Debido a su particular configuración geográfica, la República de Colombia se ha caracterizado por ser un país culturalmente fragmentado y con una identidad nacional débil, o incluso inexistente. Lo anterior ha propiciado el surgimiento de un fuerte sentimiento regionalista que en algunos momentos de la historia ha culminado con la separación temporal o definitiva de algunas porciones de su territorio.^[1]​^[2]​

El último movimiento separatista exitoso de América Latina se produjo en 1903, con la separación de Panamá de Colombia.

En la actualidad el secesionismo solo es importante en el archipiélago de San Andrés y Providencia,^[3]​^[4]​mientras que a nivel nacional se está llevando a cabo un proceso de regionalización administrativa que consolide la descentralización iniciada por la constitución de 1991.^[5]​

A lo largo de 1810, las distintas ciudades del entonces Virreinato de la Nueva Granada empezaron a conformar juntas de gobierno y a declarar su independencia de la Monarquía Española.^[6]​

Los partidarios del federalismo se agruparon en torno a las Provincias Unidas de la Nueva Granada, logrando imponerse militarmente a los centralistas del Estado Libre de Cundinamarca.

No obstante, estos eventos debilitan a la naciente república, por lo que los españoles fueron capaces de reconquistar el Virreinato y poner fin a este primer experimento separatista.^[8]​

Reorganizados los independentistas, lanzan una nueva campaña militar desde la Capitanía General de Venezuela, que culmina en agosto de 1819 con su triunfo en la batalla de Boyacá. Posteriormente celebran el Congreso de Angostura, que unifica la Nueva Granada con Venezuela para crear la República de Colombia (Gran Colombia).^[9]​

En noviembre de 1821, Panamá alcanza su independencia por separado, incorporándose libremente a la Gran Colombia.^[10]​

La Gobernación de Quito se une a la Gran Colombia en mayo de 1822, tras la batalla de Pichincha.^[9]​

En julio de ese mismo año es anexada forzosamente la Provincia Libre de Guayaquil, mediante un golpe de Estado.^[11]​

Debido a la oposición al gobierno centralista de Bogotá, Panamá intenta separarse de la Gran Colombia en 1826, y lo hace de facto a partir de 1830.^[12]​

Por razones similares, en 1826 surge en Valencia el movimiento separatista de la Cosiata, y al año siguiente se produce una revuelta anticolombiana en Guayaquil.^[13]​

Estos eventos conducen a la creación del Estado de Venezuela el 6 de mayo de 1830, y del Estado del Ecuador el día 13 del mismo mes.^[14]​

Las provincias de Buenaventura, Pasto y Popayán se suman a Ecuador de forma voluntaria. El Gobierno Unido del Casanare solicita su anexión a Venezuela, pero esta es rechazada.^[15]​

Tras la Convención Granadina, las restantes provincias acuerdan formar una nueva entidad independiente bajo el nombre de República de Nueva Granada, sellando así la disolución de la Gran Colombia.

Panamá se incorpora a la Nueva Granada a finales de 1830, pero vuelve a separarse a mediados de 1831, siendo reintegrada algunos meses después.^[10]​

Las provincias suroccidentales son anexadas en 1832, tras la guerra del Cauca.

Los conflictos entre centralistas y federalistas persisten, por lo que en 1840 las provincias de Antioquia, Cartagena, Casanare, El Socorro, Mariquita, Mompós, Santa Marta, Vélez y Tunja, se declaran independientes bajo el liderazgo de distintos caudillos regionales. Pasto y Túquerres se adhieren voluntariamente a Ecuador, mientras que en Panamá se constituye el Estado del Istmo, que es reconocido por Estados Unidos y Costa Rica.^[16]​^[10]​

Esta revuelta es derrotada, pero la inestabilidad política obliga a la adopción de un sistema federal en 1858.

La Confederación Granadina agrupa a las provincias en siete Estados Federales (Antioquia, Bolívar, Boyacá, Cauca, Cundinamarca, Magdalena, Panamá y Santander), que pronto entran en conflicto entre sí.

En mayo de 1860, los liberales declaran la independencia del Estado Federal del Cauca, que en julio del mismo año es seguida por la separación del Estado Federal de Bolívar. Los dos Estados firman un acuerdo por el que conforman los Estados Unidos de la Nueva Granada. Con la adhesión de los demás Estados, la Confederación Granadina se derrumba y en 1863 se celebra la Convención de Rionegro, por la que se crean los Estados Unidos de Colombia.^[17]​

Convertidos en Estados Soberanos y aumentado su número a nueve (se crea el Estado Soberano del Tolima), el país vuelve a entrar en un periodo de inestabilidad que culmina con el colapso del sistema federalista en 1886.

El nuevo régimen adopta un gobierno unitario, que convierte a los Estados en departamentos.

Inconformes con el nuevo orden, los liberales se sublevan, pero son derrotados en la Guerra de los Mil Días, la más sangrienta de la historia país.

Ante estos eventos, y tras el fracaso de las negociaciones para la construcción del Canal de Panamá, las élites liberales del istmo buscan la separación definitiva bajo el mecenazgo de Estados Unidos, lo cual finalmente ocurre con la independencia de la República de Panamá en noviembre de 1903.^[10]​

• La porción más austral de la Amazonía colombiana (entonces en disputa) hizo parte de la Nación Selvática, una intentona separatista en la región peruana de Loreto.
• Durante el incidente de Leticia, colonos peruanos intentaron que la ciudad retornara al control de su país, pero tras la Guerra colombo-peruana de 1932 el resultado fue el statu quo ante bellum.
• Durante los diálogos de paz entre el gobierno de Colombia y las FARC-EP, se crea la Zona de Distensión del Caguán, un área entre los departamentos de Caquetá y Meta donde el grupo guerrillero gozaba de control militar total.

• En noviembre de 1811, el Estado Libre de Cartagena fue la primera provincia neogranadina en declarar la independencia absoluta del Imperio español, incorporándose luego a las Provincias Unidas de la Nueva Granada.
• En 1840, durante la Guerra de los Supremos, los caudillos Francisco Carmena en Santa Marta, Juan Antonio Gutiérrez de Piñeres en Cartagena, y Lorenzo Hernández en Mompós, declaran la independencia de sus provincias, exigiendo la adopción de un sistema federalista en la Nueva Granada.
• En 1857 se crea el Estado Federal de Bolívar, que en 1860 se declara independiente, para luego incorporarse a los Estados Unidos de Colombia como el Estado Soberano de Bolívar; también en 1857 se crea el Estado Federal del Magdalena, que a partir de 1863 sería el Estado Soberano del Magdalena.
• En 1919 se conforma la Liga Costeña, una asociación de políticos y empresarios que busca defender los intereses de los departamentos caribeños.
• Durante las elecciones legislativas de 2010 se celebra el Voto Caribe, consulta popular acerca de la creación de una región autónoma incluyendo los ocho departamentos del Caribe colombiano, obteniendo el respaldo de más de 2 millones y medio de votantes.

• En 1811 se crea el Estado Libre de Cundinamarca, de carácter unitario e independiente de España desde 1814, y que se enfrenta a los federalistas de las Provincias Unidas de Nueva Granada, que incluyen, entre otros, al Estado Libre de Mariquita, el Estado Libre de Neiva, y la República de Tunja, que es sede de la capital federal.
• En 1840, durante la Guerra de los Supremos, los caudillos José María Vezga en Mariquita y Juan José Reyes Patria en Tunja, declaran la independencia de sus provincias para exigir que la Nueva Granada adopte un sistema federalista. Posteriormente, el socorrano Manuel González unifica los gobiernos de Casanare, Pamplona, Socorro, Tunja y Vélez, e intenta sin éxito marchar sobre Bogotá.
• En 1857 se crean el Estado Federal de Boyacá y el Estado Federal de Cundinamarca, y en 1860 el Estado Federal del Tolima, que en 1863 se convierten en el Estado Soberano de Boyacá, el Estado Soberano de Cundinamarca y el Estado Soberano del Tolima, como parte de los Estados Unidos de Colombia.
• Tras los sucesos de La Violencia, guerrillas liberales y comunistas crean distintas entidades fuera del control gubernamental, las cuales serían reputadas como repúblicas independientes por las autoridades colombianas, siendo la más conocida de ellas la República de Marquetalia.

• A partir de la década de 1960, se presentan un resurgimiento del nacionalismo raizal, cuyo principal propósito es que el archipiélago de San Andrés y Providencia sea incluido en la lista del Comité de Descolonización de Naciones Unidas, lo cual lleva a la creación del Archipelago Movement for Ethnic Native Self-Determination (AMEN-SD) en 1999, que realiza numerosas movilizaciones culminando con una declaración de independencia simbólica en 2006.

• En 1830, el Gobierno Unido del Casanare intenta unirse a Venezuela, pero su solicitud es rechazada.
• En 1840, durante la Guerra de Los Supremos, la provincia de Casanare se independiza bajo el liderazgo del caudillo Francisco Farfán, luego de exigir la federalización de la Nueva Granada. Posteriormente el socorrano Manuel González unifica los gobiernos de Casanare, Pamplona, Socorro, Tunja y Vélez, e intenta marchar sobre Bogotá.
• En 1916, una revuelta liberal crea la efímera República de Arauca.
• En 2010, debido a la reforma a la ley de regalías petroleras, algunas personas irrumpen en el recinto del Senado vistiendo prendas con la frase Orinoquía República Independiente.

• En 1811 se crean las Ciudades Confederadas del Valle del Cauca, que en 1815 se independizan del Imperio español y se incorporan a las Provincias Unidas de la Nueva Granada.
• En 1830 las provincias de Buenaventura, Pasto y Popayán declara su anexión voluntaria a Ecuador, siendo reincorporadas a la Nueva Granada tras la Guerra del Cauca.
• En la década de 1850 se propone la creación de un nuevo Estado independiente que incluya el Cauca y Panamá.
• En 1857 se crea el Estado Federal del Cauca, que se declara independiente en 1860, durante la Guerra de las soberanías, derrotando al gobierno de la Confederación Granadina y estableciendo los Estados Unidos de Nueva Granada primero, y los Estados Unidos de Colombia después, reincorporándose como Estado Soberano del Cauca.
• El julio de 2016, durante las celebraciones del día de la independencia de Colombia, se presenta una multitudinaria protesta en el departamento del Chocó bajo el lema ¿Somos o no somos colombianos?, en respuesta centralismo del gobierno de Bogotá.

• En agosto de 1813, el Estado Libre de Antioquia declara su independencia absoluta de España como parte de las Provincias Unidas de la Nueva Granada.
• En 1840, durante la Guerra de los Supremos, el caudillo Salvador Córdova declara la independencia de la provincia de Antioquia, exigiendo la adopción de un sistema federal en la Nueva Granada.
• En 1851 durante la guerra civil del 51, los conservadores antioqueños proclamaron la separación del gobierno central y decretaron el federalismo para proteger sus posesiones de esclavos contra el gobierno nacional que buscaba abolir la esclavitud
• En 1856 se crea el Estado Federal de Antioquia, que en 1863 se convierte en el Estado Soberano de Antioquia, como parte de los Estados Unidos de Colombia.
• En 1860, Pedro José Carrillo se subleva contra el Estado Federal del Cauca, creándose de facto el Estado Soberano del Quindío, con capital en Cartago.
• En 1993, durante la guerra del Estado colombiano contra el Cartel de Medellín, Pablo Escobar anuncia la conformación del grupo Antioquia Rebelde, cuyo propósito es la federalización de Antioquia.

• En 1810 se independizan la República de Socorro y la República de Pamplona, que se incorporan a las Provincias Unidas de la Nueva Granada.
• En 1840, durante la Guerra de los Supremos, Manuel González en Socorro y Rafael María Vásquez en Vélez, declaran la independencia de sus provincias para presionar la adopción de un sistema federal en la Nueva Granada. González va más lejos, y tras unificar los gobiernos de Casanare, Tunja, Pamplona, Socorro y Vélez, intenta marchar sobre Bogotá.
• En 1857 se crea el Estado Federal de Santander, que en 1863 se convierte en el Estado Soberano de Santander, parte de los Estados Unidos de Colombia.
• En 1858, el presidente del Estado Federal de Santander, Vicente Herrera, propone la creación de un Estado independiente que incluya las regiones fronterizas de Colombia y Venezuela.
• En 1999, el alcalde de Cúcuta, José Antonio Gelvez, propone la creación de la República del Zulia, incluyendo los Estados venezolanos de Táchira y Zulia, y el departamento colombiano de Norte de Santander.

• Durante las guerras de independencia, Pasto se convirtió en el último bastión realista neogranadino bajo el liderazgo del caudillo Agustín Agualongo, siendo la ciudad finalmente derrotada y sufriendo las represalia republicana en la Navidad Negra de 1822.
• En 1830 la provincia de Pasto declara su anexión a Ecuador, siendo ocupada por las tropas de ese país.
• En 1840, durante la Guerra de los Supremos, las provincias de Pasto y Túquerres se anexan voluntariamente a Ecuador.
• En 1864 se conforma el movimiento de Los Decimistas, que intentan infructuosamente la creación del Estado Soberano del Sur.
• Durante las protestas nacionales de 2021, son derribados distintos monumentos a los próceres colombianos, incluyendo la estatua de Antonio Nariño en Pasto y las de Simón Bolívar en Cumbal, Guachucal y Taminango.

• Anexo:Propuestas de nuevas subdivisiones de Colombia