alberto Mario Pumarejo y otros dirigentes deciden no continuar en la junta directiva del Junior. De liquidar el club y entregárselo al gobernador Álvaro Dugand Donado. Conociendo la importancia que era para toda la Costa, Álvaro Dugand convoca a cuarenta empresarios entre quienes se encontraba Fuad Char, para evitar que Junior desapareciera del fútbol profesional. Cada empresario aportó $50 mil y la Gobernación donó $200 mil para conformar la nueva Corporación Deportiva Junior. Fuad Char conocedor de la capacidades empresariales de Gabriel Peláez Restrepo, lo convence para que haga parte de la junta directiva del Junior en 1973. “Fuad Char me invita a que me vincule a la junta directiva del Junior. Estuve desde el año 1973 hasta el 1980, cuando apareció el béisbol profesional en Colombia”, recuerda Gabriel Peláez.

Fuad Char y Gabriel Peláez, conocedores de finanzas, sabían que tenían que buscar otros ingresos para sostener al Junior porque de las taquillas no podía cumplir con los compromisos económicos, por lo que buscan el apoyo de otros directivos del fútbol colombiano para que la Dimayor acepte la fórmula que los clubes accedan a patrocinadores.

“Al aprobar la Dimayor la presencia de publicidad en los clubes profesionales, Junior comenzó a buscar patrocinador. Yo le propuse a Fuad Char que Willard estaba en condiciones de apoyar al Junior. Estuvimos dos años: 1978 y 1979. En 1980, la empresa Pioneer triplicó la oferta para patrocinar al Junior, por lo que dimos un paso al lado”, sostuvo Gabriel Peláez.

Willard aparece en la historia del Junior al constituirse en el primer patrocinador en el fútbol profesional colombiano.^[9]​

A continuación se detallan los nombres de las firmas proveedoras de indumentaria.

Período	Proveedor	Patrocinador principal	Otros patrocinadores
1948 - 1977	Ninguno	Ninguno	Ninguno
1978 - 1979		Willard
1980	dida	Pioneer
1981		Finanbienes
1981		Aces
1982		Kolynos
1982		El Heraldo
1983 - 1984		Aruba Concorde Hotel
1985 - 1990		Olímpica
1991 - 1994	Astros	Cerveza Águila	Konga / Avianca
1995	dida		Avianca
1996 - 1999	Reebok
2000 - 2003	Zodium		Ninguno
2003	Runic
2004		Coolechera
2005	Zodium
2005 - 2006		Cerveza Águila
2007	Wilson	Pastas la Muñeca
2007	Saeta
2008	Patrick
2008 - 2010	Runic
2010 - 2013	Puma
2013 - 2014	Umbro	Cerveza Águila	Pastas la Muñeca / Olímpica
2014 - 2015			Pastas la Muñeca / Olímpica / Sigma Motors / Coolechera / Pepsi
2016			Pastas la Muñeca / Olímpica / Sigma Motors / Alquería / Postobón
2016 - 2017	New Balance		Olímpica / Tigo Une / Postobón / Super Giros / Alquería / Tierra Santa
2017 - 2018		Olímpica	Cerveza Águila / Tigo Une / Postobón / Super Giros / Alquería / Tierra Santa
2019			Águila / Tigo / Postobón / Super Giros / Alquería / Tierra Santa / Wplay.co
2020			Águila / Tigo / Postobón / Super Giros / Alquería / Expreso Brasilia / Wplay.co / Tecnoglass
2020 - 2021			Águila / Tigo / Postobón / Super Giros / Expreso Brasilia / Wplay.co / Tecnoglass / Ron Viejo de Caldas
2022	Adidas		Águila / Tigo / Super Giros / Expreso Brasilia / Wplay.co / Tecnoglass / Ron Viejo de Caldas
2023-I	Adidas	Olímpica	Tecnoglass Águila Tridex Farmacéutica Fábrica de licores y alcoholes de Antioquia (Aguardiente antioqueño) Wplay.co Tigo Super Giros Expreso Brasilia
2023-II	Adidas		Tecnoglass Águila Gripac Cápsula Blanda Fábrica de licores y alcoholes de Antioquia (Aguardiente antioqueño) Wplay.co Tigo Super Giros Expreso Brasilia Pedialyte Active
2024-I	Adidas		Tecnoglass Águila Gripac Cápsula Blanda Wplay.co Tigo Super Giros Expreso Brasilia Electrolit Ron Viejo de Caldas
2024-II	Adidas		Tecnoglass Águila Gripac Cápsula Blanda Wplay.co Black & Decker Super Giros Expreso Brasilia Electrolit Ron Viejo de Caldas