Dentro de la categoría EC 3.4 (clasificación numérica de las enzimas) se encuentran aquellas hidrolasas que actúan hidrolizando enlaces peptídicos. Comprende las siguientes subcategorías:
- EC 3.4.11, aminopeptidasas.
- EC 3.4.13, dipeptidasas.
- EC 3.4.14, dipeptidil peptidasas y tripeptidil peptidasas.
- EC 3.4.15, peptidil dipeptidasas.
- EC 3.4.16, carboxipeptidasas tipo serina.
- EC 3.4.17, metalocarboxipeptidasas.
- EC 3.4.18, carboxipeptidasas tipo cisteína.
- EC 3.4.19, peptidasas omega.
- EC 3.4.21, serina endopeptidasas.
- EC 3.4.22, cisteína endopeptidasas.
- EC 3.4.23, aspartico endopeptidasas.
- EC 3.4.24, metaloendopeptidasas.
- EC 3.4.25, treonina endopeptidasas.
- EC 3.4.99, endopeptidasas con mecanismo catalítico desconocido, de momento se encuentra vacía.
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